物語の舞台は広い。スーパーマンを擁している関係で、前作から引き続き他の恒星系が登場する[3]のはもちろん、他の次元[4]、過去へのタイム・トラベル[5]、未来へのタイム・スリップ[6]など、SFに相応しい世界が広がっている。また、地球上でも、深海[7]や秘境などで冒険が繰り広げられる。
本作に至るまで

話は1989年に遡る。この年、マイケル・キートン主演・ティム・バートン監督の映画『バットマン』が公開された。この作品は大ヒットとなりシリーズ化されたが、その余波はテレビアニメ化を促した。フォックス・ネットワークで放送されたアニメ『バットマン』（1992年-1999年[8]）は成功し、シーズンを重ねた。ワーナーの系列局で『スーパーマン』("Superman: the Animated Series"1996年-2000年)も放送され、『バットマン』もそちらに移動、並行して2本が1時間枠で放送されることとなった("The New Batman/Superman Adventures")。

当初は別の物語であった両作品だが、『スーパーマン』第29話-第31話「頂上対決」において両者の融合が行われる。「ブルース・ウェイン（バットマン）がメトロポリスのレックス・ルーサーを訪れ、クリプトナイトを入手したジョーカーがレックスに「スーパーマン暗殺」を持ちかける。悪の2大巨頭に対し、スーパーマンとバットマンが手を組む」という展開で、ロイス・レーンにバットマンの正体がバレる一幕もあった。

以後、両作品は世界観を共有し「バットマン不在のゴッサム・シティにスーパーマンが乗り込む」という話も存在する[注釈 3]。また、『スーパーマン』ではフラッシュ[9]、グリーンランタン（カール・レイナー）、アクアマン[10]らゲストヒーローも登場した。

そして、『スーパーマン』は本作『ジャスティス・リーグ』へ、『バットマン』は『バットマン・ザ・フューチャー』へと移り変わった。本作は、以上の経緯から前作の設定を受け継いでおり、そのため「本作には初登場でも、前作に登場していた」という場合、最小限の説明も行われないことが多い[注釈 4]。
ストーリー

スーパーマンとダークサイドとの戦いから2年後、地球に火星からエイリアンインペリアルが侵略して来る。地球を護るべく7人のスーパーヒーローが集結した。
ジャスティス・リーグ

地球を守る7人のヒーロー、ヒロインたち。
スーパーマン
声 - 花田光/英 - ジョージ・ニューバーン本名：カル＝エル、地球名：クラーク・ケント前作の主人公。惑星クリプトンの生き残り。思慮深く、温厚的な性格でジャスティス・リーグのリーダー的存在。バットマンとは、それぞれの目指す正義の違いから、意見が食い違う事もある。主なスーパーパワーは、飛行能力、怪力、打たれ強さ、超スピード、透視能力、ヒートビジョン（目から放つ熱線）。ヒーローの中では最強であるが、クリプトナイトに弱い、という弱点を持っている。異星人メンバーの中で、唯一の地球育ち。前作から登場するためか、基礎的な説明は省かれており、クラーク・ケントとしての出番はシーズン2になってからである。家族や同僚も同様。
バットマン