2014年5月時点で、主な事故原因は以下が指摘されていた。過積載とバラスト水の操作運航会社の問題船長の離席と三等航海士の経験不足不適切な船体改造船体検査制度の不備船体の故障
2014年10月6日、最高検察庁は、セウォル号惨事に対する最終捜査結果を発表した。「清海鎮海運が船を無理に増・改築し、過剰積載状態で出港した後、船員の運航の過失で沈没した。救助に行った木浦海洋警察署の問題ある対処、救護会社選定過程での不法行為で死亡者が増えた」としている[46]。