晩年は認知症を患っており、苦しんでいたことが妻によって語られている[20][21]。コネリーは2020年10月30日深夜から31日早朝にかけて滞在先の大西洋の島国バハマの自宅で没した[1][22][23]。また、この逝去に関しイーオン・プロダクションズのウェブサイト上で発表がなされており、同社広報担当者によれば、金曜の終わりから土曜の早朝にかけ息を引き取っている所を家族によって確認された[24]。後にTMZが取得した死亡診断書によれば、コネリーは肺炎、老衰、そして心房細動による呼吸不全で死亡したとされており、死亡日時は10月31日午前1時半となっている[25]。
私生活ダイアン・シレント

コネリーは1962年に女優のダイアン・シレント（英語版）[26]と結婚し、後に俳優となる息子ジェイソン・ジョセフ・コネリー[27]をもうけるが、1973年に離婚した。1975年にはフランス系モロッコ人画家のミシュリーヌ・ロクブリュヌ（Micheline Roquebrune）[28][29]と再婚している。Micheline Roquebrune
人物と思想キルトを着たコネリー（ワシントンD.C.、2004年）

コネリーは2000年にイギリス女王エリザベス2世からナイトの称号を与えられたが、スコットランドの分離独立を主張するスコットランド国民党の熱烈な支持者でもある。授与式には、民族衣装キルトで正装して現れた。なお、コネリーは「スコットランドが独立するまで私は死んでもスコットランドに帰らない」とまで明言している[6]。

コネリーの引退の理由について、友人のマイケル・ケインはコネリーが脇役かつ年老いた役柄を演じたいとは思っていないことが理由だとしている[30]。また、ロード・オブ・ザ・リングシリーズのガンダルフ役のオファーを受け[31]、同シリーズの原作本を読み、送られてきた脚本も読んだがガンダルフというキャラクターを理解できず出演を固辞し、同シリーズの成功を見極められなかったことが引退につながった、との見方もある[32]。

コネリーは自身がプレーしていたサッカーを愛し、特にグラスゴー・レンジャーズの大ファンとして知られていた[33]。
その他

元妻ダイアン・シレントは、数十年もたった2005年になって出版した自伝[34]の中で、11年間の結婚期間中、肉体的・精神的に虐待されてきたと暴露した[35]。1965年にはシレントが「酔っぱらって」帰宅したところ、コネリーに殴られたという[36][37]。

2008年、またもシレントは元夫を中傷し、コネリーが一人息子のジェイソンに対して自立して生計を立てるよう、8千5百万ポンドの財産のうち1ペニーたりとも相続させないと言ったと語った[38]。しかし、コネリーはこれを否定して息子との関係は良好であると語り、暴力疑惑についても争う用意があることを明らかにした。また、離婚した際にジェイソンおよびシレントの娘の教育費として「8万5千ポンドの信託財産」を設けたが、今日では「当然もっと増えている」はずだと主張した[39]。ジェイソン本人もシレントの意見を全面否定し、父は暴君ではなく父が稼いだ金をどうしようと父次第だと述べた[40]。しかしシレントはコネリーが34歳のとき、セラピーにおいて当時は合法だったLSDを使い、それが虐待を引き起こしたと中傷した[41]。
フィルモグラフィ

公開年日本語題原題役名備考日本語吹替
1957年地獄特急Hell Driversジョニー
虎の行動Action of the Tigerマイク渡部猛
1959年四つの願いDarby O'Gill and the Little Peopleマイケル・マクブライド大塚明夫
ターザンの決斗Tarzan's Greatest Adventureオバニオン納谷悟朗
1961年殴り込み愚連隊The Frightened Cityパディ・ダミオン城達也
ダイナミック作戦On the Fiddleペドラー・パスコー田中信夫
1962年史上最大の作戦The Longest Dayフラナガン一等兵日高晤郎（日本テレビ版）
内海賢二（NET版）
宮本充（テレビ東京版）
007 ドクター・ノオDr. Noジェームズ・ボンド『007は殺しの番号』より改題若山弦蔵（TBS版/ソフト版）
1963年007 ロシアより愛をこめてFrom Russia with Loveジェームズ・ボンド『007 / 危機一発』より改題日高晤郎（TBS初回版/ソフト版）
若山弦蔵（TBS再放送版/ソフト版）
1964年わらの女Woman of Strawアンソニー・リッチモンド近藤洋介（テレビ朝日版）
マーニーMarnieマーク・ラトランド若山弦蔵（NET版）
てらそままさき（ソフト版）
007 ゴールドフィンガーGoldfingerジェームズ・ボンド日高晤郎（NET版/ソフト版）
若山弦蔵（日本テレビ版/ソフト版）
1965年丘The Hillジョー・ロバーツ
007 サンダーボール作戦Thunderballジェームズ・ボンド若山弦蔵（TBS版/ソフト版）
1966年素晴らしき男A Fine Madnessサムソン・シリトウ青野武
1967年007は二度死ぬYou Only Live Twiceジェームズ・ボンド若山弦蔵（TBS版/ソフト版）
1968年シャラコShalakoシャラコ大平透（フジテレビ版）
1969年SOS北極... 赤いテントLa tenda rossaロアール・アムンセンDVD題『SOS北極 レッドテント』若山弦蔵（テレビ朝日版）
1970年男の闘いThe Molly Maguiresジャック・キーオ小林清志（東京12チャンネル版）
1971年ショーン・コネリー/盗聴作戦The Anderson Tapesジョン・アンダーソン若山弦蔵（フジテレビ版）
007 ダイヤモンドは永遠にDiamonds Are Foreverジェームズ・ボンド若山弦蔵（TBS初回版/ソフト版）
内海賢二（TBS再放送版/ソフト版）
1972年怒りの刑事The Offenceジョンソン巡査部長細井重之（TBS版）
1974年未来惑星ザルドスZardozゼッド北村和夫（日本テレビ版/ソフト版）