1983年に音楽活動の中で知り合ったロリ・アン・アリソンと結婚するが、1985年に離婚。その後も女優のジェニファー・グレイ、シェリリン・フェン、ウィノナ・ライダーや、スーパーモデルのケイト・モスとも交際していた。ちなみにウィノナ・ライダーと交際中、腕に「ウィノナ・フォーエヴァー（WINONA FOREVER）」と刺青を施したが、破局後「ワィノ・フォーエヴァー（アル中よ永遠に）」と侮蔑的な表現に修正された。

1998年からフランスの歌手兼女優のヴァネッサ・パラディとパートナー関係（婚姻はしていないが事実婚）であり、1999年5月27日に長女リリー＝ローズ・メロディ・デップが、2002年4月9日に長男（ジョン・クリストファー・デップ3世（John Christopher Jack Depp �V））が誕生[33]。アメリカと南フランスの両方で生活をしていた。

2010年12月、英ザ・サン紙によると、撮影を終えてフランスに帰ると俗世間から自分を切り離し、家族との時間を邪魔されないように自宅では一切電話を使わないという[34]。

2012年6月、ヴァネッサ・パラディと破局したと代理人が明らかにした[35]。2012年より、『ラム・ダイアリー』で共演したアンバー・ハードと交際が噂される[36]。2014年1月17日に、アンバー・ハードと婚約する[37]。2015年2月3日に、ロサンゼルスの自宅にて挙式をする[38]。2016年5月、アンバーにより離婚申請がされたことが明らかとなる[39]。ジョニーによるDVがあったと訴え、裁判所に証拠写真を提出した[40][注釈 1]。8月12日、TMZ誌にジョニー・デップがアンバーを怒鳴りつける動画が流出[注釈 2]。DVの証拠としてアンバーが撮影したものと思われるが、アンバーは動画流出に「関わっていない」と主張。さらに8月15日には、ビリー・ボブ・ソーントンとアンバーの仲を疑ったジョニーが自身の指先を切り落とし、その指先に塗料をつけ、鏡に「ビリー・ボブ」「尻軽アンバー」と記す画像が流出[43]。8月16日に共同声明が発表され、離婚の成立とアンバーが受け取る金銭を慈善団体へ寄付されることが発表される。しかし、実際にはアンバーは寄付していなかったことが慈善団体からの発表で発覚する[44]。離婚の理由の中にアンバーがジョニーから身体的なDVを受けていたとあったが、共同声明では「相手を身体的、精神的に傷つける意図は一度もなかった」となっている[44]。結局は裁判になり双方が名誉毀損で訴え合うが、アンバー側の証拠や証言がほぼ捏造だったと発覚。ジョニーは勝訴し、アンバーは1000万ドルの損害賠償の支払いを命じられた[31]。また、アンバーもジョニーへの反訴で200万ドルの賠償金を勝ち取ったが、その後、評決を不服としたアンバー側とジョニー側は互いに控訴した[45]。その過程で裁判の非公開資料が公開され、その明らかになった中身によって、ジョニー側の弁護士がアンバーに対してリベンジポルノを画策していたのでないかという批判があがるなど、ジョニーに不都合な情報が表沙汰になった[46]。
衣装2011年時期の風貌

近年はベロアのテンガロンハットと茶縁でセルフレームのボストン型の眼鏡（もしくは同じフレームを使用したサングラス）に口髭のイメージが定着している。また自身のメガネフレーム（TartのArnel）はファッション誌に取り上げられるほどに人気を誇っている。腕につけているビーズのブレスレットは愛娘からの手作りの贈り物である。

母親の名と、2人の子どもの名、数字の3、またアルファベットの刺青を施している。なおアルファベットについては、単純に好きな文字だからと話している。

2011年5月、BANG Media Internationalによると、過去にハット・パーソン・オブ・ザ・イヤーに選ばれたことがあるほどの帽子好きだが、その数は桁違いでパリに所有するアパートの2部屋を占領しているという。しかし、数が多すぎるためにパートナーのヴァネッサ・パラディから増えすぎた帽子を処分するように言われている。関係者は、デップはどの帽子も気に入っており他の家に移すのではないかと語っている[47]。

