そして、『スーパーマン』は本作『ジャスティス・リーグ』へ、『バットマン』は『バットマン・ザ・フューチャー』へと移り変わった。本作は、以上の経緯から前作の設定を受け継いでおり、そのため「本作には初登場でも、前作に登場していた」という場合、最小限の説明も行われないことが多い[注釈 4]。
ストーリー

スーパーマンとダークサイドとの戦いから2年後、地球に火星からエイリアンインペリアルが侵略して来る。地球を護るべく7人のスーパーヒーローが集結した。
ジャスティス・リーグ

地球を守る7人のヒーロー、ヒロインたち。
スーパーマン
声 - 花田光/英 - ジョージ・ニューバーン本名：カル＝エル、地球名：クラーク・ケント前作の主人公。惑星クリプトンの生き残り。思慮深く、温厚的な性格でジャスティス・リーグのリーダー的存在。バットマンとは、それぞれの目指す正義の違いから、意見が食い違う事もある。主なスーパーパワーは、飛行能力、怪力、打たれ強さ、超スピード、透視能力、ヒートビジョン（目から放つ熱線）。ヒーローの中では最強であるが、クリプトナイトに弱い、という弱点を持っている。異星人メンバーの中で、唯一の地球育ち。前作から登場するためか、基礎的な説明は省かれており、クラーク・ケントとしての出番はシーズン2になってからである。家族や同僚も同様。
バットマン
声 - 玄田哲章/英 - ケヴィン・コンロイ本名：ブルース・ウェイン『バットマン』から引き続き登場。チームの中心人物。懐疑的な視点を持っている。抜群の知力・厳しい鍛錬で身につけた体術、そして、様々な道具でピンチを切り抜ける闇の騎士。ジャスティス・リーグ唯一の普通の人間で、本人もそれを気にしているが、他メンバーとも全く引けを取らない活躍を見せる。「ウェイン・エンタープライズ」の筆頭株主という表の顔を利用し活動する事も多く、チームの基地である人工衛星ウォッチタワーといったジャスティス・リーグ用の設備、移動用の宇宙船ジャベリン(Javelin-7)などを作らせている。以上の通りスーパーパワーは持っていないが、身体能力・知力・財力を持ち合わせ、常備しているアイテムも充実している[注釈 5][注釈 6]。スーパーマンとは腹を割って話せる親友で、彼がダークサイドへの私怨から惑星アポコリプスの救援を拒んだ際、「女々しい」と一蹴している[11]。ワンダーウーマンに惹かれているらしく、彼女がミサイルと瓦礫の下敷きになった際は、周囲が沈痛な面持ちで見守る中、素手で瓦礫を掘っていた[12]。また、質問攻めにあっていたワンダーウーマンをブルース・ウェインとして素顔の状態でダンスに誘い救っている[13]。スーパーマン同様、前作から登場するためか、基礎的な説明は省かれており、ブルース・ウェインとしての出番はシーズン2になってからである。執事のアルフレッドも同様。
ワンダーウーマン
声 - 安達まり/英 - スーザン・アイゼンバーグ本名：ダイアナ本作第1エピソードで初登場。伝説のアマゾネス族セミッシラの姫として誕生するが、同時にギリシア神話の女神ヒッポリタの娘でもある。飛行能力、肉体的強靭さなどを持っている。銃弾をはじき返す黄金の腕輪と、意のままに相手をからみ取る黄金の投げ縄を持つ。プライドが高いので、尊敬に値しない男たちには厳しい。外見は20代程度だが、古代ギリシア時代やローマ時代には既に物心がついている年齢（前者は第10話「失われた楽園 PART 1」、後者は第20話・第21話「影の騎士」）。地球出身のメンバーの内、ただ一人の生まれついてのスーパーパワーの持ち主。信仰心が篤く、力を振り絞る際は「ヘラよ、我に力を！」と唱える。異星人のホークガールからは、それを冷やかす発言もあった。あまり私生活が描かれず、シーズン1では任務以外の場面はほとんどなかった[14]。シーズン2では私生活を楽しむ、と宣言したが、盛装しても参加者に一目で正体を見破られていた。
フラッシュ
声 - 千葉進歩/英 - マイケル・ローゼンバウム本名：ウォーリー・ウェスト[注釈 7]超人的なスピードで活動することができるスピードスター。バットマン以外で唯一飛べないメンバー。前作『スーパーマン』でのゲスト出演を経て、本作第1エピソードから登場。ジャスティス・リーグの中では最年少。その若さゆえか生意気な言動が目立つが、ワンダーウーマンのいうことには聞き分けがよい。超スピードで動くためエネルギーの消費が激しく、大食漢でもある。お調子者で、軽い発言も多いが、正義に掛ける熱意は本物で、パラレルワールドのジャスティス・ローズとの戦いでは毅然とした態度で対峙した。また子供に優しく、クリスマスプレゼントのために品薄の人形を求め、発売元の日本のメーカーまで太平洋を走って横断したこともある[15]。「Lightspeed Energy Bar」という健康食品の広告塔をしており、その収益で製作したバンタイプの「フラッシュモービル」を所有している[16]。
グリーンランタン
声 - 楠大典/英 - フィル・ラマール本名：ジョン・スチュワート銀河系の治安を維持するグリーンランタン隊のメンバー。緑のエネルギービームを放つパワーリングを使う。パワーリングは、24時間に一度「ランタン型のパワーバッテリー」でエネルギーを充填する必要があるが、指輪の所持者の想像力が及ぶ限りのあらゆるものをエネルギービームで形作れ、エネルギー光線として用いたり、バリアーを張ることもできる。