セガゲームスは従来からの家庭用ゲームやPCゲームを手掛けるコンシューマ・オンラインカンパニーと、旧セガネットワークスが行ってきたスマートフォンやタブレット端末向けコンテンツ配信を行うセガネットワークス カンパニーの社内カンパニー制を当初は採用していたが、2017年4月1日付で社内カンパニー制は廃止されたと同時に、セガネットワークスの名称も消滅した。但し、セガ第一研究開発本部が開発を担当していた『チェインクロニクル』シリーズ、『封印勇者!マイン島と空の迷宮』、セガ第二研究開発本部が開発を担当していた『セガNET麻雀 MJ』の開発は、セガ・インタラクティブの研究・開発組織となったセガ・インタラクティブ第一研究開発本部並びにセガ・インタラクティブ第二研究開発本部が引き続き行う他、『UFOキャッチャー』などセガ・インタラクティブへ製造・販売が移管された一部製品の商標権はこれまで通りセガゲームスが保有する。

セガホールディングス設立後から行われている事業再編計画により、セガホールディングスが保有していたインデックス（後のiXIT）全株式は澤田ホールディングスへ譲渡され、セガサミーグループであるサミーネットワークスはエンタテインメントコンテンツ事業から遊技機事業へセグメントが変更されたと同時に、セガホールディングスが保有していたサミーネットワークス全株式はサミーへ譲渡された。これに伴い、2016年4月1日以降のセガグループにおける国内のコンシューマ事業は、セガゲームスと子会社3社（アトラス、f4samurai、プレイハート）の4社だけで手掛けることになる。

2018年8月20日に本社所在地・本店所在地を西品川にある住友不動産大崎ガーデンタワーへ移転[14][15][16]。セガゲームスは創業地である羽田から離れることになった。ライセンス機能も、同年10月1日にセガサミーホールディングスが新設したグループライセンス本部へ吸収された[17]。

セガサミーホールディングスは2019年12月24日にセガゲームスを存続会社として、セガ・インタラクティブを2020年4月1日付でセガゲームスへ吸収合併すると同時に、セガゲームスの商号を株式会社セガへ戻すこと、セガゲームスの親会社であるセガホールディングスの商号を株式会社セガグループへ変更する事を発表[18]。2021年4月1日に株式会社セガグループを吸収合併したと同時に[19]、セガは5年ぶりにアーケードゲーム事業を直轄で手掛ける事になった[18]。セガ・インタラクティブが会員となっていた日本アミューズメント産業協会AMマシン事業部（サミーとセガ・ロジスティクスサービスも加盟）の会員資格もセガが承継した（サミーとセガ・ロジスティクスサービスは日本アミューズメント産業協会AMマシン事業部の加盟を継続）。

セガサミーホールディングスは2021年1月29日にグループ構造の合理化を進め、意思決定の迅速化を図ることを目的に、セガを存続会社とした上で、セガがセガグループを吸収合併する事を発表[19]。セガは2021年4月1日付でセガグループを吸収合併したと同時に、セガグループの子会社であったセガ・ロジスティクスサービス、ダーツライブ（子会社のハイブクリエーションや海外子会社も含む）、セガトイズ（子会社のSEGA TOYS (HK) CO., LTD.も含む）、トムス・エンタテインメント（テレコム・アニメーションフィルムやマーザ・アニメーションプラネットなどの国内子会社並びに海外子会社も含む）の4社はセガの子会社となった[19]。セガの子会社となった4社の内、セガトイズとトムス・エンタテインメントは2005年3月以来16年ぶりにセガの子会社となった他、セガ・ロジスティクスサービスとダーツライブは2015年3月以来6年ぶりにセガの子会社となった。同日には、セガが保有していたオアシスパーク全株式（54.3%）が中日本高速道路へ譲渡された[20]。

新型コロナウイルスの影響を受け、セガサミーホールディングスはアミューズメント事業を中心に事業の縮小・撤退を進めている。欧米地域におけるアーケードゲームの販売を手掛けていたSega Amusements International Limitedの全株式は2021年3月30日付で、KAIZEN ENTERTAINMENT LIMITEDに譲渡されたと同時に、セガは欧米地域におけるアーケードゲーム販売事業から撤退した[21]。台湾の現地法人であるSEGA AMUSEMENTS TAIWAN LTD.が手掛けていたゲームセンター事業も、2021年12月1日付でセガも出資しているGENDA SEGA Entertainmentの子会社である台灣聚思怡股?有限公司（株式会社GSE台湾）へ譲渡された[22]。これにより、セガ直轄で手掛ける海外事業は、コンシューマ事業並びに現地の代理店へのアーケードゲームの供給のみとなった。2022年1月28日には、セガが保有していたGENDA SEGA Entertainment株式（14.9%）がGENDAへ譲渡されたと同時に、商号もGENDA GiGO Entertainmentへ変更された[23]。但し、GENDA GiGO Entertainmentに対するセガブランドの貸与は資本関係がなくなった後も当面継続する。セガは2022年4月11日に、GENDA GiGO Entertainmentが運営しているオンラインクレーンゲーム「GiGO ONLINE CRANE」（旧：「セガキャッチャーオンライン」→「GOTON!」）の代替として、「セガUFOキャッチャーオンライン」のサービスを開始した[24]。