ビューエル軍の総勢は17,918名であり戦闘の夜にはシャイローへの長い行程にあった。その4個師団はアレクサンダー・マクック、ウィリアム・"ブル"・ネルソン、トマス・L・クリッテンデンおよびトマス・J・ウッド各准将が率いた[10]。1862年初期の西部戦線 .mw-parser-output .legend{page-break-inside:avoid;break-inside:avoid-column}.mw-parser-output .legend-color{display:inline-block;min-width:1.5em;height:1.5em;margin:1px 0;text-align:center;border:1px solid black;background-color:transparent;color:black}.mw-parser-output .legend-text{}  南軍   北軍

南軍側では、ジョンストンがその新しく結成した軍隊をミシシッピ軍と名付けた[11]。ジョンストンはグラントの陣地から約20マイル (30 km)南西のミシシッピ州コリンス周辺におよそ55,000名の部隊を集結させた。この中で、44,699名[1]が4月3日にコリンスを発ち、ビューエル軍が参入する前にグラント軍を急襲することを期待していた。この軍隊は大きく4個軍団に編成された。指揮官は以下の通りだった。

レオニダス・ポーク少将指揮、チャールズ・クラークとベンジャミン・F・チーザム各准将の師団

ブラクストン・ブラッグ少将指揮、ダニエル・ラッグルズとジョーンズ・M・ウィザーズ各准将の師団

ウィリアム・J・ハーディ少将指揮、トマス・C・ヒンドマン、パトリック・クリバーンおよびスターリング・A・M・ウッド各准将の師団

ジョン・ブレッキンリッジ准将指揮、予備隊、ロバート・トラビューとウィンフィールド・S・ストラザム各大佐とジョン・S・ボウェン准将の旅団、および付設騎兵隊[12]

戦闘の前夜、グラント軍とジョンストン軍はほぼ拮抗する勢力だったが、南軍は散弾銃、古い型の滑腔マスケット銃、さらにはヤリまであるという古い武器で装備しているに過ぎなかった。彼らはほとんど戦闘の経験も無いままに戦場に到着した。ペンサコーラやモービルから来たブラクストン・ブラッグの兵士が最も訓練されていた。グラント軍にはドネルソン砦で戦闘を経験した歩兵連隊が62個のうち32個あった。その砲兵隊の半分や騎兵隊の大半は戦闘の古参兵だった[13]。

ジョンストン軍の副司令はボーリガードだった。ボーリガードはグラント軍を攻撃しないよう奨めた。行軍の音や南軍兵が2日続きの雨の後でライフルを試射する音が、急襲の価値を下げるのではないかと心配した。ジョンストンはボーリガードの忠告を拒み、「敵が100万でも攻撃」すると伝えた。ボーリガードの根拠のある心配にも拘わらず、北軍は南軍が近付いている音を聞き取ることが無く、3マイル (5 km)離れた敵の宿営地の動きを何の気もなく気付かないままだった[14]。明日の戦闘では武器の使い方を知っている我々と同じ血の西部の男達と戦うことになる。戦いは捨て身のものになるだろう。P・G・T・ボーリガード[15]

ジョンストンの作戦はグラント軍の左翼を襲い、北軍の陸軍とテネシー川の砲艦の支援（さらに退却路）とを分離し、西のスネーク・クリークやオウル・クリークの沼地に追い込んで、そこで全滅させるというものだった。ジョンストンのグラントに対する攻撃は当初4月4日に予定されていたが、48時間遅れた。その結果、再度ボーリガードは急襲の効果が失われるのを怖れ、コリンスへの後退を奨めた。しかし、ジョンストンはこの時も撤退を考えることを拒んだ[16]。
4月6日の戦闘シャイローの戦いの地図、4月6日朝
早朝の攻撃

4月6日午前6時、ジョンストン軍はコリンス道路に跨って戦闘配置に就いた。実際にこの軍隊は北軍宿営地からちょうど2マイル (3 km)離れて夜通し見破られないように戦闘隊形で露営して過ごした。その接近と夜明けの突撃はほとんどありとある戦略と戦術の急襲を成功させた。北軍は早期警戒のための歩哨を事実上立てていなかった。グラントは4月5日の夜にハレックに宛てて電報を打ち、「私は我が軍が攻撃（一般的な攻撃）されるという考えはほんの少しも無いが、そのような事が起こった場合に備えておくだろう。」と伝えた。グラントの準備の程度は言っていた程ではないことが分かった。シャーマンは南からの攻撃可能性を軽視し、ジョンストン軍は西のテネシー州パーディの方角から攻撃を掛けてくると予測した。その朝早く、ベンジャミン・M・プレンティス配下のピーボディ大佐は偵察のために第25ミズーリ歩兵連隊を無断で派遣しており、午前5時15分に南軍の前哨部隊と交戦した。活発な戦いで北軍がいくらか良い配置に就くことの助けにはなったが、北軍の指揮官層は適切な備えができていなかった[17]。

ジョンストンとボーリガードが統一された戦闘計画を持っていなかったので、南軍部隊の混乱した並びが攻撃の効果を減らすことになった。ジョンストンはアメリカ連合国大統領ジェファーソン・デイヴィスに宛てて、攻撃は次のようになると電報を打った。「ポークが左翼、ブラッグが中央、ハーディが右翼で、ブレッキンリッジが予備隊となる。[18]」その戦略は、北軍が供給線と退路でもあるテネシー川に達するのを防ぐためにその右翼から攻撃させることだった。ジョンストンはボーリガードに後方に残って兵士や必要になる物資を指導するよう指示し、自分は馬に乗って前線に行き、戦う兵士を指揮した。このことは実質的に戦闘全体の指揮を考え方の異なるボーリガードに譲ったことになり、ボーリガードは単純に3波で攻撃して北軍を真っ直ぐテネシー川に押し込むと考えていた[19]。ハーディとブラッグの軍団はその師団を横一列で、約3マイル (5 km)の幅で攻撃を始めた[20]。これらの部隊が前進すると、混ざり合い制御が難しくなった。軍団指揮官達が予備隊無くして横隊で攻撃した。大砲は突破を効果的にするための集中ができなかった。午前7時半頃、ボーリガードは後方にいるその位置からポークとブレッキンリッジの軍団に右翼と左翼からの前進を命じ、その効果を薄めさせた。このためにその攻撃は横一線隊形による正面攻撃の様相になり、成功するために必要な厚みも重みも欠けていた。