国際捕鯨委員会（IWC）では、1986年、アイスランドの捕鯨船を撃沈したことを理由にシーシェパードのオブザーバー資格を剥奪した。また、2008年には、日本の調査捕鯨に対する妨害活動を理由にシーシェパードを非難する議長声明を全会一致で採択した[177]。

2010年、ダライ・ラマ14世は、東京での記者会見で、シーシェパードに対し「（暴力的な）行動をやめるよう書簡を出した」と明らかにし、過激な活動を批判した[178]。

2010年2月24日、インターナショナル・ヘラルド・トリビューンは、反捕鯨諸国の偽善性を指摘しながら異例の厳しさでシーシェパードを非難したフィリップ・バウリングのコラムを掲載した[179][180]。

オーストラリア国内にも捕鯨問題とシーシェパードは切り離して考えるべきだという意見があり、豪紙オーストラリアンは2010年1月の記事でシーシェパードの活動を傲慢であり理不尽だと非難し、マスコミにシーシェパードを奨励してはならないと呼びかけた[181][182]。また、2011年1月、オーストラリアのジュリア・ギラード首相は日本の調査捕鯨の妨害行為を行う同団体に対して警告を発した[183]。

シーシェパードは、グリーンピースの創設にかかわったワトソンが、1977年に脱退して設立した反捕鯨団体であるが、グリーンピースの非暴力活動の方針を無視するなどしたため、グリーンピースから脱退を促した経緯があり、グリーンピースはシーシェパードと「一切関係がない」と言っている[184]。グリーンピース・ジャパン元事務局長の星川淳によると、グリーンピースがここ2年間南極に抗議船を出していないのは、シーシェパードと同一視されるのはグリーンピースの活動にとって逆効果だからだという[185]。日鯨研の石川創もグリーンピースが「過激団体と関係ない」と主張していると指摘した[186]。

2012年3月、マルタの政治家はクロマグロ漁を行っている漁師から賄賂をもらっているとワトソンが非難したことに対して、マルタのローレンス・ゴンジ首相は名誉毀損でワトソンとシーシェパードを訴えると言明した[187]。

2015年11月、産経新聞電子版は「太地町の妨害を密着ルポ　集う黒い活動家」と批判記事を配信した[188]。
支持・支援

シーシェパードは2008/2009二年期の調査捕鯨終了時、毎日新聞の取材に対し、年間活動資金を約350万ドルと回答した[189]。ほとんどは支持者からの寄付であるという[189]。シーシェパードのウェブサイトでは有名企業からの寄付も多いとしており、米アウトドア用品メーカー・小売業者パタゴニア社、旅行ガイドブックの業界で世界一のロンリープラネット社、豪州のビール会社など30社が「スポンサー」として名を連ねているが、その真偽は不明。[189][190]。パタゴニア社は、シーシェパードの活動に関して「海洋の生態系を保護し保存するためのアプローチの一つとして、直接行動という手段に出ていることも承知しています」との立場を表明した[191]。

オーストラリアでは、イアン・キャンベル元環境大臣（Ian Campbell）が支持を表明しているほか[116]、緑の党が同団体の活動を支えている[192]。

国際捕鯨委員会（IWC）では、2008年、元副委員長のホルスト・クラインシュミット（Horst Kleinschmidt）が同団体にアドバイザーとして加入した[193]。

米人気テレビ番組の元司会者だったボブ・バーカーは500万ドル（約4億7千万円）を寄付した。なお、シーシェパードはパーカーの名を冠した船を所有している[116]。

米コメディ・アニメ・シリーズ「ザ・シンプソンズ」などのテレビプロデューサーであり脚本家のサム・サイモンも資金を提供した。シーシェパードはサイモンの名を冠した船を所有している。

シーシェパードに支持者とされた著名人


ダライ・ラマ14世[194]
ダライ・ラマ14世本人は2010年、東京での記者会見で、シーシェパードに対し「（暴力的な）行動をやめるよう書簡を出した」と明らかにし、過激な活動を批判した[178]。

ホルスト・クラインシュミット - 元IWC副委員長[195]