1988年から1990年にかけてはライターのアン・ノセンティ（英語版）、インカーのアル・ウィリアムソン（英語版）と共に『デアデビル』を手がけ、タイフォイド・マリー（英語版）を創造した[14]。彼は後に「私がDDを手がけていた間、私が初めて作成プロセスの一部であったように最終的に感じた」と述べている[15]。

1990年代には『アイアンマン』に復帰してジョン・バーン（英語版）脚本の「Armor Wars II」や『パニッシャー・ウォー・ゾーン（英語版）』[16]、ミニシリーズ『ケーブル』[17]、DCコミックスとの企業間クロスオーバー『パニッシャー/バットマン』を手がけた。この間にインカーのクラウス・ヤンソン（英語版）と頻繁に活動した[6]。1993年にロミータはフランク・ミラーとコラボレーションしてデアデビルのオリジンストーリー『Daredevil: The Man Without Fear』を手がけていた[18]。このストーリーは当初は64ページのグラフィックノベルであったが144ページに増加し、最終的に全5号のリミテッド・シリーズにまで大きくなった[15]。1998年7月にロミータはダン・ユルゲン（英語版）と共に『ソー』[19]、1999年1月にはハワード・マッキー（英語版）と共に『ピーター・パーカー: スパイダーマン（英語版）』をリランチした[20]。

2001年にロミータはスパイダーマンに復帰し、ライターのJ・マイケル・ストラジンスキーと共に『アメイジング・スパイダーマン』第2期第30号（2001年6月）より参加した[21]。このクリエイティブチームはアメリカ同時多発テロ事件への犠牲者への追悼の物語である第36号（2001年12月）を執筆した[22]。2004年から2005年にかけては『ウルヴァリン』、『ブラックパンサー』、『セントリー（英語版）』、『アルティメット・ビジョン』を手がけた[6]

2006年、ロミータはジャック・カービーのエターナルズを再解釈したライターのニール・ゲイマンによる全7号のミニシリーズを手がけた[23][24]。2007年にはグレッグ・パク脚本によるマーベルの大型クロスオーバー・リミテッド・シリーズ『ワールド・ウォー・ハルク』のアートを担当した[25][26]。

2008年にロミータは再び『アメイジング・スパイダーマン』に復帰した[27]。他にマーベルのアイコン・コミックスより出版されたマーク・ミラー脚本の『キック・アス』を手がけた。これは後に映画化され、ロミータはプロデューサーの1人を務めた他、映画の中のアニメーションによる回想シーンを監督した[28]。