このハプスブルク家との死闘のさなかの1353年に最初の3州に加えてグラールス州・ツーク州の両州とルツェルン・チューリッヒ・ベルンの各都市が原初同盟と個々に同盟を結ぶという形で同盟に加わった。こうしてできたのが「八州同盟（ドイツ語版、フランス語版、イタリア語版、アレマン語版）」である。アッペンツェル戦争（1401年 - 1429年）中の1411年に、アッペンツェル（ドイツ語版、英語版）（1403年 - 1597年）は原初同盟と防衛条約を締結した[2][3]。

1440年代、トッゲンブルク伯領をめぐりチューリッヒがシュヴィーツら諸州と争い、分が悪くなってハプスブルク家に接近し同家の帝位を回復した（古チューリッヒ戦争（英語版））。このころハプスブルク家に近い司教領同盟（1367年成立）など幾多の勢力が、互いに結んで貴族間のフェーデに参加した。1470年代にブルゴーニュ戦争でスイス領内へ侵攻したブルゴーニュ公国のシャルル突進公の軍勢を破ったことと、スイス人傭兵がヨーロッパ全域の戦場で活躍するようになったことで、スイスの国際的な地位は向上した。

1488年にシュヴァーベン同盟が結成され、1499年に皇帝マクシミリアン1世がスイスを勢力下に収めようと侵入したが三同盟と原初同盟からなるスイス軍の前に敗れ（シュヴァーベン戦争）、この勝利によってスイスは神聖ローマ帝国からの事実上の独立を勝ち取り、シュヴァーベン地方ではドイツ農民戦争（1524年 - 1525年）へと向かうことになった。

1501年、バーゼル司教領（英語版）（1032年 - 1803年）が原初同盟に参加し、カントン・バーゼル（アレマン語版、英語版）（1501年 - 1833年）となる。1506年には教皇ユリウス2世が近衛兵として初めてスイス人傭兵を採用している[4]。この頃、スイスはイタリア戦争などの周辺地域の紛争に干渉したが（ノヴァーラの戦い）、1515年のマリニャーノの戦い（英語版）でフランソワ1世率いるフランス軍に大敗を喫した。同年、ミュルーズが十都市同盟から盟約者団へ移ってきた。
宗教改革の嵐（1523年-1648年）詳細は「スイスの宗教改革」を参照

宗教改革者フルドリッヒ・ツヴィングリはもともと1518年にチューリッヒの大聖堂の説教師として招聘された。1523年に始まるツヴィングリの宗教改革運動はチューリッヒ市の政治体制と不可分の政教一致運動でもあった。ツヴィングリの始めた改革運動は他の州にも拡大したが、森林五州とよばれる5つの州は従来のカトリック信仰の保持を表明した。プロテスタント諸州とカトリック諸州は争いを避けようと交渉を繰り返したが、自らの力を頼みとするチューリッヒがプロテスタント陣営の中でも独走気味となった。1529年の第一次カッペル戦争はぎりぎりのところで交戦が回避されたが、ついに1531年の第二次カッペル戦争（ドイツ語版、英語版）でチューリッヒ軍がカトリック連合軍と激突し、ツヴィングリ自身も戦死した。1531年に和平協定であるカッペル協定が結ばれ、スイスにおいてカトリックとプロテスタントは互いを攻撃することなく共存していく体制を作ることで合意した。ここでは各邦が宗教問題に対応すると決められ、アウクスブルクの和議の先取りとなった。また、この決定により、西南ドイツ都市と締結していた同盟は破棄され、ツヴィングリの死（西南ドイツ都市はルター派の影響下となる）とともにスイスが神聖ローマ帝国から分離していく原因の一つとなった。このころ、ジャン・カルヴァンが指導していたジュネーヴが盟約者団の一員として加わった。1560年、森林五州はサヴォイア公国と同盟した（ボロメオ同盟）。

1602年、サヴォイアがジュネーヴを奇襲したが失敗。1604年、森林五州はヴァリスをカトリック側へ連れ戻した。三十年戦争（1618年-1648年）の前菜に、ユグノーと和解したリシュリューがサヴォイアを攻撃した。また、多くのスイス傭兵の血が流れた。三十年戦争で勇名を馳せたスウェーデン王グスタフ2世アドルフの軍には、多くのスイス人傭兵が参加していた。プロテスタント陣営に優勢をもたらしたグスタフ・アドルフは、スイス人の多勢を占めるゲルマン人とスウェーデン人の祖先を同一視させる政策（古ゴート主義）をとった。