0079年1月3日、ジオン独立戦争（一年戦争）が始まるが、デギンにとってこの戦争の目的はあくまでジオン公国を地球連邦と対等な関係の、完全な独立国家としての主権を連邦に認めさせることにあった。ギレンは当初これを認めていたものの、後に完全に地球連邦を征服したうえでの、選ばれた優良種たるジオン国民による全人類の管理・運営を目的とするようになった。そのため、ギレンにとってデギンは次第に邪魔な存在になっていく。『THE ORIGIN』ではデギンは戦争による膨大な犠牲や連邦とジオンの国力差を懸念し、開戦前より強硬に戦争に反対している。またルウム戦役で座乗艦のグワジン（当時はグレート・デギンと呼ばれていない）を前面に突出させたギレンに対してキシリアが異論を挟んでおり、この頃からすでに隙あらばデギンを亡き者にしようという意図があったことを暗示している。なお『THE ORIGIN』アニメ版では座乗艦は当初からグレート・デギンと呼ばれ、その艦名は連邦軍にも知られている。

『THE ORIGIN』では、ルウム戦役で捕虜となったレビルと面会し、早期和平の提案を持ちかけている。そのレビルが帰還後に「ジオンに兵なし」の演説で戦争継続の声明を出したため、恩を仇で返されたことに激しく憤っている。その憤怒は演説の中継を映すモニタのリモコンを叩き壊し、さらに年を取ってからできた子で「軍人にすべきではなかった」とまで思っていたガルマに、「徹底的に連邦を叩け」と発言するほどだった。この救出作戦には、キシリアやマ・クベなどの継戦派も裏で手を回していたという説があり（事情を悟ったシャアが、レビルの脱出を見逃すこともあった）、ジオンが開戦時から一枚岩で動いていなかった事情が垣間見えている。

10月1日には、サイド3の9バンチコロニーで市民団体を中心におこなわれた戦没者慰霊祭に出席したとされる。冥福を祈るとともに「連邦軍に勝利するため、今しばらく力を貸してほしい」と国民に訴えている[10]。

猛々しい性格のギレンやキシリア、ドズルを疎み、ガルマを溺愛しているが、戦争が予想外の長期にわたりガルマは地球で戦死してしまう。その一報を聞いた際、持っていた杖を使者の前で取り落とすほどの衝撃を受けたと言われる。デギンはガルマの密葬を望むが、ギレンは国葬としてプロパガンダに利用し、両者は対立を深めていく。これ以降、デギンはギレンの独裁を抑えるため、首相のダルシア・バハロに命じ、ひそかに連邦との講和を図る。

その後、ソロモン陥落に際してドズルまでも失うが、このときは「ドズルにしてもっともなことであるよ」と呟くのみだった（『THE ORIGIN』（漫画）ではギレンに対し、劣勢ながらよく戦ったドズルを援軍も出さず見捨てたと非難する）。ギレンによる軍事最優先主義が、ついには数百万人を超えるコロニー住民の強制疎開にまで過剰化し、コロニー国家にとって国土そのものである宇宙コロニーを超大口径レーザー兵器「ソーラ・レイ」に改造したこと、それを使用した強引なア・バオア・クー最終決戦を目論んだことなどで亡国の危機感を強め、ギレンを旧世紀の独裁者アドルフ・ヒットラーになぞらえて「ヒットラーの尻尾」と揶揄している[注 2]。「ヒットラー」については「所詮、敗者」「世界を読み切れなかった男」との観点から発言している。

ア・バオア・クーでの決戦の直前に至り、自ら和平交渉を進めるために独断でグレート・デギンに乗り込み、レビルが率いる地球連邦軍の主力、第1連合艦隊との接触を図る。だがギレンは、グレート・デギンの存在を承知のうえでソーラ・レイをゲル・ドルバ照準に最終設定する。宇宙世紀0079年12月30日作戦時間21:05、指示通りゲル・ドルバ照準で発射されたソーラ・レイの直撃を受け、デギンはレビルと共に光の渦に呑み込まれて死亡する。

『THE ORIGIN』（漫画）では、ガルマに続いてドズルをも戦火で失って意気消沈したデギンが、少しは自分を慕っていると信ずるキシリアに和睦を望む心中を語る。だが、そのキシリアも実際はデギンの利用価値がなくなったと考えるのみであり、戦争の原動力たるギレンを断罪する言質を取ったのち、ギレンに和平交渉に赴いたグレート・デギンが向かう宙域を打電し、ギレンが父殺しを行なうお膳立てをする。すなわち権力を得るための生け贄として、残った家族全員に捨てられたというに等しい最期であった。

アニメーション版とは展開の異なる小説版『機動戦士ガンダム』[注 3]では、ソーラ・レイの標的として狙われたのがキシリアとなっており、すでに傀儡と化していたデギンは和平交渉に向かうこともなく、無事に生き残っている。「トミノメモ」では、和平交渉の際にはホワイトベースに立ち寄って会談の後にセイラ・マスを指名し、ダイクンへの賛意が不変であることや、宇宙移民独裁と奴隷制度復活の罪などについて語り合うが、ギレンが放ったタブロー部隊により狙撃され、断末魔にシャアの名をつぶやいて死亡する。

ゲーム『ギレンの野望』では、ジオン編の全モード（ジオン公国、正統ジオン、新生ジオン、ネオ・ジオン、アクシズ）をクリアすると特別編として「デギンの憂鬱」というシナリオを体験できる。これはザビ家の内輪もめ、より封建国家という世界を強調した「お家騒動」のストーリーであり、キシリアの正統ジオン、ガルマ・ドズルの新生ジオンにジオン軍が分かれて三つ巴の戦いを繰り広げるという設定になっている（デギン自身は登場しない）。

原作アニメでは下膨れの顔立ちに半透明のサングラスを着用している。このサングラスは耳に掛けない鼻眼鏡である（設定画に「眼鏡はツルナシ・メガネ」と記載されている[11]）。『THE ORIGIN』の漫画版では細面気味で鼻が大きく描かれるようになり、同アニメ版では鼻はそのままでえらの張ったくびれ顎となった。また、サングラスは完全な黒塗りとなって目と表情を覆い隠すようになった（ダイクンの死の頃は耳掛け眼鏡だが、途中で鼻眼鏡に替わっている）。なお、ガンダムエース誌の他作品に登場するデギンも、容姿は『THE ORIGIN』版に準じている。

漫画『MSV-R 虹霓のシン・マツナガ』では、9月にミネバの生誕祭に参加するためグレート・デギンでソロモンに入港。式典終了後、連邦軍の「アンタレス作戦」によりソロモンが襲撃されるが、敵の脅威が低いと判断しグレート・デギンは出港する。