国公立高校

群馬県立高崎高等学校

東京工業大学附属科学技術高等学校

長野県諏訪清陵高等学校

京都市立堀川高等学校

京都教育大学附属高等学校

広島県立広島国泰寺高等学校

愛媛県立松山南高等学校

沖縄県立開邦高等学校

私立高校

早稲田大学本庄高等学院（埼玉県）

立命館高等学校（京都府）

2年間の終了経過措置校（2002年（平成14年）度指定校の継続指定）

終了経過措置期間は2005年（平成17年）度、2006年（平成18年）度の2年間で、既に終了。なお、筑波大学附属駒場高等学校、愛知県立岡崎高等学校、高知県立高知小津高等学校、西大和学園高等学校は2007年（平成19年）度に、岡山県立岡山一宮高等学校は2009年（平成21年）度に新規指定されている。

国公立高校

北海道札幌北高等学校

宮城県宮城第一高等学校

福島県立安積高等学校

千葉市立千葉高等学校

神奈川県立柏陽高等学校

富山県立富山高等学校

大阪府立北野高等学校

兵庫県立大学附属高等学校

岡山県立岡山一宮高等学校

福岡県立修猷館高等学校

2006年（平成18年）度指定校

指定期間は2006年（平成18年）度 - 2010年（平成22年）度の5年間で、既に終了（2003年（平成15年）度指定校の新規指定を含む）。
新規指定校

国公立高校

茨城県立水戸第二高等学校

埼玉県立川越女子高等学校

埼玉県立川越高等学校

東京都立小石川高等学校

石川県立小松高等学校

名古屋市立向陽高等学校

名古屋大学教育学部附属高等学校

滋賀県立膳所高等学校

大阪府立泉北高等学校

兵庫県立加古川東高等学校

兵庫県立豊岡高等学校

和歌山県立向陽高等学校

佐賀県立致遠館高等学校

私立高校

佐野日本大学高等学校（栃木県）

早稲田大学高等学院（東京都）

名城大学附属高等学校（愛知県）

立命館守山高等学校（滋賀県）

武庫川女子大学附属高等学校（兵庫県）

清心女子高等学校（岡山県）

新規指定校（2003年（平成15年）度指定校）

国公立高校

岩手県立水沢高等学校

群馬県立高崎女子高等学校

石川県立金沢泉丘高等学校

長野県屋代高等学校

岐阜県立岐山高等学校

静岡県立磐田南高等学校

鳥取県立鳥取東高等学校

島根県立松江東高等学校

徳島県立城南高等学校

香川県立三本松高等学校

熊本県立第二高等学校

宮崎県立宮崎北高等学校

2年間の終了経過措置校（2003年（平成15年）度指定校の継続指定）

終了経過措置期間は2006年（平成18年）度、2007年（平成19年）度の2年間で、既に終了。なお、広島大学附属高等学校は1年の終了経過措置を経て、2007年（平成19年）度に新規指定されている。また、秋田県立大館鳳鳴高等学校、新潟県立新潟南高等学校、福井県立高志高等学校、愛知県立一宮高等学校は2008年（平成20年）度に新規指定されている。

国公立高校

北海道帯広柏葉高等学校

秋田県立大館鳳鳴高等学校

茨城県立竹園高等学校

栃木県立宇都宮高等学校

新潟県立新潟南高等学校

富山県立高岡高等学校