ただし、不安定な勤務形態が逆に奏功している点として、来校頻度が低いことで、児童・生徒・学生、保護者などの利用者や他の教職員との馴れ合いが生じにくく、その結果「第三者性・外部性の確保」を支持している側面があるため[7]、勤務形態の増加・拡大や常勤化を実施する際は、単に機械的に行うのではなく、「第三者性」「外部性」を継続的に確保できるよう、業務上の配慮や他の教職員との共通理解が特に必要とされる[7]。
名称をめぐる混同

スクールカウンセラーという名称のため、「スクール」の部分を「学校」と和訳し、「カウンセラー」の部分から「心理士」を連想し、その2つを組み合わせ「スクールカウンセラー」＝「学校心理士」と誤解される場合がある。確かに「学校心理士」という資格自体は日本に存在し、大学院課程修了を一部要件に含む専門性の高い心理士資格であるが、教育職員免許状の所有や教職員活動経験が基本要件とされている資格取得条件上、学校心理士有資格者には教員在職者や教職員OBが多く、そもそもとして既存の教職員関係者とは異なる「第三者性」「外部性」を有する心理職専門家であることが「第三者性・外部性の確保」として倫理的な大前提とされている文部科学省の任用規程においては、学校心理士は「スクールカウンセラーに準ずる者（準スクールカウンセラー）」のひとつという位置付けである[24]。なお「スクールカウンセラーに準ずる者（準スクールカウンセラー）」は、正規のスクールカウンセラー資格要件を満たす高度な心理職専門家人材が少ない地域などにおいて理由に合理性が認められる場合に任用されることがあり[24]、「スクールカウンセラーに準ずる者（準スクールカウンセラー）」も、便宜上自身を広義のスクールカウンセラーと呼ぶ場合はある。

また、日本のスクールカウンセラーは、アメリカにおいては「school psychologist」に相当する。アメリカにも「school counselor」という職種は存在するが、その業務は日本においてのキャリアカウンセラーに近い。一方、上記の「学校心理士」資格の英語表記は「school psychologist[71]」とされており、こちらも混同されやすい。

なお、アメリカにおける事例などが日本で一般向けに報道・引用される際は、「school psychologist」「school counselor」「guidance counselor」などを総じた訳語として「スクールカウンセラー」の名称が用いられる[72][73]。例えば、アメリカのポップ歌手レディー・ガガが ⇒Born This Way Foundationを設立する契機となったJamey Rodemeyerの自殺事件の際も、「guidance counselor」は日本の制度に合わせ「スクールカウンセラー」と報道された[72][73][74][75]。
脚注[脚注の使い方]^ a b c d e 文部科学省 (2004年). “ ⇒スクールカウンセラーについて”. 2010年2月20日閲覧。