2009年の『ピープル』誌にて「もっともセクシーな男性」に再び選出された。

2011年、妹のクリスティ・デンブロウスキーと共同で映画製作会社「インフィニタム・ニヒル（en:Infinitum Nihil）」を設立。『ラム・ダイアリー』が同社製作のデビュー作となった。

2010年代になると主演作の興行成績が低迷し、アメリカでの人気凋落が囁かれている[18][19]。2013年の『ローン・レンジャー』では役作りに力を入れてギャラの削減にも応じたが[20][21]、結果としてウォルト・ディズニー・スタジオに1億9,000万ドルの損失を被らせ、ホワイトウォッシングの批判も浴びてしまった。2014年には、失言も原因で「もっとも影響力のない人物30人」に選ばれた[22]。2015年には、『チャーリー・モルデカイ 華麗なる名画の秘密』がアメリカで大コケし、失踪騒動を起こしたことがある[23]。また、同年には相次ぐ映画の大コケで「コスパの悪い俳優部門」で1位に選ばれた[24]。2016年には『アリス・イン・ワンダーランド/時間の旅』が日米ともに動員・興収が前作より大幅にダウン[25]し、この映画の大コケが原因で2年連続で「コスパの悪い俳優部門」で第1位に選ばれた[26]。なお、デップは主演映画の低迷について「知ったこっちゃない」[27]「どうでもいい」[28]と発言したことがある。

しかしながら、2015年の『ブラック・スキャンダル』では第22回全米映画俳優組合賞の主演男優賞にノミネートされた。

Forbesによる2016年の「もっとも稼ぐ男優」では48億円で5位にランクインしている（『パイレーツ・オブ・カリビアン/最後の海賊』と『アリス・イン・ワンダーランド/時間の旅』の前払い報酬によるもの）。

また、近年はゴールデンラズベリー賞にノミネートされることが多くなっているが、受賞したことはない。

そういった事情もあり、2012年以降は脇役での出演が増えている。2016年に公開された『ファンタスティック・ビーストと魔法使いの旅』に、シリーズ最大の敵であるゲラート・グリンデルバルドとしてカメオ出演した。続編にあたる『ファンタスティック・ビーストと黒い魔法使いの誕生』にも出演したが、妻アンバー・ハードとの離婚・DV騒動があったことで一部のファンによる激しい反発を招き、作者のJ・K・ローリングがジョニーを擁護する声明を発表する事態にまで発展した[29]。これに対して「申し訳ない気持ち」と語った[30]。しかし、裁判で敗訴したことが影響し、結局降板することが決まった[31]。グリンデルバルド役の後任にはマッツ・ミケルセンの登板が決定した[32]。
私生活
家族・親族

1983年に音楽活動の中で知り合ったロリ・アン・アリソンと結婚するが、1985年に離婚。その後も女優のジェニファー・グレイ、シェリリン・フェン、ウィノナ・ライダーや、スーパーモデルのケイト・モスとも交際していた。ちなみにウィノナ・ライダーと交際中、腕に「ウィノナ・フォーエヴァー（WINONA FOREVER）」と刺青を施したが、破局後「ワィノ・フォーエヴァー（アル中よ永遠に）」と侮蔑的な表現に修正された。

1998年からフランスの歌手兼女優のヴァネッサ・パラディとパートナー関係（婚姻はしていないが事実婚）であり、1999年5月27日に長女リリー＝ローズ・メロディ・デップが、2002年4月9日に長男（ジョン・クリストファー・デップ3世（John Christopher Jack Depp �V））が誕生[33]。アメリカと南フランスの両方で生活をしていた。

2010年12月、英ザ・サン紙によると、撮影を終えてフランスに帰ると俗世間から自分を切り離し、家族との時間を邪魔されないように自宅では一切電話を使わないという[34]。