「虫コミックス」（虫プロ商事）から全1３巻、その後「サンコミックス」（朝日ソノラマ）から3巻が発売されたが、全て絶版。2008年8月に「マンガショップ」から、「1学期」として3巻（上・中・下）、同年9月に「2学期」として3巻（同）、同年10月に「3学期」として3巻（同）の計9巻が発売された。なお「三学期・下」には、先述の「帰ってきたストップ!にいちゃん」が掲載されている。
ほかに、汐文社(全５巻)、光文社(全１巻)、コダマプレス(全１巻)、アース出版(全１巻)からも出版されている。
また、光文社文庫の『少年傑作集』第３巻に書き下ろしの「ストップ!にいちゃん ふたたび」を含む５話が収録されている。
マンガショップ版・虫コミックス版対照表巻(マ)話数(マ)タイトル(マ)掲載号(少年)巻(虫)話数(虫)タイトル(虫)補足(虫)
一学期上1かけもちキャプテン!1962年1?6月号7?2?くたばれ！サチコ?
2天敵サチコ1962年6月号72くたばれ！サチコ
3オトキチ! にいちゃん1962年6?7月号9
62
2オトキチ騒動
ドライ・ドライブ3の前半+7
3の後半
4ピッチャー交代! 南郷!!1962年8月号41おったバットが五万本大幅削除・修正
一学期中5にいちゃんVS拳闘1962年9月号
6にいちゃんVS剣道1962年9月号
7爆弾ゴロゴロ1962年10月号92オトキチ騒動3と合併
8けんけんキャプテン!1962年10?12月号84かかしプレー
9愛犬ボス登場!1962年12?63年1月号42愛犬ボス登場
10将軍と富豪1963年1?2月号63閣下と富豪
11にいちゃんVS熊1963年2月号63閣下と富豪
一学期下12やりすぎ! 桃太郎!!1963年3月号81珍説桃太郎
13モーレツ新入部員!?1963年4月号31新入生よきたれ！
14アバラ骨折で大ピンチ?1963年5月号52スーパーキャプテン
15退部騒ぎ1963年6月号103帰れ！キャプテン
16ハワーイ旅行1963年7?9月号121ハワイ珍道中
二学期上17恐怖体験!!1963年10月号71妖怪博士
18ハッタリくん1963年11月号83ハッタリくん
19青い眼のライバル1963年12月号48となりの青い目
20催眠術投手 登場!!1964年1?2月号10
114
1再催眠術
続・再催眠術分割？
21アルバイトにいちゃん!1964年3?4月号5
114
3バイト野郎
アルバイト王分割
二学期中22犯人は誰だ!!1964年5月号93犯人はだれだ
23ボスの大活躍1964年6月号82これぞボス！
24かたきうちの男1964年7?8月号115必死ハイク
25忍者 南郷勇鬼参上!!1964年9?10月号61堂々たる忍法
26にいちゃん、オリンピック行き!?1964年10?11月号132オリンピック騒動
なし1964年8月増刊号53静かなる男？
なし1965年1月増刊号14スキーとクマさん
二学期下27風邪騒ぎ1964年12月号?1965年1月号131今日のヒーロー
28大雪合戦1965年2月号112雪の対決
29イヤなやつ!1965年3?5月号94イヤなイヤなイヤなやつ
30イカダでアルバイト!?1965年6月号122水にあるけば
三学期上31細田の魔球1965年7月号91大魔球
32にいちゃん集金へ!!1965年7?8月号123押しの一手
33キャンプ騒動1965年9月号114キャンプ村の怪盗
34師範代 にいちゃん!1965年10?11月号102強道館柔道
35シャックリ投法1965年12月号101魔球ヒック
36ガリバーの世界!1966年1月号33マイクロにいちゃん
三学期中37アブないドライブ1966年2月号34けがの功名
38先輩後輩対決!1966年3月号11先輩完敗
39真実はどっち?1966年4月号35暴力学園
40カミナリじいさん1966年5月号27オートバイでつっ走れ冒頭少しカット
41NO.1は誰だ!?1966年6月号32NO.1をかけろ！
42にいちゃんの000号作戦1966年7月号36あぶく作戦
43怪奇博士1966年8月号
44ミステリーゾーン1966年9月号47ミステリーゾーン
45ゴーカート部誕生!1966年10月号24ゴーカート部誕生
46空手家! にいちゃん1966年11月号26空手道
47やりすぎなチャンバラ!!1966年12月号15学芸会
48ゴーカートでGO!!1967年1月号25カートでカトー
三学期下49秘密諜報員 にいちゃん1967年2月号51001/2アルバイトソロ
50ボスのひとめぼれ1967年3月号23ガンバレ！ ボス53と合併
51関西野郎1967年4月号
52ガンバレ サッカー部!!1967年5?6月号13がんばれ！サッカー部
53ボスの息子1967年7月号23ガンバレ！ ボス50と合併
54ライフセーバーでアルバイト1967年8月号12プール救助係
55ケガしあい1967年9月号2?2?野球試合?
56にいちゃんVS金星人1967年10?11月号21金星人来襲
574つの話1967年12月号45四つのいくさの物語
58サッカーでハッスル!1967年1?3月号46サッカー3月号分のみ
59帰ってきたストップ！にいちゃんなしなし
なし43水中野球
なし44ロボット島
なし85ごりっぱ
その他の出版社出版社巻話数タイトル補足話数(マ)タイトル(マ)
光文社11???
コダマブレス11かけもち主将1かけもちキャプテン!
朝日ソノラマ11???
21愛犬ボス登場9愛犬ボス登場!
2閣下と富豪10将軍と富豪
3珍説桃太郎12やりすぎ! 桃太郎!!
4先輩完敗38先輩後輩対決!
31折ったバットが５万本虫コミと同様削除・修正4ピッチャー交代! 南郷!!
2新入生よきたれ！13モーレツ新入部員!?
3魔球ヒック35シャックリ投法
4となりの青い目19青い眼のライバル
汐文社11???
21???
31???
41???
51???