2006年4月3日、テレビ朝日の再編に伴って放送開始が30分繰り上がり、7:30開始となる。同時に「あれこれニュースショー」というサブタイトルを廃し、渡辺のパートナーが赤江からテレビ朝日アナウンサーの野村真季に交代した。同時に、「きょうの名曲」はエンディングでの放送となった。この再編で『やじうまプラス』（当時は4:25から放送）と連携を組み、『やじうまプラス』の出演者が本番組にも登場する「5時間半ぶち抜きニュースショー」とPR（テレビ朝日のみ）。同時に、祝日を除き全国で最後まで、長年に亘って9:30[注 4] までの放送だった朝日放送が番組終了の9:55までの放送に踏み切った。これにより、9:30の飛び降り点がなくなった。

2006年10月にリニューアルした際に、7:30のオープニングで全国の天気（テレビ朝日系列局の所在地と釧路の25都市）と関東周辺の天気を流す様になる（天気予報を取り上げるのはしばらくなかった）。
2007年4月 - 2010年3月

当初は総合司会交代を機に本番組を終了させる予定だったが、大幅なテコ入れをすることで番組名はそのままとした。放送開始時間は8:00に戻り（これに伴い『やじうまプラス』は8:00までの放送になる）、タイトルロゴも一新された。総合司会は2006年3月まで総合司会を務めていた赤江珠緒と『ワイド!スクランブル』の「特報サイト」を担当していたテレビ朝日アナウンサーの小木逸平のコンビ。赤江は2007年3月いっぱいで朝日放送を退社し、フリーアナウンサーとして復帰した。また、番組宣伝は、赤江を前面に出したものとなっている。また、携帯電話を利用したテレビ電話での中継を常態化。「スパモニ機動中継隊」としてリポーターやディレクターが現地報告することになったほか、内容もそれまでの政治関係を扱う割合が少なくなり、リニューアル以前手薄になっていた芸能関係の扱う割合を増やした。

2007年4月のリニューアルで山陰放送・宮崎放送（いずれもTBS系列：当時は両局とも8:30に飛び乗りネット開始：2009年3月27日まで）を除く全ての局が8:00スタートになり、朝日放送は初めてフルネットとなった。

2007年10月1日からは、スタジオセットとタイトルロゴの色が変わる（青→茶）。それ以前はコメンテーターの人数が多すぎ、満足なコメントの時間がとれないことで不評だったため、コメンテーターの数を5人から3・4人へと減らす（北野誠は自身のラジオで「降ろされた」と発言）。

2009年3月27日には、山陰放送と宮崎放送で本番組のネットが打ち切られた。
2010年4月 - 番組終了

2010年3月29日から、オープニング[注 5] 並びにテーマ曲を変更。同時に地上アナログ放送でもモノステレオ放送を開始した。

2009年頃からは硬派路線に舵を切ったり、2010年5月31日には再度オープニングを新コーナーである「教えてニュース!なんでそうなるの?」に変更するなどのリニューアルを繰り返すものの失敗が続き、10月4日からはコメンテーターの曜日移動や新コーナーの開始などのリニューアルが行われたが、これらを実施しても効果はなく、視聴率が3%台を記録する回もあり、且つ同時間帯の番組ではテレビ東京を除く最下位になっていた（関東地区・ビデオリサーチ社調べ）。これに加え、2009年以降における本番組の放送内容も問題視されるようになり、2010年7月と9月のテレビ朝日の番組審議会でも取り上げられた[3][4]。

これらの影響で、2010年年末最後の放送は延長放送を実施せず全局定時終了となったほか、2011年の年始特番は放送せずに全局1月4日開始となった（後述）[注 6]。さらに2011年1月には本番組をネットしている日本テレビ系列局の内、北日本放送と四国放送が同年3月31日限りでテレビ朝日の平日午前のワイドショーのネット自体を打ち切ることを決定する[5] など、1980年代後半以降の『モーニングショー』同様、番組存続の危機に立たされることになった。

上記の事柄が重なったため、ネット局29局中、北日本放送と四国放送は予定通り2011年3月31日を以って本番組のネットを終了し、残る27局（テレビ朝日系列局と山梨放送・福井放送・高知放送）も翌4月1日に放送を終了し、18年の歴史に幕を下ろした。2011年3月28日から3月31日までは各曜日のレギュラー陣が終了の挨拶を行ったほか、最終回では、9時44分頃から約10分間に亘るエンディング部分において、金曜日のレギュラー陣、鳥越（この日は特別ゲスト扱い）、小木、そして赤江の順に最終回の挨拶を行い、番組を締めた。

翌週4月4日より、羽鳥慎一と赤江を総合司会とした後継番組『情報満載ライブショー モーニングバード!』が開始されたが、最終回では『モーニングバード!』並びに羽鳥についての紹介は行われなかった。

最終回の視聴率はテレビ東京を除く同時間帯最下位の4.3%であった[6]。
出演者
総合司会

「スーパーモーニング」歴代総合司会期間男性女性
1993.4.51993.10.1若林正人
池谷幸雄川瀬眞由美
1993.10.41994.9.30松苗慎一郎伊藤聡子
1994.10.31997.3.28川野太郎
1997.3.311999.9.24大沼啓延
1999.9.272000.3.31亀和田武
2000.4.32000.9.29下平さやか
2000.10.22002.3.29蟹瀬誠一
2002.4.12002.9.27前田吟高橋真紀子
2002.9.302003.4.25渡辺宜嗣徳永有美
2003.4.282003.6.27（不在）
2003.6.302006.3.31赤江珠緒
2006.4.32007.3.30野村真季
2007.4.22011.4.1小木逸平赤江珠緒