『スター・ウォーズ エピソード1/ファントム・メナス』より約10年後、旧態依然として腐敗による機能低下が進む銀河共和国を見限り数千の星系が離脱を表明、元ジェダイのドゥークー伯爵を中心に分離主義勢力を形成して共和国との間に緊張状態を生じていた。この事態に対して、共和国の軍隊保有の是非を問う元老院議会での投票のため惑星コルサントを訪れたパドメ・アミダラ元老院議員は爆破テロに遭遇し、パドメ自身は難を逃れたものの多数の侍従が犠牲となる。

パルパティーン最高議長の計らいで、オビ＝ワン・ケノービと若きアナキン・スカイウォーカーがボディーガードをすることになり、オビ＝ワンとアナキンはパドメを狙った刺客ザム・ウェセルから彼女を守ることに成功。ザムを捕らえて口を割ろうとするや、別の刺客（ジャンゴ・フェット）にザムは殺されてしまった。オビ＝ワンはザムを殺した凶器から手掛かりを得て、惑星カミーノへ向かう[4]。

一方コルサントでは、アナキンが初の単独任務として、身を隠すため惑星ナブーへ向かうパドメを護衛するため、同行を命じられていた。ナブーの地に着き一時の平穏が訪れる中、やがてアナキンとパドメは愛しあうようになるが、ジェダイの掟は「誰かを愛することは執着心を生む」とし、それを禁じていた。

オビ＝ワンは惑星カミーノで、亡きジェダイ・マスター、サイフォ＝ディアスが10年前に極秘裏に生産を依頼していたクローン・トルーパーの大軍隊を視察する。そのクローン・トルーパーの遺伝子ホストであるジャンゴこそがザムを消した賞金稼ぎであると判断したオビ＝ワンは、ジャンゴの捕獲を試みるも反撃にあい取り逃がしてしまう。オビ＝ワンは惑星ジオノーシスへ逃亡したジャンゴを追跡するが、ジオノーシス近くの小惑星帯ではジャンゴの巧みな操船技術に完敗。すんでのところで自らの撃墜を偽装し、ジャンゴをやり過ごした。

以前から母シミ・スカイウォーカーが苦しんでいる悪夢にうなされていたアナキンは、パドメの計らいで共に故郷の惑星タトゥイーンを訪れる。かつての主人ワトーから、シミは奴隷から解放され、水耕農夫ラーズの後妻となっていたことを知る。ラーズ家を訪れたアナキンだったが、そこで知らされたのはシミが盗賊タスケン・レイダーに誘拐されたという事実だった。アナキンは必死の捜索でシミを発見するが、時遅く彼女は息子の腕の中で絶命、アナキンは怒りのままにタスケンを部族ごと虐殺する。

ジオノーシスに着陸したオビ＝ワンは、そこで分離主義勢力陣営のドロイド工場を発見するが、シス卿のドゥークー伯爵に捕らえられてしまう。ドゥークーはオビ＝ワンに、共和国が既にシスに乗っ取られ、元老院も多くの議員がシスの配下にあるという驚くべき事実を告げる。その上で、共に戦おうと持ちかけるがオビ＝ワンは拒否。その後アナキンとパドメはオビ＝ワンの救出に向かうが結局捕らえられ、3人揃って闘技場で怪物に処刑されそうになる。追い詰められた彼らの元に、闘技場でばれないよう変装して見守っていたメイス・ウィンドゥ率いるジェダイ軍団が救援に現れ、戦闘の最中ジャンゴ・フェットが命を落とすが、やがてジェダイ軍団はドロイド軍の圧倒的な物量の前に窮地に追い込まれる。そこへ援軍として、ヨーダ率いるクローン・トルーパーが乗り込んだ複数機のリパブリック・ガンシップが降下。クローン・トルーパーが加わったことで形成逆転したジェダイ軍団は闘技場を超えて大戦闘を展開。

アナキンとオビ＝ワンは逃亡するドゥークー伯爵を追いかけるが、二人の力はドゥークー伯爵には及ばずまたもや窮地に陥る。そこにヨーダが現れ、圧倒的な強さでドゥークー伯爵を追い詰めるも、勝敗を決する前にドゥークー伯爵は再び逃亡してしまう。その後、ドゥークー伯爵はコルサントにいる自分の師ダース・シディアス卿の元へと向かい、持っていた「デス・スター」の設計図を手渡す。