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2007年5月31日に中華人民共和国でのオンラインゲーム（MMORPG）事業を展開するSega Networks（China） Co.,Ltdを解散し、同事業から撤退した[50]。この影響から中国市場向けに先行テストサービスが予定されていたMMORPG版『シェンムーオンライン』・『サクラ大戦オンライン』・『聖闘士星矢オンライン』・『三国志大戦オンライン』の開発が事実上中断されている（聖闘士星矢―と三国志大戦―は2011年に中国・香港のゲーム会社とライセンス供与契約を締結した[51]）。

2008年3月期と2009年3月期において、コンシューマー事業や当時手がけていたアミューズメント施設事業が芳しくない状態が続いた他、当時計画していた複合施設の開発が中止となったことで、2008年3月期並びに2009年3月期の最終赤字は、ドリームキャスト発売当時に次ぐ赤字額となった（2008年3月期は220億8000万円の営業赤字並びに382億8700万円の最終赤字、2009年3月期は118億7800万円の営業赤字並びに318億9500万円の最終赤字）。2008年に約400人、2009年に約560人の希望退職を行うことをそれぞれ発表した。

2011年3月11日に発生した東日本大震災を受け、セガは節電対策として、開発担当部署以外の全てのPCをデスクトップPCからノートPCへ変更した他、東糀谷にあったセガ本社3号館並びにセガ本社別館の耐震基準が1981年以前に建築された建築物に適用される旧基準であったことから、社員の安全を考慮して2012年に本社機能をカナルサイドビルへ[52]、当時手掛けていたアーケードゲーム関連の一部機能を横浜にある安田倉庫守屋町営業所内（セガ横浜事業所→セガ・インタラクティブ横浜事業所）へそれぞれ移転した。セガ本社3号館並びにセガ本社別館は2013年5月に売却された後に解体され[53]、セガ本社3号館跡地には2016年7月にニトリ大田大鳥居店が開業した。

2015年4月25日に発生したネパール地震を受け、セガゲームスは同年5月31日までの『ファンタシースターオンライン2』、同年5月1日から5月3日までの『ぷよぷよ!!クエスト』・『チェインクロニクル?絆の新大陸?』・『オルタンシア・サーガ -蒼の騎士団-』の4タイトルの課金アイテムの全売り上げを日本赤十字社を通じて寄付することを発表した。

2016年4月16日に発生した熊本地震を受け、コンシューマ・オンラインカンパニーはパッケージゲーム並びにオンラインゲームの売り上げの一部を、セガネットワークス カンパニーは同年4月25日から4月27日までの『ぷよぷよ!!クエスト』・『チェインクロニクル?絆の新大陸?』・『オルタンシア・サーガ -蒼の騎士団-』・『モンスターギア バースト』・『戦の海賊』・『アンジュ・ヴィエルジュ?第2風紀委員 ガールズバトル?』の6タイトルの課金アイテムの全売り上げを、それぞれ特定非営利活動法人アジアパシフィックアライアンス・ジャパンを通じて寄付することを発表した[54]。