第二次世界大戦以前は北硫黄島でのみ繁殖が確認されていたが、戦後は記録がなく北硫黄島で繁殖する個体群は絶滅したと考えられている[2]。2007年に東島で繁殖が確認され、同年に南硫黄島でも土が付着した個体が複数発見されたことから繁殖している可能性がある[2]。ネズミ類の捕食により生息数が減少したと考えられている[2]。東島ではギンネム・ジュズサンゴ・トクサバモクマオウなどの外来種による植生の変化、灯火に引き寄せられることから地上に落下（父島や母島の集落で保護されることもある）してしまいネコによって捕食されることも懸念されている[2]。分布が限定的なため、災害などによる絶滅も懸念されている[2]。東島ではネズミ類やトクサバモクマオウといった外来種の駆除が進められ、2008年に行われた調査ではネズミ類は確認されていない[2]。東島や南硫黄島は保護区に指定されており、一般人の立ち入りが規制されている[2]。

以下の判定は旧セグロミズナギドリの亜種セグロミズナギドリ（P. l. bannermani）としての判定である。

絶滅危惧IB類 (EN)（環境省レッドリスト）[2]
出典[脚注の使い方]^ a b c BirdLife International. 2018. Puffinus bannermani. The IUCN Red List of Threatened Species 2018: e.T22698272A132638930. https://doi.org/10.2305/IUCN.UK.2018-2.RLTS.T22698272A132638930.en. Downloaded on 20 June 2021.
^ a b c d e f g h i j k l m n o p q r 川上和人 「セグロミズナギドリ」『レッドデータブック2014 日本の絶滅のおそれのある野生動物 2 鳥類』環境省自然環境局野生生物課希少種保全推進室編、株式会社ぎょうせい、2014年、76 - 77頁。
^ a b c d e 川上和人他 「日本鳥類目録におけるセグロミズナギドリ和名変更の提案」『日本鳥学会誌』第68巻 1号、日本鳥学会、2019年、95 - 98頁。