また眼鏡のコレクターでもあり、これまで出演した映画『ニック・オブ・タイム』（不明）、『ナインス・ゲート』（Berkshire Chaseのセル巻き）、『トランセンデンス』（オリバーピープルズのMP-2 col.DTB）、『シークレット・ウィンドウ』（TartのArnel）、『パブリック・エネミーズ』で着用していた眼鏡はすべて自身の私物である。
ファンとの交流ファンサービスの光景 (2015年)

アメリカのサインコレクター雑誌『オートグラフ・マガジン』が発表した「ファンにサインする際に態度が丁寧な映画俳優」で3年連続1位に輝いている。同誌は「穏やかで気さくにサインをしつつ、ファンに話しかけて親しくなろうとする」「プレミア会場でもレストランでも、映画のロケ中でもほとんど、最高に気前良くサインしてくれる人物」と評価している。[48]
交友関係

監督のティム・バートンとは公私ともに友情を築いており、バートンとは映画制作の際は作品の共通認識ができるほどである。『アリス・イン・ワンダーランド』のマッドハッター役での出演の際はバートンと打ち合わせもしていないにもかかわらず、互いがイメージしたマッドハッターのデザイン画が細部にわたるまで類似していた[49]。

バートンとのタッグ8作目となる『ダーク・シャドウ』のプレミアでは、「監督がまたいろいろ考えているようだけど、彼が仕掛けることなら、僕はいつでものるよ」と発言している[50]。

ノエル・ギャラガーとも仲がよく、ケイト・モスとの3人でミック・ジャガーの別荘に寄るなどのバカンスを楽しんだり、オアシスのアルバム『ビィ・ヒア・ナウ』に収録の「フェイド・イン-アウト」ではスライドギターを弾いたりしている。

ヘレナ・ボナム＝カーターとの共演が多い。
資産・金銭

ハリウッドの中でも数々のヒット作を持つジョニー・デップだが、そのギャラや年収も破格である。

2008年6月、経済誌『フォーブス』が発表した2007年6月から2008年6月までの1年間の中で映画出演を含めたあらゆる仕事でハリウッドにおいてもっとも稼いだスターを発表したランキングでは、72億円を稼ぎランクインしている。同誌の2009年度に発表されたランキングでも約27億円を稼ぎ、俳優部門で第10位にランクインしている。

2009年11月、BANG Media Internationalによると、パイレーツ・オブ・カリビアン第4弾『パイレーツ・オブ・カリビアン/生命の泉』に2,100万ポンド（日本円で約31億円）のギャラで出演することを決めた。この高額なギャラをディズニーが支払えるのは、3作目まで出演していたオーランド・ブルームやキーラ・ナイトレイなどが4作目には出演しないと明言しているため、その分のギャラが浮いたためではないかといわれている[51]。

2010年9月、『フォーブス』誌が2009年からの1年間で「もっとも高額なギャラを獲得したハリウッドの俳優」のランキングでは、5,000万ドル（約42億5,000万円）以上を稼いで1位にランクインした[52]。

2010年2月、米『バニティー・フェア』誌が2010年に発表した「もっとも稼いだ映画関係者トップ40」では、1億ドル（日本円で約80億円）で2位にランクインした。内訳は世界中で大ヒットを記録した映画『アリス・イン・ワンダーランド』の出演料が4,000万ドル（日本円で約32億円）、映画『パイレーツ・オブ・カリビアン/生命の泉』の前払い金が3,500万ドル（日本円で約28億円）、アンジェリーナ・ジョリーと共演した映画『ツーリスト』が2,000万ドル（日本円で約16億円）、残りが過去作からの収入となっている[53]。