当時パンアメリカン航空の本拠地であったこの空港は、ロンドン・パリ/CDG・ローマからはノンストップで行けるのに対し、日本からのアクセスは747就航後でもアンカレジまたはホノルル・シアトル・ロサンゼルス/LAXを経由する必要があった。そこで、極東からJFKまでの無着陸飛行のためにボーイング社が開発したのが超長距離用747SPである。1976年4月25日、パンアメリカン航空により、世界で初めて同空港から東京への無着陸直行便が就航した。
構造と機能第3ターミナル（1960年代）

4本の滑走路が中央ターミナルを囲み、それぞれがペアで平行に走っている。13R-31L滑走路は商用滑走路としては北米最長の4440m。

1948年から1957年まではターミナルが1つしかなかった。その後国際線到着ターミナルは老朽化のために14億ドル掛けて2001年に第4ターミナルとして改装された。その他8つのターミナルは1958年から1971年にかけて各ターミナルはそのターミナルのメインとなる航空会社によって設計され作られた。これらのターミナルは貨物の取り扱いに関しても非常に大きな機能を持っている。

パンアメリカン航空のメインターミナルで「パンナム・ワールドポート」の愛称で呼ばれていた第3ターミナルは1962年に完成した。特筆する点として長円形の屋根が、放射状に32本ものケーブルで吊るされている。屋根は旅客エリアをカバーしている。これは乗客がスポットに泊められた飛行機に楽に移動するための特別な橋となっている。

トランス・ワールド航空のメインである第5ターミナルも1962年に完成した。家具デザイナーとしても知られるフィンランド生まれのアメリカ人建築家エーロ・サーリネンによって設計された。また第3ターミナル、第5ターミナルともに1970年代に改装されている。

貨物の取り扱い量も多く、現在アメリカン航空、アシアナ航空、キャセイパシフィック航空、エミレーツ・スカイカーゴ、ルフトハンザ・カーゴ、日本貨物航空、ユナイテッド航空など、100社以上が貨物専用便を就航させており、敷地内には航空貨物を取り扱う施設も数多い。
ターミナル
第1ターミナル
第1ターミナル当初はイースタン航空（1991年運航停止）によって占められていた。1998年に、同空港に乗り入れる複数の航空会社（エールフランス、日本航空、ルフトハンザ）によって建て替えられた。ゲート数は11。
第2ターミナル
1962年にノースウエスト航空、ノースイースト航空、ブラニフ航空により完成した。のちにパンアメリカン航空も国内線が乗り入れてきた。デルタ航空が主に利用し、2006年4月までは同社の運営するソングが利用していた。ゲート数は11。
第4ターミナル
第4ターミナル2001年に改装された。唯一の24時間利用可能ターミナル。ゲート数は38。かつては国際線到着ターミナル（International Arrivals Terminal）と呼ばれていた。
第5ターミナル
第5ターミナル（TWAターミナル）、エーロ・サーリネン設計、1962年詳細は「TWAフライトセンター」を参照エーロ・サーリネンの設計で1962年に完成し、旧トランスワールド航空のターミナルとして使用されていた。TWAターミナル、またはTWAフライトセンターとも呼ばれる。「サーリネンのターミナルビル」としても知られる優美なデザインは、第3ターミナルとともにケネディ空港を代表する建築物となっている。また、歴史的建造物にも指定されている。4枚のシェルが長さ105m、高さ17mのスペースを覆う。鳥が翼をひろげ飛び立つようなイメージを、コンクリートシェルで表現したデザインは当時の建築界に衝撃を与えた。内部は曲面天井の伸びやかな空間で、シェル面のスリットからの光も魅力的な、安らぎの空間がつくり出されている。[3]
第7ターミナル
第7ターミナル当初、ブリティッシュ・エアウェイズのターミナルとして1970年に完成した。1991年・2003年・2008年にそれぞれ改装された。ゲート数は20。スターアライアンスの全日本空輸、エア・カナダ、スカンジナビア航空、LOTポーランド航空、エチオピア航空、スカイチームのアルゼンチン航空、ワンワールドのアラスカ航空の他、アライアンスに属していないエアリンガスなどが乗り入れている
第8ターミナル
第8ターミナルのアメリカン航空のボーイング767当初、アメリカン航空のターミナルとして1960年に完成した。ゲート数は15。2007年8月に新しい第8ターミナルが完成して、従来2ターミナルに別れていた国際線、国内線などが統合された。ゲート数は29。2022年12月からはブリティッシュ・エアウェイズとイベリア航空が第7ターミナルから、2023年5月からは日本航空が第1ターミナルから移転し、ワンワールド加盟各社のハブターミナルとなる。[4]
現存しないターミナル
第3ターミナル
1960年にパンアメリカン航空により完成し、同社のターミナルとなっていた。1971年には拡大し“フライングソーサ”という屋根が有名で最も大きなターミナルとなっていた。かつてここには、イスラム革命以前のイラン航空が乗り入れていた際、このターミナルを利用していた。パンナムの倒産した1991年以降はデルタ航空が買い取り、改装された。ゲート数は17。通称「ワールドポート」。その後第3ターミナルの全機能が第4ターミナルに移管されており、第3ターミナルは2014年に完全に解体された。
第6ターミナル
イオ・ミン・ペイの設計で1969年に完成し、旧ナショナル航空のターミナルとして使用されていた。通称「サンドローム」。ナショナル航空が旧パンアメリカン航空に買収されると、隣接する第5ターミナルを使用していた旧トランスワールド航空が第6ターミナルを買収し、その一部をユナイテッド航空にリースした。2001年にトランスワールド航空がアメリカン航空に買収されると、ジェットブルー航空が同ターミナルを買収、750万ドルをかけた大改修の後、同航空のハブとして再開業されたが、2010年に第5ターミナルに移転し2011年に解体。