なんとかグレタ・ガルボで上海を逃れた国際警察とジャアントロボを、呼炎灼とフォーグラー博士に化けた幻夜が襲う。戴宗から草間大作を託された青面獣の楊志は、呼炎灼の猛攻から仲間たちを守るため命を捨てて、グレタ・ガルボのコックピット部位を分離させた。
Episode:5 真実のバシュタール！ ?過ぎ去りし、少年のあの日々･･･?

グレタ・ガルボは雪深いカラコルム山脈に墜落した。鉄牛・銀鈴はサンプルの入ったアタッシュケースとともに無事だったが、草間大作は幻夜に囚われてしまう。墜落のショックでうなされる大作は、草間博士の最後・託された願いとジャアントロボ・眩惑のセルバンテス操るGR2との初陣を回想した。幻夜にサンプルと大作との人質交換のため呼び出された鉄牛と銀鈴は、呼炎灼の猛攻に奮戦虚しく追い詰められてしまう。幻夜の正体はフォーグラー博士の息子、銀鈴＝ファルメールの兄エマニュエルだった、彼はバシュタールの惨劇の真実を語った、事故を起こし暴走したのはフォーグラー博士ではなくシズマ博士たちだった。

シズマドライブの完成のため汚名を着せられ死んでいったフォーグラー博士、父の望みを兄妹で叶えようと話す幻夜だが、銀鈴は納得できなかった。巨大メカ・ギャロップを繰り出す幻夜に、手負いのジャアントロボが襲いかかる。BF団をなんとか退けた草間大作たちは、ヘリコプターで現れた呉用率いるエキスパートに救助された。事の顛末を見ていたアルベルトは、幻夜を糾弾するものの、彼の凶弾に倒れる。
Episode:6 罪と罰 ?全てはビックファイアのために?

大怪球のシズマドライブ停止は、BF団各国支部にも大きな被害を与えた。十傑集の樊瑞らはアルベルトの娘サニーを証人に、十傑集裁判で幻夜を問責し捕縛に動くが、諸葛亮孔明と突如現れたビッグ・ファイアと三つの護衛団に逆に捕らえられてしまう。

国際警察機構の総本山「梁山泊」では、聖アーバーエー防衛のため手薄になったところに、十傑集のマスク・ザ・レッド、怒鬼、ヒィッツカラルドの襲撃を受ける。村雨健二・呉用・草間大作＝ジャイアントロボらが銀鈴とサンプルの守備にあたるが、BF団の猛攻につぎつぎと倒されてしまう。

その頃大怪球は、人類の最後の砦である聖アーバーエー(かつてのバシュタール公国)に進撃し、静かなる中条が刺し違えようと命懸けの大技を繰り出したその時、昏睡中だった銀鈴が目覚めて、梁山泊総本山ごと聖アーバーエーへテレポートするのであった。
Last Episode 大団円 ?散りゆくは、美しき幻の夜?

聖アーバーエーの上空に現れた梁山泊総本山。混乱の最中、銀鈴は最後のサンプルを持って草間大作に別れを告げ大怪球へ消えた。銀鈴の気持ち・国際警察機構の意図を理解できない大作は苦悩し立ち尽くしてしまう。

大怪球の最終進撃に聖アーバーエーの防衛施設も壊滅寸前になったその時、大作は自分の意思(草間博士に対する思い)で立ち上がりジャイアントロボを起動せさて大怪球を押し戻した。大怪球の反撃により動かなくなったジャイアントロボのもとへ車を走らせる大作、彼を捕えようとする血風連と護衛する国際警察機構が激しい戦闘になるも鉄牛の助けでたどり着いた草間大作は破壊されたロボの左目に入りジャイアントロボの一部となった。大怪球の最後の猛攻に衝撃のアルベルトの命懸けの支援を受けて、ジャイアントロボの全火力を持って大怪球を停止させた。万策つきた幻夜のもとに現れた銀鈴。妹の命までも奪い、3つ揃えたサンプルで幻夜は大怪球を最終発動させた。

