スペイン内戦は1936年に共和国政府に対するクーデタが部分的に成功したことから始まった。このクーデタは、スペイン領モロッコに駐留しているアフリカのスペイン軍の蜂起によって始まったが、1日以内にスペインでの蜂起が起こった。かなりの数のモロッコ軍（正規軍）を含むこの部隊は、フランシスコ・フランコ（モロッコで多くの時間を過ごした）の指揮下にあり、スペイン民族主義軍（英語版）の中核となった。スペイン共産党とマルクス主義統一労働者党（POUM）は、反植民地政策を唱え、共和国政府にスペイン領モロッコの独立を支持するよう圧力をかけ、フランコの後に反乱を起こし、彼のモロッコ軍に不満を引き起こそうとした。モロッコの他の地域の植民地支配者であるフランスとの対立が起こる可能性があったため、当時スペイン社会労働党（PSOE）が率いた政府はその行動方針を拒否した[13]。

モロッコで募られたイスラム正規軍はフランコの主な軍隊の1つであったため、フランコの勝利後、保護領にはフランコ体制下のスペインよりも政治的自由と自治が与えられた[14]。この地域には、競合する政党とモロッコのナショナリスト報道機関があり、スペイン政府を批判することがよくあった。
第二次世界大戦詳細は「スペインによるタンジールの占領 (1940年-1945年)（英語版）」を参照

スペイン軍は、第二次世界大戦中にイタリアの侵略が差し迫っているとの口実でタンジールを暫定的に占領した[15]。
モロッコへの返還

フランスがモロッコから撤退した1956年、スペインは保護領支配を終了させ、モロッコの植民地化以前からスペインの一部であったプラサス・デ・ソベラニア、ジュービ岬、イフニ、その他のモロッコ国外の植民地（スペイン領サハラなど）を保持しながら、新たに独立したモロッコ王国に領土を返還した。しかしこれを受け入れることを望まなかったモロッコ解放軍は、スペイン軍に対して戦争を行った。1958年にシディ・イフニ（英語版）からリオ・デ・オロに広がったイフニ戦争で、モロッコはタルファヤ（保護領の南部）を獲得し[16]、スペインはイフニの都市周辺のみを支配した[17]。モロッコとスペインはイフニをめぐって1年以上交渉した。モロッコはセウタとメリリャの返還も望んでいたが、スペインはイフニのみの放棄を望んだ[18]。1969年1月5日、両国はスペインがイフニをモロッコに譲渡することを約束した条約に署名した[19]。

2022年の時点で、モロッコは依然としてセウタとメリリャが国に不可欠であると主張しており、それらの状態をジブラルタルの状態にたとえて、「外国に占領された町」と見なしている。セウタとメリリャは何世紀にもわたってスペインの領土であったため、スペインは両方の都市を地理的に必要な、自国固有の領土と見なしている。
経済
鉱山

リーフの鉄鉱山は収入源の1つであった。これらの搾取はメリリャの好景気に繋がった。
輸送詳細は「スペイン領モロッコの狭軌鉄道の歴史（英語版）」および「モロッコの鉄道輸送の歴史（英語版）」を参照

モロッコ北部がスペインの管理下に置かれた1906年4月のアルヘシラス条約が調印された後、スペインはこの鉱物が豊富な地域の開発を開始し、多数の狭軌鉄道が建設された。
統治

保護領の統治体制は保護国の概念に由来し、当局には正式に二重性があった。一方では、ハリファ（スペイン語版）（スペイン語: Jalifa）が率いるモロッコ政府があり、スルタンの代表団によって、彼がダヒル（法令）を通じて行使したすべての権限、主に立法権を行使した。彼は最高の宗教的権威でもあった。ハリファが率いるこの政府はマクゼンの名前を受け取り、大宰相によって調整された、省庁のような部門に分割された。大臣は、カーディー（裁判長または裁判官）、HabusのVizier（収入が敬虔なまたは宗教的な仕事または機関に向けられている不可侵の家系）、amin al-amlakおよびaminal-umana（財務大臣）であった。また、5つの地域それぞれから選ばれた2人の代表者で構成される諮問委員会があった。ハリファは、スペイン政府によって提案された二人からスルタンによって選ばれた。最初のハリファはモハメド・メヘディ・オールド・ベン・イシュマエルであった。イシュマエルはスルタンハサン1世の兄弟であり、後にスルタンハサン1世は2番目のハリファの大叔父であった。最初のハリファは1913年4月27日にテトゥアンで就任した。モロッコが独立するまで、Muleyel Mehdi（1913年 - 1923年）と彼の息子のMuleyel Hassanbinel Mehdi（13歳で就任、1925年 - 1941年、1945年 - 1956年）の2人のハリファだけが就任した。

スペイン政権は、ハリファに正式に認定された高等弁務官によって率いられたが、実際には保護領の最高権威であった。高等弁務官は保護領においてスペインの政治的行動を指揮し、そこから命令と指示が発せられた。高等弁務官は、さまざまな部門（先住民族開発および財務）の支援を受けた。各地域には、先住民族の代表団に直接代表される領土管理者がいた。彼に従属して、次のレベルがあり、地域の監査人、そして最後に地方の監査人がいた。秩序の維持は、正規軍（「先住民」のリーフ人を擁するスペイン軍の軍隊）と先住民警察を担当していた。軍の側では、高等弁務官は、セウタ、メリリャ、ララシュに拠点を置く3人の司令官によってサポートされた。

一般的なレベルで、行政組織はこのように配置された。高等弁務官は、地域全体でのスペインの行動の指揮に責任があり、すべての当局（軍隊を含む）は彼に従属していた。 その活動の中には、執政官が管制官として行動した都市の政権であるハリファの行動に介入し、一般的な政策を決定し、必要に応じて軍事作戦を承認または指示することが含まれていた。先住民サービス部門は、事務局に委託され、カビールとの関係、イスラム司法行政の検査、先住民の保護のための領事管轄との関係、および不動産と財産の証明、学校やヘルスケアセンターの検査、教育活動におけるスペインの使命に関連するすべての保安官との関係に関するすべての問題について忠告した。