キャッシュと妻はジェーン・シーモア主演の『ドクタークイン 大西部の女医物語』に出演した。シーモアはキャッシュを高く評価し、双子の息子の1人に彼の名前を付けた。『ザ・シンプソンズ』のエピソード『El Viaje Misterioso de Nuestro Jomer (The Mysterious Voyage of Homer) 』でホーマー・シンプソンをスピリチュアル・クエストに案内するのスペース・コヨーテ役で声のカメオ出演した。1996年、キャッシュはトム・ペティ&ザ・ハートブレイカーズと共に『Unchained』を発表し、グラミー賞最優秀カントリー・アルバム賞を受賞した。1975年の自伝『Man in Black 』で書ききれなかったことを1997年の『Cash: The Autobiography 』で書いたとされる。
後年

1997年、神経変性疾患による多系統萎縮症と診断された。この診断は後に糖尿病と関連する自律神経失調症と変更された。これによりコンサート・ツアーは中止となった。1998年、重度の肺炎で入院した。2000年、アルバム『American III: Solitary Man 』、2002年、アルバム『American IV: The Man Comes Around 』を発表した。病気の影響で、アメリカン・レコーディングスでの最初の2枚に比べて暗いイメージになっている。『American IV 』から、キャッシュの過去の視点や後悔を表すナイン・インチ・ネイルズのカヴァー曲『Hurt 』を発表した。この曲のプロモーションビデオは高評価を得ており、一般的に墓碑銘と考えられている[73]。2003年に、MTV Video Music Awardsの最優秀撮影賞を獲得した。ナイン・インチ・ネイルズのフロントマンであるトレント・レズナーは、このPVについて「涙が出た。背中を押された気持ちになった」[74]とコメントし、当時のスランプからの脱出の契機の1つになったとしている。

2003年5月15日、妻ジューン・カーター・キャッシュが73歳で死去した。ジューンは生前、キャッシュに仕事を続けるよう語ったため、キャッシュはレコーディングを続けてその後の4か月間で60曲以上を完成させ、バージニア州ブリストル郊外にあるカーター・ファミリー・フォールドに2回サプライズ出演した。2003年7月5日、彼の最後のコンサートで『Ring of Fire 』の前に、舞台に上がる直前に書いた亡き妻への思いを読み上げた。.mw-parser-output .templatequote{overflow:hidden;margin:1em 0;padding:0 40px}.mw-parser-output .templatequote .templatequotecite{line-height:1.5em;text-align:left;padding-left:1.6em;margin-top:0}今夜、彼女の私への愛と私の彼女への愛と共にジューン・カーターの魂が私を訪れる。私達はここと天国の間で繋がっている。今夜彼女は天国から少しの間訪れた。きっと私に彼女がいつも持ち合わせていた勇気と創造力を与えるために。
死去ジョニー・キャッシュの墓

ナッシュビルのバプティスト病院に入院中、妻が亡くなってから4か月に満たない2003年9月12日午前2時頃、糖尿病による合併症で亡くなった。作家のDulce Zamora や他の人々は、ジューンの死去による傷心が原因で病状が悪化したのではないかと語った[75][76]。テネシー州ヘンダーソンヴィルの自宅近くにあるヘンダーソンヴィル・メモリー・ガーデンズで妻の隣に埋葬された。

2005年6月、ヘンダーソンヴィルのコーディル通りにあった湖畔の邸宅が売りに出された。2006年1月、ビージーズのヴォーカリストのバリー・ギブと妻リンダが推定230万ドルで購入した。上場代理人はキャッシュの弟トミー・キャッシュが務めた。1968年から晩年まで居住した邸宅が、2007年4月10日、大幅な改修を行なっていた時、アマニ油製品から自然点火燃焼の火事で全焼した[77]。

2006年7月4日、ルービンとの最後のコラボレート作品『American V: A Hundred Highways 』がキャッシュの没後に発表された。7月22日の週、『ビルボード』誌のアルバム・チャートで初登場第1位を獲得した。

