逸見休養前はオープニングは逸見、板東、所が登場し、たけしは純金を紹介する場面で登場。その後席決め早押しの途中のCM明けから逸見、板東、渡辺、木村（93年春からは永井）が担当。本戦は基本的に「SHOWby」「マジカル」からの出題時は逸見、板東、渡辺、木村（永井）が担当し、「笑ってヨロシク」「世界まる見え」からの出題時は所、たけしが担当。「お笑いウルトラクイズ」については91年秋・92年春はたけし、所が担当したが、92年秋・93年春はたけし・逸見が担当した。後半戦最初の「アナウンサー早押しクイズ」と決勝戦は、逸見・板東・所・たけしの4人が担当。
番組ルール

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得点単位は『SHOW by ショーバイ』で使用しているショーバイマネーの「萬」である。『マジカル』の問題に関しても「居残り早押しクイズ」や「エラーを探せ」では通常の「頭脳指数」を「萬」に差し替えていた。「マジカルミステリー劇場」などでは通常出題前に提示される頭脳指数を提示しない形で進行した。ルールは放送のたびに大幅な違いがあったが、得点の単位（ショーバイマネー）である「萬」は1999年秋の番組最終回まで受け継がれていた。

オープニングで席決め早押しクイズに挑戦し、正解順によりこれらの席を決める。1軍席争奪は『SHOW by ショーバイ』から『何を作っているのでしょうか?』を始めとする早押しクイズを出題し、1991年秋-1994年秋の2軍席争奪は『マジカル』から『マジカルスキャナ』（1991年秋-1992年春）→『早押しエラーを探せ!』（1992年秋-）が出題される。1軍に関しては正解後に司会者席のミリオンスロットでショーバイマネーを獲得して正解順に着席する[注 10]。2軍に関しては1992年秋までは前述の1軍の席決めと同様で、1993年春以降はエラーの難易度によって5萬から50萬のショーバイマネー（VTRでは通常の頭脳指数の表示画面がミリオンスロットの画像に差し替えられていた）を獲得し、1軍の顔ぶれを見て好きな色の座席に着席する。それでも席が決まらないチームは『3軍席決め抽選』[注 11]で席が決定する。

本戦は基本的にはクイズに正解すると1軍はミリオンスロットのショーバイマネーを獲得することが出来、2軍は一律10萬、3軍は一律5萬しか獲得出来ない[注 12]。1軍が不正解すると2軍、3軍と入れ替わる。早押しクイズの場合に限り、1軍の出したミリオンスロットの金額が得点になり、正解すれば、2軍・3軍のチームでも一気に1軍へ進行した[注 13]。また、ミリオンスロットは使用せず、予めショーバイマネーが定められているクイズや縦列連帯で行われるクイズも存在した[注 14]。1992年春までは「SHOW by ショーバイ」の通常の「書き問題」があったが、1992年秋と1993年春の2回は通常の書き問題のルールで「ウソつき4択」を行なった。1993年秋の回では「世界まる見え!」からの書き問題もあった。

マジカル頭脳パワー!!の「恐怖の居残り早押しクイズ」ではショーバイマネーが初期は一律100萬 - ?50萬となり正解した者のいるチーム・VTR終了までに残った人のいるチームに得点・減点する。92年秋に前半を-50萬から0萬に変更され、93年春に後半も同様に-50萬から0萬に変更された。また、前半ではスタート時の得点が異なり[注 15]、半年後、後半も同様のシステムをとった[注 16]。

本戦ラストクイズで『SHOW by ショーバイ』から『いっつみいのウソつき4択』[注 17]を出題し、正解チームは司会者席のミリオンスロットに挑戦。得点の高いチームから挑戦し、終了時点で上位数チーム[注 18]が決勝進出となる。1993年秋以降は敗者復活戦[注 19]を実施し、最後まで残った1チームも決勝に進出する。復活したチームは、決勝進出したチームの一番低得点のチームと同額の得点からスタート出来る。決勝戦は全て早押しクイズで、『マジカル』から『エラーを探せ』（1992年秋-1994年春）、『世界まる見え』から『世界のCM早押しクイズ』、『SHOW by ショーバイ』から『何を作ってるのでしょうか?』を始めとする早押しクイズを出題される。『エラーを探せ』はエラーの難易度により5萬から100萬、それ以外は正解すると司会者席のミリオンスロットに挑戦することが出来る。