地球の最後と思われた瞬間、世界中のシズマドライブが復活し地球の夜に光が戻った。フォーグラー博士の意図は「シズマドライブを根絶し地球を停止させることではなく、シズマドライブの欠陥を3つのサンプルの力で修復し地球を救うこと」だった。愕然とする幻夜は草間大作に過大な親の遺産の恐ろしさを語り、大怪球とともに宇宙に消えた。

ビッグ・ファイアを偽装したうえ作戦に失敗した諸葛亮孔明は、樊瑞ら十傑集に責められるが、臆することなく「GR計画」の発動を宣言するのであった。そして目覚める本物のビッグ・ファイア、BF団と国際警察機構・草間大作とジャイアントロボは、最終章「バベルの篭城編」に向かうのであった、戦いはつづく。
構想上のエピソード

今川監督の考えでは、本来の『ジャイアントロボ』は、全26話に相当する以下のエピソードから構成されている。この内、誕生編とドミノ作戦編は過去の出来事として、バベルの篭城編はこれから起る出来事として本編で語られており、その意味では未完である。そのためファンから続編を望む声も多いが[2]、現時点での製作の予定はない。

誕生編?白昼の残月?

ドミノ作戦編

大作暗殺計画?カナーリの牢獄編

少年探偵金田一正太郎登場編

史上最大の作戦?韓信対孔明編

アイヌ・琉球秘宝編

動く大陸編

3日間の少年編

7つの影法師編

地球静止作戦編（本作）

バベルの篭城編 - 2011年に『チャンピオンRED』（秋田書店）にて、「ジャイアントロボ バベルの籠城」の連載が開始された。

作中用語
国際警察機構
BF団に対抗すべく設立された国際機関。創始者は托塔天王・晁蓋（たくとうてんのう・ちょうがい、原案は『水滸伝』に登場する同名キャラ）。『地球の燃え尽きる日』では国際警察連合になっている。総本山は「梁山泊」。
エキスパート
国際警察機構に所属する秘密捜査員。厳然たる格差があるBF団のエージェントとは違い、別格扱いの九大天王以下、指南役などの役目はある（設定ではB級エキスパートという区分も確認されている）。通常エキスパートになるためには、梁山泊で厳しい鍛錬を積む必要がある。組織内では、コードネームが使われている。
九大天王（きゅうだいてんのう）[注 2]
エキスパートの中でも最強の能力を持つ傑出したメンバーの尊称。十傑集と唯一対等に戦える存在とされているが、戴宗以外は後方に控えており、作中で登場し、戦ったのは戴宗と中条長官のみ。中条長官も真の能力を発揮せず、残りのメンバーは姿すら見せていないため、謎に包まれている。九大天王候補だったキャラクターには、『魔法使いサリー』のよし子ちゃん（下記参照）や張飛（原案は『横山光輝 三国志』の同名キャラ）、ブレランド博士（原案は『地球ナンバーV7』の同名キャラ）などがいた。『地球の燃え尽きる日』では、第1話にして全員が集合している。十傑集側は十人に対し、九大天王側は九人、これは幻惑のセルバンテスがドミノ作戦で欠けて十傑集が9人になった後に、九大天王が結成されたためである。
BF団（ビーエフだん）
「ビッグ・ファイア団」の略。ビッグ・ファイアを頂点にした謎の組織。世界征服が目的と言われているが、ビッグ・ファイアの目的が判別できないために、実状も不明である。名前は『ジャイアントロボ』のビッグファイア団から。謎の先進科学やそれを用いたロボットを所持しているため、国際警察機構は後塵を拝している。
エージェント
BF団に所属する工作員。それぞれが特殊能力を持ち、十傑集以下、実力によりA級・B級・C級に分けられている。階級による上下関係は厳しいが、あくまでも実力制である。