占領地域の日本軍はソ連軍によって8月下旬までに武装解除された。この際、多数の死傷者が出たという。また、このとき、日本人捕虜は内地への帰還を望んだが、ソ連軍は復員を認めず、既に離隊していた男性も強引に連行した。

日本人捕虜は、まず満洲の産業施設にあった工作機械を撤去してソ連に搬出するための労働に使役され、のちにソ連領内に移送された。9月5日の山田ら関東軍首脳を手始めに、日本軍将兵、在満洲民間人・満蒙開拓移民団の男性が続々とハバロフスクに集められた。彼らは日本に帰れることを期待していたが、ソ連は捕虜を1,000名程度の作業大隊に編成した後、貨車に詰め込んだ。

行き先は告げられなかったが、日没の方向から西へ向かっていることが貨車の中からでも分かり、絶望したことが伝えられる。また、この時抑留された捕虜の証言によると、ソ連兵は「ダモイ」（帰れるぞ）と叫び、捕虜を貨車に乗せたという[34]。
抑留被害者の総数

日本の厚生労働省は、抑留された日本人の総数を57万5000人、うち5万5000人程度が死亡したとしている[6]。一説には70万人近くが移送されたと言われ、最高数としては200万人以上との説がある[35]。モスクワのロシア国立軍事公文書館には約76万人分に相当する量の資料が収蔵されている[36]。
移送先

コムソモリスク・ナ・アムーレ

ハバロフスク

シベリア

ブラーツクダム

ナヴォイ劇場

タシケント

ナホトカ

エラブガ

シベリア以外にも、中央アジア、カフカス地方、バルト三国、ヨーロッパロシア、ウクライナ、ベラルーシなどソ連領内各地のほか、ソ連の衛星国だったモンゴル人民共和国でも抑留と強制労働が行なわれた。日本の厚労省によると、「病弱」等の理由で、ソ連国内から、ソ連軍が進駐した旧満洲や朝鮮半島北部に送られた日本人が約4万7000人いる[6]。その後、旧満洲は国共内戦を経て中国共産党が制圧して中華人民共和国の一部となり、朝鮮半島ではソ連の支援を受けて朝鮮民主主義人民共和国が成立し、戦後日本を含む西側諸国と分断され、詳細は不明な部分も多い。両地域では日本の敗戦直後、日本軍民はソ連軍だけでなく地元住民からも襲撃対象となった（「二日市保養所」「中国残留日本人」参照）。

ソ連側の史料が全面提供されない中、厚生省援護局（現：厚生労働省）によってまとめられた地図によれば、ソ連国内70か所超の収容所において抑留日本兵が強制労働に従事させられた。地図類をまとめる[45]。日本政府による遺骨収集がソ連国内数か所において許可されており[いつ?]、その進展によってより正確な収容所の位置、抑留者数、死亡者数が解明されることと期待される[46]。

宮脇淳子は「シベリア抑留」という言葉について、実際にはシベリア以外にも抑留されていたことから、正確には「ソ連抑留」あるいは「共産圏抑留」と言うべきとしている[47]。厚生省作成地図には各地点の抑留日本兵の動員数、死亡者数が含まれる。カタカナのみで記してあった地名は、アメリカやイギリスならびにソビエト発行のソビエト連邦地図を参照して特定した[注釈 1]。