またバンダイグループ（バンダイナムコグループ）は、版権・キャラクター関連のビジネスでは長年の業界最大手として豊富なノウハウを持っているが、その裏返しとして同社が関与する作品において、版権や制作体制全般の管理が極めて厳しく徹底されることでも知られている。サンライズもバンダイグループ入りの後はその例に漏れず、版権ビジネスだけではなく作品出演の声優や原作者・監督などのメディア出演についても、管理がより強化・徹底されるようになっていった。

以後の沿革・歴史は下記にて年代ごとに記載。
1990年代 - 2000年代

1994年、CG制作を中心とするサンライズデジタルクリエイションスタジオ（SUNRISE D.I.D.）を設立。以後、サンライズ作品内にてデジタル彩色やCG処理が導入された。導入初期の時期では3D寄りの表現は『勇者王ガオガイガー』及び『ダイノゾーン』が、デジタル彩色は『第08MS小隊』の映像特典である宇宙世紀余話や『天空のエスカフローネ』など一部の作品で採用されていたが、新作がすべて全編デジタル制作に移行するのは設立から9年後の2003年と他会社と比べて比較的遅い時期となった。

1996年10月、本社を東京都杉並区上井草2丁目35番11号から同区上井草2丁目44番10号へ移転。

2002年6月、全額出資子会社として、作品の音楽著作権を管理する音楽出版社「サンライズ音楽出版株式会社」を設立。

2005年10月からは株式会社バンダイ、株式会社ナムコとの経営統合に伴いバンダイナムコグループの一員となる[2]。ナムコ系テレビゲーム作品とのタイアップが増える。一例としては2007年に制作された、『THE IDOLM@STER』を原案とした『アイドルマスター XENOGLOSSIA』、2008年制作の『テイルズ オブ ジ アビス』のアニメ版などが挙げられる。それとは対照的に、かつての主軸でもあった玩具をメインとしたコンテンツとのタイアップ作品は、2004年の『陰陽大戦記』以降は激減した。ガンダム以外のオリジナルロボット作品についても、『コードギアス』シリーズや『ゼーガペイン』など、少数に留まる（ただし、この2作については初動から10年経過した2010年代でも適宜シリーズの展開が続いている）。
2010年代

2010年代には、自社参加・読者参加企画発祥のメディアミックス作品『ラブライブ!』が大ヒットを飛ばしたことを筆頭に、以前よりも更に様々なジャンルの作品を手がける様になった。

ゲームを主軸とした企画とのタイアップ作品 - 『バトルスピリッツ』シリーズ、『アイカツ!』など

コミック原作作品 - 『銀魂』『ケロロ軍曹』など

非コミック原作作品 - 『境界線上のホライゾン』・『アクセル・ワールド』（ライトノベル原作）など

2015年4月1日、キッズ・ファミリー向け作品などの一部の制作部門を分社した、株式会社バンダイナムコピクチャーズが設立される（事前発表は同年2月12日。以下「BNP」と略す場合あり）。社長はサンライズ社長の宮河恭夫が兼任する。これ以降のサンライズは、ハイターゲット向けの作品を中心とした制作体制に特化することとなる。

2016年9月、サンライズ内部で独自に立ち上げた、非映像系オリジナル作品（主に小説）を発信するwebサイト「矢立文庫」をスタート。

2018年、CGアニメ制作会社のサブリメイションと資本提携を締結[15]。同年11月20日、ジーベックのポストプロダクション部門を除く映像制作事業を譲受すると発表。その後同社の撮影部門、練馬スタジオ、仕上部門および過去作品の著作権を除くアニメーション作画・制作管理部門の譲受に変更された。これを受けて、2019年3月1日付で新会社「株式会社SUNRISE BEYOND」（サンライズビヨンド）を設立し、4月1日付で同社にこれらの事業が継承された[16][17][18][19]。

2019年4月1日、宮河恭夫のバンダイナムコエンターテインメント社長就任に伴い、専務取締役の浅沼誠が社長に就任[20]。同日、サンライズ音楽出版の社名を「株式会社サンライズミュージック」に変更する。
2020年代

2021年3月1日、半世紀近くに及ぶサンライズの過去作（BNPに移管したシリーズ作品、およびガンダムシリーズなど別途ポータルサイトのある作品以外が中心）と、その関連情報をエンタメ的にアーカイブするサイト「サンライズワールド」を開設。これと連動する形で、2014年にYouTubeに開設されていた「サンライズチャンネル」にて、『無敵超人ザンボット3』を始めとした1970 - 1990年代初めごろまでの過去作を、いくつか期間限定かつ、各1クール分（概ね12話まで）までのプレミア無料配信を開始した（毎週1 - 2話づつの更新）。

2021年10月、東京都杉並区荻窪4丁目30番16号藤澤ビル内に新本社を設立。オフィスの名称は『機動戦士ガンダム』に登場する戦艦から取って「ホワイトベース」と名付けられており、サンライズも含めたグループ4社（サンライズ・BNP・SUNRISE BEYOND・サンライズミュージック）と、都内に20ヶ所以上ある制作スタジオなどの拠点を、新本社に移転集約させることになっている[21]。