今は亡き銀河帝国の皇帝だったパルパティーンの言葉に従い、ファースト・オーダーの最高指導者となったカイロ・レンは火山の惑星ムスタファーのかつてダース・ベイダーの城があった跡地で古代の科学技術を駆使して作られたウェイファインダーと呼ばれるシスのナビゲーターを手に入れる。これは彼を星図に載ってない銀河系の未知領域の奥深くにある惑星エクセゴルへと導く物であった。

やがて黒い岩が一面に広がる惑星エクセゴルに辿り着いた彼は、古いシスの寺院で約30年前のエンドアの戦いで敗れクローンの体に自身の魂を宿して生き延びていた[注 1]パルパティーンと出会う。パルパティーンの肉体は不完全で生命維持装置に繋がれており、裏でファースト・オーダーを操り、彼をダークサイドへと誘うための操り人形としてスノークを作り上げていたのである。パルパティーンは長い年月を掛けて極秘に建造を進めていた惑星を破壊できるアキシャル・スーパーレーザー砲を搭載したジストン級スター・デストロイヤーの大艦隊「ファイナル・オーダー」の存在を明かしスノークを殺したカイロ・レンにレイを殺すように依頼、その際にはファイナル・オーダーの指揮権を与えると言うのだった。

その頃レイはレジスタンスの指導者であるレイア・オーガナ将軍の下でジェダイとしての修行に励んでいた。フィンとポー・ダメロンは、ファースト・オーダー内部のレジスタンス側スパイから受け取った「パルパティーンが生きている」という情報をレジスタンスに伝えた。レイはルーク・スカイウォーカーが残した古代の書物により、シスのウェイファインダーがあれば惑星エクセゴルに行くことができると知る。レイアは「惑星パサーナの協力者が手助けをしてくれるだろう」と打ち明け、レイ、フィン、ポー、チューバッカ、BB-8、C-3POの6人はミレニアム・ファルコンで出発した。

砂漠の惑星パサーナで一行はランド・カルリジアンに出会う。ランドはシスのウェイファインダーがありそうな場所を指摘した。カイロもフォースのつながりを通じてレイの居場所を突き止めレン騎士団とともにそこへ出向く。レイとその一行は殺人者オーチの残した彼の宇宙船とドロイド (D-O)、そしてシスの言葉で何かが書かれているダガーナイフを見つけた。ナイフに書かれた文章はウェイファインダーのありかで、C-3POには理解できたがシスの言語の翻訳はプログラムでブロックされていた。カイロがそばにいることを察したレイは彼と対決することにした。その間、ミレニアム・ファルコンとチューバッカ、シスのダガーナイフがファースト・オーダーの手に落ちた。レイはチューバッカを救おうとしたが、結果としてチューバッカが乗っていると思われるファースト・オーダーの輸送船をフォース・ライトニングで破壊してしまった。レイたちはその輸送船もろともチューバッカが亡くなったものと考えていたが、とにかくオーチの宇宙船で逃げ出した。

ポーはC-3POの記憶装置に残っているシスの言葉で書かれた文章を引き出すため、雪にまみれた惑星キジーミへ行くことを提案する。暗号を解読するためにC-3POの過去の記憶は全て消去されてしまったものの、シスのウェイファインダーのある場所の座標を引き出すことができた。これは惑星エンドアの衛星ケフ・ビァにあった。その後レイはチューバッカが生きていることを感じ、一行はチューバッカを助ける作戦を開始した。カイロが雪が降る町の中でレイを探している間に、一行は上空のファースト・オーダーのスター・デストロイヤーに侵入していた。侵入にはポーの古い知り合いの女性ゾーリ・ブリスが協力してくれた。レイはスター・デストロイヤーの内部でダガーナイフを発見し無事に取り戻したが、ダガーナイフに触れた途端、かつて両親がそのナイフで殺害されたビジョンを見てしまう。またレイは、カイロから「お前は皇帝の孫娘、名前はレイ・パルパティーンだ」という衝撃の事実を告げられる[注 2]。過去にパルパティーンは、自分の傘下にあるシス・エターナルと呼ばれるカルト組織に入信している部下に命じてレイを連れ戻そうとしたが、レイの両親は娘を守るためレイを惑星ジャクーに隠したのだった。ポーとフィンとチューバッカはファースト・オーダーに捕まり処刑されかけているところをハックス将軍に助けられる。ハックス将軍は「自分こそがレジスタンスのスパイである」と明かす。ポーらのミレニアム・ファルコンでの脱出を見届けたのち、ハックス将軍自身はスパイとしてプライド忠誠将軍に処刑される。