キャッチコピーは「そんなに人間が好きになったのか、ウルトラマン。」[8][9][10][11]、「空想と浪漫。そして、友情。」[12][11][5]。
ストーリー

物語の舞台は巨大不明生物「禍威獣（カイジュウ）」が出現し被害が発生している日本である。日本政府は防災庁・禍威獣特設対策室（略称：禍特対（カトクタイ））を設立し禍威獣対策に当たっていた。そんな中、禍威獣ネロンガの出現時に謎の巨人が大気圏外から飛来し、これを撃退して去っていく。一方、巨人が飛来した際、逃げ遅れた子どもの保護にあたっていた禍特対の神永新二は、衝撃からその子をかばって死亡する。光の星から来た外星人であった巨人は、神永の自己犠牲を見て人類に興味を示し、神永と一体化する。そして、必要に応じて「ベーターカプセル」で巨人に戻りつつも、禍特対の一員として人類を理解していく。巨人は続く禍威獣ガボラも撃退し、禍特対はその人類に配慮した戦法と去り際の一瞥から、「巨大人型生物 ウルトラマン（仮）」と命名された巨人が意思疎通可能な知的生命体であると推察する。

ウルトラマンの存在が公となる中、日本政府に接触した外星人ザラブは、宇宙文明の超技術を背景に不平等条約を締結しようとするが、真の目的は人類を内戦状態にし自滅させることにあった。ザラブは陰謀を察知した神永＝ウルトラマンを拉致監禁し、ウルトラマンの正体が神永であることを世界中にリークする。さらに、にせウルトラマンに化けて破壊行為を行い、彼の抹殺を日本政府に提案するザラブだったが、禍特対の浅見弘子に救出された神永＝ウルトラマンの手で撃退される。しかし、正体が知れ渡った神永＝ウルトラマンは人間社会に居場所を失う。

新たに日本政府に接触した外星人メフィラスは、ベーターシステムによって強大な生物兵器に転用できる人類を独占管理しようと目論んでいた。彼はベーターシステムの実演として浅見を巨大化してみせた上で、ベーターシステムを活用した人類の巨大化による敵性外星人からの自衛を提案し、日本政府にベーターシステムを供与する代わりに自らを人類の上位存在として認めさせるという密約を交わす。一方、メフィラスは神永＝ウルトラマンと接触し、禍威獣は地球に放置されていた生物兵器を目覚めさせたもので、ウルトラマンを誘き出すために自らが放ったことを明かす。神永＝ウルトラマンは地球における共闘を持ち掛けられるが、外星人による地球文明への干渉を嫌ってこれを拒絶、禍特対の協力の下、ベーターシステム引き渡しの場を急襲する。メフィラスはウルトラマンとの戦闘を優位に進めるが、光の星からの新たな使いの出現により地球の命運を悟り、ベーターシステムを回収して撤退する。

このとき訪れた光の星からの新たな使いゾーフィは、ウルトラマンが神永と一体化したことで人類が生物兵器に転用できることが宇宙中に知れ渡ったため、人類は危険な存在として殲滅されることを告げ、地球を太陽系もろとも滅却する天体制圧用最終兵器ゼットンを衛星軌道上に展開する。神永＝ウルトラマンはゼットンの存在を禍特対に明かした上で、単身ゼットンに挑むが敗退し、神永の姿に戻って一時昏睡に陥る。ウルトラマンの敗退に政府関係者が絶望に陥る中、神永＝ウルトラマンが残したUSBメモリーにベーターシステムの基礎原理が書かれていることが判り、禍特対の滝明久を中心に世界中の科学者が知恵を集め、ベーターシステムを応用して次元の裂け目を作りゼットンを異次元に飛ばすという作戦を編み出す。この作戦は実行するウルトラマン自身も異次元に飛ばされる危険が高く、禍特対班長の田村君男は実行を躊躇するが、神永＝ウルトラマンは自己犠牲を厭わず人類を守ることを優先し快諾、作戦を成功させる。しかし、ウルトラマンは次元の裂け目から脱出できず、異次元に飛ばされてしまう。

異次元を漂うウルトラマンの前に、彼の「生きたい」という意思を辿ってゾーフィが現れ、人類の知性と健闘を認めて殲滅を中止したことを告げる。彼はウルトラマンを光の星に連れ帰ろうとするが、今後の人類の行く末を案じたウルトラマンはこれを拒絶、神永に自分の命を与えてほしいと頼む。その意を汲んだゾーフィは、ウルトラマンと神永を分離する。次の瞬間、神永は禍特対の仲間たちに迎えられて目を覚ました。
登場キャラクター

禍威獣特設対策室

通称「禍特対（カトクタイ）」。日本に次々と出現する巨大不明生物「禍威獣」に対抗するために、政府が設立した防災庁内に禍威獣災害対策を主任務として設置された専従組織[13][14][15]。

民間や各省庁から5人の優秀だが癖の強い精鋭たちが選抜され、作戦立案や現況分析を災害現場にて実施し、各自衛隊と協力して禍威獣を駆除する[14][15]。