UEFAカップ優勝でUEFAスーパーカップの出場権を得て、2006年8月にはUEFAチャンピオンズリーグ王者のFCバルセロナと対戦した。スタッド・ルイ・ドゥで行われた試合はMFレナトが序盤に先制し、後半にはカヌーテとマレスカ (PK) が追加点を決めて3-0で快勝した[15]。2006-07シーズンのUEFAカップでは1回戦でギリシャのアトロミトスFCを倒し、グループリーグでは5クラブ中2位で決勝トーナメント進出を決めた。決勝トーナメントではルーマニアのFCステアウア・ブカレスト、ウクライナのFCシャフタール・ドネツク、イングランドのトッテナム・ホットスパーFC、スペインのCAオサスナを下し、2シーズン連続で決勝に進出した。FCシャフタール・ドネツク戦は絶体絶命であったが、セカンドレグの試合終了間際にゴールキーパーのパロップがヘディングシュートを決め、2試合合計で5-4と上回って勝ち抜けを決めている[16]。グラスゴーで行われた決勝ではスペインのRCDエスパニョールと対戦し、PK戦の末に勝利して大会2連覇を果たした[17]。2連覇を果たしたのはレアル・マドリード（1984-85シーズンと1985-86シーズンに優勝）以来2クラブ目であった。同シーズンのコパ・デル・レイでも決勝に進出し、エスタディオ・サンティアゴ・ベルナベウで行われた決勝のヘタフェCF戦 (1-0) ではカヌーテが決勝点を決めて4度目のタイトルを獲得した。リーグ戦ではレアル・マドリードやFCバルセロナと最終節まで優勝争いを繰り広げ、最終的には3位に終わったものの、UEFAチャンピオンズリーグ出場権を獲得した。 2007年8月、スーペルコパ・デ・エスパーニャでリーグ王者のレアル・マドリードに勝利した。ホームでの1stレグはL・ファビアーノの得点を守りきって1-0で勝利し、アウェーでの2ndレグではレナトの2得点、カヌーテの3得点で5-3と乱打戦を制した。2試合合計6-3で勝利し、2005-06シーズン以来5個目のタイトルを獲得した。8月25日、リーグ開幕戦のヘタフェCF戦の試合中にプエルタが意識を失って倒れた。DFイヴィツァ・ドラグティノヴィッチやパロップ、メディカルスタッフが駆け寄り、プエルタが舌を詰まらせないようにすると、彼は息を吹き返して途中交代した。しかしその後、控室で再び倒れて病院に運ばれたが、3日後の28日に帰らぬ人となった。8月31日のUEFAスーパーカップではセビージャFC、ACミランの選手すべてがプエルタの顔をデザインしたシャツを着てプエルタの死を忍んだ。この試合はACミランが3-1で勝利したが[18]、悲しみに耐えるセビージャFCを尊重してACミランの選手たちはゴール後も歓声を上げず、ACミランの勝利はプエルタに捧げられた。セビージャFCはプエルタの背番号16番を永久欠番にする予定だったが、スペインサッカー連盟 (REEF) の規則で1から25までの背番号は登録選手に割り当てなければならなかったことから、プエルタの親友であったダビド・プリエトが背番号16番を受け継いだ。2007-08シーズンのすべてのリーグ戦で試合前に1分間の黙祷をささげ、すべてのホーム戦では背番号と同じ16分に拍手が捧げられた[19][20]。2009-10シーズンよりディエゴ・カペルが背番号16を受け継ぎ、2011-12シーズンはホセ・カンパーニャが着けている。 10月26日にはファンデ・ラモス監督が突然辞任し、3600万ユーロという高額の報酬でイングランドのトッテナム・ホットスパーFCに引き抜かれた。フィットネスコーチのマルコス・アルバレスも辞任し、リザーブチームのセビージャ・アトレティコを率いていたマヌエル・ヒメネスがトップチームの監督に就任した[21]。 2009-10シーズンのコパ・デル・レイではラウンド16でFCバルセロナ（2-2、アウェイゴールの差で勝利）、準々決勝でデポルティーボ・ラ・コルーニャ(3-1)、準決勝でヘタフェCF (2-1) を破って決勝に進出した。アトレティコ・マドリードとの対戦となった決勝はMFディエゴ・カペルとMFヘスス・ナバスの得点で2-0で勝利し、3シーズンぶり5度目の優勝を飾った。
2007-08シーズン
2009-10シーズン