古くは遊泳速度が速く死骸が沈むことから捕鯨の対象とはされていなかった[5][6]。1860年代に近代式の捕鯨方法が開発されたことで、捕鯨の対象とされるようになった[5]。南極海では1904年から捕鯨が開始された[5][6]。2018年の時点では捕獲自体は本種に対する大きな脅威ではなく、生息数は増加傾向にあると考えられている[3]。一方で地域によっては船舶との衝突や、南極では以下のような影響が懸念されている[3]。1975年のワシントン条約の発効時から、ワシントン条約附属書Iに掲載されている[2]。

北太平洋ではオレゴン州やカリフォルニア州やカリフォルニア半島など、北大西洋ではセントローレンス湾やアゾレス諸島やスヴァールバル諸島など、北インド洋ではスリランカなど、南半球ではチリの沿岸やオーストラリア[注 5]やインドネシアや東ティモールなど、シロナガスクジラやピグミーシロナガスクジラの個体数が比較的良好に保たれていて、主だった生息域へのアクセスが比較的に容易な海域ではホエールウォッチングの対象とされることもある[6]。

また、これらの海域以外でも観光ツアーの最中に遭遇することもあり、モルディブ諸島[48]やオマーン[49]、ケニアとソマリア[50]、アイスランド[51]、カナリア諸島[52]やモーリタニア[53]、ガラパゴス諸島[54]、エクアドルとペルー[55]、コモド国立公園、モザンビークとマダガスカル[56]、ニュージーランド[注 6][57][58]など、時期によっては現行のホエールウォッチングやダイビングツアーの延長で観察できたりなど、一般人でも目撃する機会がある可能性がある海域も散見される。
ミナミシロナガスクジラ
個体数の推移フェロー諸島の切手

南極海では、21世紀に主な獲物であるオキアミ類が温暖化や海洋酸性化により激減することが予想されており、影響が懸念されている[3]。

近年、個体数は年々増加し続けているものの、総計で1万頭前後と非常に少なく、絶滅危惧種に指定されている。

巨大で高速で泳ぐことから捕獲が困難で、古くは捕鯨の対象とはならず、元々は個体数は30万頭いたと推定されている。しかし、19世紀以降、爆発銛、大型・高速の捕鯨船が導入された近代捕鯨が始まると捕獲対象となった。

もっとも早く減少した北大西洋のシロナガスクジラは、第二次世界大戦前には関係国の協定により捕獲が停止されており、1954年には国際捕鯨委員会で正式に捕獲停止が決定された。

手付かずであった南極海でも20世紀初頭には捕鯨が始まり、ノルウェー、イギリス、日本を中心とした10カ国が捕鯨船団を派遣するなどして捕獲が行われた。最盛期である1930・1931年の1漁期だけで約3万頭が捕獲された。