2010年2月23日、キャッシュの78歳の誕生日の3日前、キャッシュ家、ルービン、ロスト・ハイウェイ・レコードはキャッシュ没後2枚目のアルバム『American VI: Ain't No Grave 』を発表した。
派生作品

1999年、数々の賞を受賞したジョン・ロイド・ミラー監督の短編映画『I Still Miss Someone 』でカントリー歌手のマーク・コリーがキャッシュ役を演じた。

2005年11月、彼を題材にしたジェームズ・マンゴールド監督映画『ウォーク・ザ・ライン/君につづく道（Walk The Line ）』が公開され、批評家からも高い評価を受けた。第78回アカデミー賞でジョニー役のホアキン・フェニックスが主演男優賞にノミネート、ジューン役のリース・ウィザースプーンが主演女優賞を受賞し、アリアンヌ・フィリップスの衣裳デザイン賞など5部門でノミネートされた。また第63回ゴールデングローブ賞のミュージカル・コメディ部門でフェニックスは主演男優賞、ウィザースプーンは主演女優賞を受賞した。フェニックスはこの役のためにギターを習い、両者共吹き替え無しで歌にも挑戦した。第49回グラミー賞においてフェニックスはサウンドトラック『Walk the Line 』で最優秀編集サウンドトラック・アルバム賞映画、テレビその他映像部門を受賞した。ジョニーとジューンの息子であるジョン・カーター・キャッシュがエグゼクティヴ・プロデューサーを務めた。

2006年3月12日、キャッシュの作品を使用したジュークボックス・ミュージカル『Ring of Fire 』がブロードウェイのエセル・バリモア・シアターで開幕したが、厳しい批評とチケット売り上げ不調により4月30日で閉幕した。2010年4月11日、サン・レコードで行なわれたキャッシュ、エルヴィス・プレスリー、ジェリー・リー・ルイス、カール・パーキンスによるセッションをミュージカルにした『ミリオン・ダラー・カルテット』が開幕した。俳優ランス・ゲストがキャッシュ役を演じた。2010年、第64回トニー賞においてミュージカル作品賞を含む3部門にノミネートされ、ルイス役を演じたリーヴァイ・クライスがミュージカル助演男優賞を受賞した。

『ロサンゼルス・タイムズ』紙のポップ音楽評論家ロバート・ヒルバンは1968年のキャッシュのフォーサム・プリズン・ツアーに同行し、キャッシュの死の数か月前までインタビューを続け、2013年、16ページの写真を含む、688ページの伝記を出版した[78]。詳細な取材により、中毒や不貞との闘いなどそれまで知られていなかったキャッシュの人生の記述が8割にも及んだ[79]。またこの本はキャッシュの暗部を隠すことなく、ジューン妊娠中に彼女の姉または妹と浮気をしたことなども含まれている[80]。
ディスコグラフィ
アルバム

1957年 ? Johnny Cash with His Hot and Blue Guitar

1958年 ? Sings the Songs That Made Him Famous

1959年 ? Greatest!

1960年 ? Sings Hank Williams

1961年 ? Now Here's Johnny Cash

1962年 ? All Aboard the Blue Train

1958年 ? The Fabulous Johnny Cash

1959年 ? Hymns by Johnny Cash

1959年 ? Songs of Our Soil

1960年 ? Ride This Train

1960年 ? Now, There Was a Song!

1961年 ? The Lure of the Grand Canyon

1962年 ? Hymns from the Heart

1962年 ? The Sound of Johnny Cash

1963年 ? Blood, Sweat, and Tears

1963年 ? Ring of Fire: The Best of Johnny Cash

1963年 ? The Christmas Spirit

1964年 ? I Walk the Line

1964年 ? Bitter Tears: Ballads of the American Indian

1965年 ? Orange Blossom Special

1965年 ? Sings the Ballads of the True West

1966年 ? Everybody Loves a Nut

1966年 ? Happiness Is You

1967年 ? Carryin' On with Johnny Cash and June Carter

1968年 ? From Sea to Shining Sea

1968年 ? At Folsom Prison（live）

1968年 ? Old Golden Throat

1968年 ? Heart of Cash