2004年（平成16年）には、東京、大阪、西部本社が合併し全国を一社でカバーする単一法人となった。東京を存続会社とし、2007年（平成19年）4月から旧3社の人事・賃金など諸制度統一に向けた新制度がスタート。合併を機にスケールメリットを追求しすべての取引制度を見直し、2005年（平成17年）度決算は減収ながら史上最高益を記録した。売上げにおける3本社の比率は東京6、大阪3、西部1の割合となっている。これに併せ、題字ロゴを全国で統一[注 1]。2008年（平成20年）元日からの大阪本社管内を皮切りに、1面題字に商品バーコードが掲載されるようになった。

発行所は東京本社、大阪本社及び西部総局。札幌では東京本社名義、名古屋と広島では大阪本社名義でそれぞれ発行、一部を地域独自版に差し替える、名古屋ではセンバツ高校野球開催期間中に地元の高校を1面、または常滑と蒲郡のボートレースの優勝戦を1面など。

2010年（平成22年）7月、九州地区は西部本社を福岡に統合移転後、会社全体の組織見直しで、西部本社は廃止。東京本社傘下の管理下による「福岡総局」を復活させる形（格下げ）となった。新聞の発行は継続している。さらに名称を「西部総局」に改め、発行元については単に「西部」とだけ記されるようになった。沖縄では琉球新報社に委託（実質「地域フランチャイズ契約」）し、1990年（平成2年） 7月から「新報スポニチ」を発行している。

メディア環境の激変により新聞界全体で紙媒体の部数減が経営を苦しめる中、2011年（平成23年）2月1日、親会社毎日新聞社と経営統合することで合意した。4月1日付で両者の株式を移転して設立される共同持株会社の完全子会社となるもので、同日関東財務局に報告書を提出した。競合のスポーツ報知と異なるのは、報知新聞社が読売新聞グループとは経営で一体化していないのに対し、スポニチの場合親会社と完全に経営を一体化するという点である。そして2011年（平成23年）4月1日、毎日新聞社とスポーツニッポン新聞社の株式移転によって設立された共同持株会社毎日・スポニチ持株移行株式会社（現在の株式会社毎日新聞グループホールディングス）の完全子会社となった[2]。
沿革

1946年（昭和21年） - 前身紙の『日本投書新聞』が大阪で創刊。

1948年（昭和23年）12月4日 - 前身紙『夕刊東京日日新聞』が東京で創刊。

1949年（昭和24年）

2月1日 - 本紙が大阪で創刊（タブロイド版）。アムステルダム・ロサンゼルス両オリンピックマラソン日本代表津田晴一郎が初代社長に就任。

10月 - 日本投書新聞が毎日新聞社に買収され、『新関西』と改題。


1950年（昭和25年） 3月6日 - 東京都千代田区有楽町にあった毎日新聞東京本社内に東京支社設置、東京において発刊。

1955年（昭和30年）

5月1日 - 福岡県門司市（現・北九州市門司区）清滝の毎日新聞西部本社内に西部支社設置、九州において発刊。

9月1日 - 前日付けで休刊した東京日日新聞(2代)を東京本社版に事実上統合。


1957年（昭和32年） 2月 - 日本プロ野球キャンプの全会場に取材班を配置、シーズン前の調整をきめ細かく伝える。

1959年（昭和34年） 6月1日 - 北海道札幌市で東京支社版の現地印刷開始。

1960年（昭和35年）

8月10日 - 東京支社を分社。「株式会社スポーツニッポン新聞東京本社」設立。これに伴い時期は不明だが大阪本社の社名を「株式会社スポーツニッポン新聞大阪本社」に変更。

10月15日 - スポーツ新聞として初めて1面に赤色の見出しを採用。


1961年（昭和36年） 8月29日 - 西部支社を分社。「株式会社スポーツニッポン新聞西部本社」設立。これにより3本社体制を整える。

1965年（昭和40年）- 北九州市小倉区（現・小倉北区）紺屋町に毎日西部会館が完成、毎日新聞西部本社が移転。