1997年の特別篇の公開、2004年のDVD版や2011年のブルーレイ版の発売に際し、その都度最新のデジタル技術などを用いて一部内容の修正・変更が行われている。 前作より1年ほどの月日が流れた。ルーク・スカイウォーカーの使者として惑星タトゥイーンに根城を構える犯罪王ジャバ・ザ・ハットの宮殿へ遣わされた2体のドロイド、R2-D2とC-3POは、炭素冷凍された状態でジャバに囚われたハン・ソロの返還を要求し、その対価としてドロイドを捧げるというルークのメッセージをジャバに伝えるが、彼はこれを即座に拒絶する一方、ドロイドは我がものとした。次いで、1人の賞金稼ぎがソロの相棒チューバッカを捕らえてジャバのもとを訪れ、賞金を要求する。それはレイア・オーガナの変装した姿であり、夜間に冷凍されていたソロの解凍に成功するが、それを看破していたジャバによってソロは再度捕らえられ、レイアはジャバの奴隷にされる。惑星ベスピンにてシスの暗黒卿ダース・ベイダーに敗北したルークは、更なる修業を積み、ジェダイの騎士として大きく成長していた。修行を終えたルークは、ジャバの宮殿を訪れ、ジェダイとしての力を背景にレイアらの解放を迫る。一度はジャバの罠に落ちソロらとともに処刑を宣告されるルークであったが、処刑場で反撃に転じ、賞金稼ぎに扮して潜入していたランド・カルリジアンも蜂起。ジャバは混乱の中レイアに絞殺されギャング一味は壊滅、無事にすべての捕虜を解放して一同はタトゥイーンを後にする。 ルークはジェダイの騎士としての修行を完成させるため、惑星ダゴバに戻るが、ジェダイ・マスターヨーダは既に死の床にあった。改めて指導を申し出たルークに、彼はジェダイとして技術的なことはすべて習得しており、もはや自分が教えることは何も無いと、その成長を認める。だが、真の意味でジェダイの騎士になるには、最後の試練として、父ベイダーとの対決は不可避であることも告げるのだった。最後にルークはずっと気にかけていた、本当にベイダーが自分の父であるかを尋ね、今際の際にヨーダはそれを認めた。彼は続けて何かを言いかけたまま息を引き取り、その肉体はオビ＝ワン・ケノービと同じく消滅した。その後ルークは、霊体として現れたオビ＝ワンから、ベイダーが間違いなくルークの父アナキン・スカイウォーカーであり、それを秘していたこと、更にはアナキンすら知らない事実として、彼にはもう一人子供がおり、それはレイアであり、すなわちルークの双子の妹であることを知らされる。 一方、銀河帝国は、森の惑星エンドアの軌道上に第2デス・スターの建造を進めており、最終段階視察のためにベイダー、更に皇帝パルパティーン自らが来訪していた。その情報を入手した反乱同盟軍は、アクバー提督の下で全戦力をつぎ込んだ最後の反攻作戦を立案する。デス・スター攻撃隊長に志願したランドに愛機ミレニアム・ファルコンを貸したソロは、ルーク、レイアたちを加えた潜入部隊を率い、デス・スターを護るシールド発生施設の破壊のためエンドアへと向かう。だが、エンドア潜入に利用した帝国軍のシャトルの中で、ルークは潜入部隊に参加するのではなかったと後悔を口にする。ベイダーとルークは、フォースによってお互いの存在を察知してしまったのだった。 エンドアの森の中で、ソロたちは原住民イウォーク族と遭遇、彼らの協力を得ることに成功する。ルークはレイアに兄妹である事実を告げたのち単身帝国軍に投降し、再びベイダーと対面する。ルークはベイダーの心の中にはまだアナキンの善の心があり、かつてのジェダイとしての魂を取り戻すように説得するが彼は応じず、ルークを第2デス・スターにいる皇帝の下に連行する。やがて反乱軍の反攻作戦が開始されるが、ソロたち潜入部隊は待ち構えていた帝国軍に捕えられ、ランドら攻撃部隊もデス・スターのシールドがまだ生きていると察知し急遽反転したところを、スター・デストロイヤー艦隊やTIEファイター部隊の挟み撃ちに遭い、さらに未完成との情報だったはずのスーパーレーザーも完成しており、反乱軍の艦船が一瞬で撃沈されてしまう。すべては皇帝の仕掛けた罠であり、反乱軍を一網打尽にするため、重要な事項を隠した上で、意図的に情報を漏らしていたのであった。絶望的な戦況の中、ルークは皇帝の眼前で、ベイダーとライトセーバーを交えながら必死にフォースの暗黒面に抵抗する。一方のソロたちも、イウォーク族の応援を得て反撃を開始する。
ストーリー