スクリプト言語の一種は、ジョブ制御の自動化から生み出されたもので、システムプログラムの起動と制御を行う。そういう意味ではシェルの祖先としてIBMの Job Control Language（JCL、ジョブ制御言語）があるとも言える。この種の言語の処理系（インタプリタ）の多くは、UNIXのシェルやMS-DOSのCOMMAND.COMといったコマンドラインインタプリタと呼ばれるものである。他にも英語のようなコマンドでスクリプトを書ける AppleScript などもある。macOS では、CocoaとAppleScript或いはJavaScript[1]を使ってアプリケーション全体を構築することもできる。
GUIスクリプト

GUIの出現により、コンピュータの制御のための特殊なスクリプト言語も生み出された。それは、ウィンドウ、メニュー、ボタンなどのシステムが生成したものとやり取りする言語であり、人間の手が行うことをシミュレーションする。これらの言語はユーザーが行うことを自動化し標準化するもので、一般にマクロ言語などと呼ばれる。

原理的にはGUIベースのコンピュータ上で動作する任意のアプリケーションを制御できるが、一般に特定のアプリケーションやオペレーティングシステムに対応してマクロ言語が存在する。しかし、中には画面上のピクセル配置からグラフィカルなオブジェクトを認識して操作する言語もあり、その場合はOSやアプリケーションに依存することなく操作可能である。
アプリケーション専用言語

大規模なアプリケーションプログラムの多くは、固有のスクリプト言語を備えており、そのアプリケーションのユーザーが必要に応じてそれを使う。同様に、コンピュータゲームシステムの多くに固有のスクリプト言語があり、NPCの振る舞いや環境のプログラミングに使われている。このような言語は1つのアプリケーションのためだけに設計されている。表面上は特定の汎用言語に似ているものもあるが（例えばQuakeにはC言語に良く似たQuakeCがある）、汎用言語にはない特有の機能を有していることが多い。Emacs Lisp は機能を完備したLISP言語の方言だが、Emacsの機能の拡張や変更に便利な特殊機能を数多く備えている。アプリケーション専用のスクリプト言語は、特定アプリケーションに特化したドメイン固有言語と見ることもできる。
Webブラウザ

Webブラウザは、ウェブページを表示するためのアプリケーションである。その操作を制御するための専用言語が開発されてきた。例えば、JavaScript、マイクロソフトのVBScript（Internet Explorer でのみ動作）、MozillaプロジェクトのXUL（Firefoxでのみ動作）、XMLコンテンツを新たな形式に変換して表示するためのXSLTなどがある。ユーザーの印象を良くして反応を引き出すためにXMLとJavaScriptの組合せを利用した技法が広く採用されるようになり、Ajaxという名前まで付けられるようになっている。
Webサーバ

HTTPリンクにおけるサーバ側では、アプリケーションサーバやCMSなどの動的コンテンツサーバでも、様々なスクリプティング技法を活用している。この領域でよく使われるのは、PHP、JSP、ASP などだが、他にも Ruby on Rails などが一部で人気を得ている。
テキスト処理言語

テキスト処理は古くからあるスクリプト言語の用途の1つである。UNIXのツールであるAWK、sed、grep 向けに書かれたスクリプトは、テキスト形式の設定ファイルやログファイルに関する処理を自動化するのに使われてきた。この分野では正規表現が重要である。テキスト処理用スクリプト言語では、正規表現を使って処理対象の構造を形式的に表現する。

Perlはもともと、テキスト処理ツールの限界を超えることを目的として開発されたが、現在ではより汎用的な言語に成長している。
汎用動的言語「動的プログラミング言語」も参照

Perlなどの言語はスクリプト言語として生まれたが、より広い用途に使えるプログラミング言語に成長していった。Perlとよく似た言語で、実行中に解釈され、メモリ管理機能があり、動的な言語は、それぞれ相互に似ていることから「スクリプト言語」と呼ばれることもある。