1997年の特別篇の公開、2004年のDVD版や2011年のブルーレイ版の発売に際し、その都度最新のデジタル技術などを用いて一部内容の修正・変更が行われている。
ストーリー

遠い昔、はるか彼方の銀河系で...

『スター・ウォーズ エピソード5/帝国の逆襲』より1年ほどの月日が流れた。ルーク・スカイウォーカーの使者として惑星タトゥイーンに根城を構える犯罪王ジャバ・ザ・ハットの宮殿へ遣わされた2体のドロイドR2-D2とC-3POは、炭素冷凍された状態でジャバに囚われたハン・ソロの返還を要求しその対価としてドロイドを捧げるというルークのメッセージをジャバに伝えるが、ジャバはこれを即座に拒絶する一方、ドロイドは我がものとした。次いで、1人の賞金稼ぎがソロの相棒チューバッカを捕らえてジャバのもとを訪れ賞金を要求する。それはレイア・オーガナの変装した姿であり、夜間に冷凍されていたソロの解凍に成功するが、それを看破していたジャバによってソロは再度捕らえられ、レイアはジャバの奴隷とされる。惑星ベスピンにてシスの暗黒卿ダース・ベイダーに敗北したルークは更なる修業を積み、ジェダイの騎士として大きく成長していた。修行を終えたルークはジャバの宮殿を訪れ、ジェダイとしての力を背景にレイアらの解放を迫る。一度はジャバの罠に落ちソロらとともに処刑を宣告されるルークであったが、処刑場で反撃に転じ、賞金稼ぎに扮して潜入していたランド・カルリジアンも蜂起。ジャバは混乱の中レイアに絞殺されギャング一味は壊滅、無事にすべての捕虜を解放して一同はタトゥイーンを後にする。

ルークはジェダイの騎士としての修行を完成させるため、惑星ダゴバに戻るが、ジェダイ・マスターヨーダは老衰による死の床にあった。ヨーダは改めて指導を申し出たルークに、ジェダイとして技術的なことはすべて習得しており、もはや自分が教えることは何も無いとその成長を認める。だが、真の意味でジェダイの騎士になるには、最後の試練として、父ベイダーとの対決は不可避であることも告げるのだった。ヨーダは静かに息を引き取り、その肉体はオビ＝ワン・ケノービの時と同じく消滅した。その後ルークは、霊体として現れたオビ＝ワン・ケノービから、ベイダーが間違いなくルークの父アナキン・スカイウォーカーでありルークにはそれを秘していたこと、更にはアナキンすら知らない事実として、彼にはもう一人子供がおり、それがレイアでルークの双子の妹であることを知らされる。

一方、銀河帝国は森の惑星エンドアの軌道上に第2デス・スターの建造を進めており、最終段階視察のためにベイダー、更に銀河皇帝ダース・シディアス自らが来訪していた。その情報を入手した反乱同盟軍は、アクバー提督の下で全戦力をつぎ込んだ最後の反攻作戦を立案する。デス・スター攻撃隊長に志願したランドに愛機ミレニアム・ファルコン号を貸したソロは、ルーク、レイアたちを加えた潜入部隊を率い、デス・スターを護るシールド発生施設の破壊のためエンドアへと向かう。だが、エンドア潜入に利用した帝国軍のシャトルの中で、ルークは潜入部隊に参加するのではなかったと後悔を口にする。デス・スターにいたベイダーとルークはフォースによってお互いの存在を察知してしまったのだった。

エンドアの森の中で、ソロたちは原住民イウォーク族と遭遇、彼らの協力を得ることに成功する。一方ルークは単身帝国軍に投降し、再びベイダーと対面する。ルークはかつてのジェダイとしての魂を取り戻すように呼びかけるがベイダーは応じず、ルークを第2デス・スターにいるシディアスの下に連行する。やがて反乱軍の反攻作戦が開始されるが、ソロたち潜入部隊は待ち構えていた帝国軍に捕えられ、ランドら攻撃部隊はシールドとスター・デストロイヤー艦隊やTIEファイターの挟み撃ちに遭う。全てはシディアスの仕掛けた罠であった。絶望的な戦況の中、ルークはシディアスの眼前で、ベイダーとセーバーを交えながら必死にフォースの暗黒面に抵抗する。一方のソロたちも、イウォーク族の応援を得て反撃を開始する。攻撃隊を指揮するランドは、ソロがシールドを破壊してくれることを信じ、帝国軍艦隊を前に決死の総力戦を挑む。

激戦の果てに、潜入部隊はシールド発生施設の爆破に成功し、攻撃隊がデス・スター内部への突入を開始した。ルークはベイダーの説得を続けていたが、妹レイアの存在を悟ったベイダーは、彼女を暗黒面に引き込むと宣言し、ルークを挑発する。