2019年より配信される本作の十数年後を描く実写ドラマ『マンダロリアン』ではファイナルシーズンで描かれた「マンダロア包囲戦」の話が登場人物から語られるほか、アソーカ・タノをはじめ、この戦いに参戦した登場人物たちも登場する。
あらすじ
1年目

『スターウォーズ・エピソード2/クローンの攻撃』で銀河共和国と分離主義勢力が惑星ジオノーシスで衝突して以来、クローン戦争の戦火は銀河各地に拡大した。ジェダイが指揮するクローン・トルーパーによって構成される銀河共和国軍と、バトル・ドロイドによって組織されたドロイド連合軍（分離主義勢力）は各地で激戦を繰り広げる。そして戦争を少しでも自陣営に有利にする為、共和国と分離主義勢力は戦闘の他各地で活発な外交交渉をも敢行。それらの影響は各惑星に裏切り・暗殺等様々な形で現れるのだった。

そんな時、アナキン・スカイウォーカーの元に14歳のトグルータの少女が現れる。名前はアソーカ・タノ。彼女はジェダイ・マスターヨーダの意向でアナキン・スカイウォーカーのパダワンとなった。アナキンは当初アソーカを弟子と認めなかったが、様々な戦いを通して、彼女が自分と同じ性格の持ち主であると知る。そして彼女を認め、以後行動を共にするようになる。アソーカも戦争を通じ様々なことを学び、アナキンや彼の副官を務めるクローン・キャプテン・レックス、彼の配下にある第501大隊の個性豊かなクローン・トルーパーたちと信頼関係を深めた。さらに、パドメ・アミダラなどの議員や政治家、他の惑星の住民らとの交流を通して、戦争の光と闇に触れていく。
2年目

クローン戦争が2年目に突入する頃、アサージ・ヴェントレスがシディアスの命令によりドゥークー伯爵に裏切られ、分離主義勢力を脱退。賞金稼ぎとして新たな仲間と共に分離主義勢力や犯罪者たちと戦い、時にはジェダイに協力するようになる。一方、フォースの力により密かに生き延びていた元シス卿ダース・モールが、彼を探していた弟・サヴァージ・オプレスの手で完全に蘇る。モールはオビ＝ワン・ケノービとダース・シディアス暗殺を目的にシャドウ・コレクティヴと呼ばれる犯罪組織を立ち上げる。この組織は共和国と分離主義勢力の双方の敵となる第三勢力として戦争に参戦した。この第三勢力を脅威と見たダース・シディアスは自ら行動を起こし、モールとサヴァージを襲撃。サヴァージを殺害してモールを捕虜として捕らえる。しかし、シャドウ・コレクティヴの手でモールはシディアスから救い出され、彼の指導のもとで銀河各地て勢力を広げていった。

アソーカはアナキンと共に各惑星で繰り広げられる戦いに身を投じ、ジェダイとしても指揮官としても成長していく。最初はアソーカを「お嬢ちゃん」と呼んでいたクローンたちも、彼女の実力を認め「コマンダー（指揮官）」と呼んで信頼するようになる。また、アソーカは戦場となる惑星に住む住民や敵である分離主義者の支配する惑星に住む住民との交流を通して、どちらが善でありどちらが悪なのか、戦争をする意味やジェダイの戦う意味について疑問を持つようになる。一方でレックスも、軍から逃亡して家族を持った脱走兵のクローンとの交流や共和国を裏切ったジェダイ・マスターとの闘いを通して戦争の意味や戦争が終わった後のクローンの存在意義について疑問を持つようになる。

戦争は銀河全域を巻き込み、どの陣営も大きく消耗していた。そんな中、アソーカ・タノがジェダイ聖堂襲撃の犯人に仕立て上げられ逮捕される。アナキンやキャプテン・レックスなど彼女の無実を信じる者もいたが、ジェダイ評議会は彼女の追放を宣告。軍事裁判にて死刑判決を受ける直前であったが、そのときアナキンが真犯人である別のジェダイを逮捕したことで無実が証明される。しかし、この冤罪事件を通してジェダイ評議会を信用できなくなったアソーカは評議会とアナキンから離れてもう一度、ゆっくりと自分自身について考えるためにアナキンの引き留めにも応じずジェダイ聖堂から去っていった。

アソーカが脱退したの後もアナキンは第501大隊を率いて各地で戦いを繰り広げていた。そんな時、第501大隊に所属するクローン兵の一人がジェダイを殺害する事件が起こる。自分を見失ったかのような行動を起こしたクローン兵を調査するためレックスは自身の補佐を務めていた第501大隊所属のクローン・ARCトルーパー・ファイブスと調査を開始する。しかし、この事件からある計画の発覚を恐れたダース・シディアスは妨害工作を開始。最終的に異常を起こしたクローンは死亡し、計画の真相にたどり着いたファイブスも殺されてしまう。しかし、レックスはファイブスの残した最期の言葉から秘密裏に事件を追うことを決める。
3年目

戦争終結まで数週間と迫ったころ、アウター・リム包囲作戦が始まり、分離主義勢力は徐々に追い詰められていた。一方でクローン・トルーパーたちも銀河外縁部に戦場が広がったことにより部隊を各地に分散させる必要があり、戦力が散り散りなったことで苦戦を強いられていた。戦力を分散させられたクローン軍への救援としてジェダイ評議会は外縁部各地にジェダイ騎士を派遣していた。