シーズン1は『スタートレック:ディスカバリー』のシーズン2最後にディスカバリーが未来に去り、宇宙艦隊がその存在を極秘にした後の2259年に始まる。エンタープライズの整備中に副長ウーナ(ナンバーワン)が行方不明となり、クリストファー・パイク船長は自分の悲劇的な未来を知りながら、船を率いてウーナを救出したのち、探検を始める。ウーナが禁止された遺伝子操作を施したイリリア人であることが分かるも、パイクは辞職を認めない。エンタープライズは、保安主任ラアンの家族を皆殺しにした強敵ゴーン人に遭遇し、機関主任ヘマーは死ぬ。パイクは歴史を変えて個人的な悲劇を避けることで、自分のロミュランに対する寛容な行動が惑星連邦全体とスポックに悲惨な運命をもたらすことを知る。