1769年、モントレー湾を探すために陸路北上したガスパル・デ・ポルトラの一行は、モントレー湾に到達したものの、そこが目的地であることに気づかずさらに北上し、サンフランシスコ湾に到達した。これが最初のサンフランシスコ湾に関する記録だが、ポルトラの一行にはそこが河口か入り江かわからなかった[4][5]。

ゴールデンゲート海峡より内側へ初めて入ったのはスペインのフアン・デ・アヤラだったらしい。アヤラは1775年8月5日にサン・カルロス号で湾内へ入って探検し、ホセ・デ・カニサレスがそれを基に最初の湾内の地図を作成した。このとき名づけられた地名の多くは現在も使われている。

カリフォルニア州がアメリカ合衆国に属した後、カリフォルニア・ゴールドラッシュの時代にサンフランシスコ湾は突然世界最大の港の一つとなった。

1940年代後半には湾の大規模な埋め立てを行う計画が立てられたが、1959年にアメリカ陸軍工兵司令部が計画の問題点を指摘した。1960年に大規模な反対運動が起きたが、そのときすでに湾の大きさは本来の3分の2にまで縮小していた[6]。
脚注^ “San Francisco Bay/Estuary (SFBE) 。Ramsar Sites Information Service”. rsis.ramsar.org (2013年2月2日). 2023年2月25日閲覧。
^ Aker, Raymond (1970). REPORT OF FINDINGS RELATING TO THE IDENTIFICATION OF SIR FRANCIS DRAKE'S ENCAMPMENT AT POINT REYES NATIONAL SEASHORE. pp. 338?340 
^ “Narrative of the Pilot Morera, who passed through the North Sea to the South Sea through the Strait”. The Land of Sunshine, The Magazine of California and the West (February): pp. 184?186. (1900年) 
^ ⇒The representations of San Francisco (California): a portable harbor in the fragile geography of the North Pacific.
^ Bolton, Herbert E. (1927). ⇒Fray Juan Crespi: Missionary Explorer on the Pacific Coast, 1769-1774. HathiTrust Digital Library. pp. 231. ⇒http://catalog.hathitrust.org/Record/000288788 2014年4月閲覧。 
^ ⇒History, A Project Of Save the Bay, ⇒http://www.savesfbay.org/dont-pave-my-bay/history 

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