2006年はプレーオフに進出したが、地区シリーズでセントルイス・カージナルスに敗退した。

2007年は12年間チームを率いたブルース・ボウチーがチームを去り、バド・ブラックが監督に就任。6月には宿敵ドジャースをホームに迎えた試合で、チームの顔トレバー・ホフマンが前人未到の通算500セーブを達成した。同年もアリゾナ・ダイヤモンドバックスやコロラド・ロッキーズと最後まで三つ巴の地区優勝争いを続けたが、ワイルドカード争いでロッキーズと同率となった結果行われた10月1日での1ゲームプレーオフで敗れて、3年連続のプレーオフ出場はならなかった。
2010年代

2014年オフにトレードやFAで大型補強を行った。トレードでデレク・ノリス、ウィル・マイヤーズ、ウィル・ミドルブルックス、ジャスティン・アップトン、マット・ケンプ、ティム・フェデロビッチ、ショーン・ケリー、クレイグ・キンブレル、メルビン・アップトン・ジュニアを、FAでジェームズ・シールズ、ブランドン・モローを獲得した。

2017年1月17日にマイヤーズと当時球団史上最高額の6年総額8300万ドルで契約延長[1]。

2018年はシーズン開幕前の1月6日に日本プロ野球の埼玉西武ライオンズからポスティングシステムでMLB挑戦を目指した牧田和久を獲得した。2月17日にロイヤルズからFAとなっていたエリック・ホズマーと当時球団史上最高額となる8年総額1億4400万ドルで契約合意[2]。オフには牧田を40人枠から外している。

2019年はシーズン開幕前の2月19日にドジャースからFAとなっていたのマニー・マチャドと当時のFA選手のMLB史上最高額となる10年3億ドルで契約合意[3][注 1]。シーズンでは開幕戦でフェルナンド・タティス・ジュニアがデビューした。6月13日から16日に行われた対コロラド・ロッキーズ戦（クアーズ・フィールド）の4連戦で、第1戦は9-6、第3戦は14-8でロッキーズが勝利し、第2戦は12-16、そして第4戦は13-14でパドレスが勝利。ともに2勝2敗の五分で4試合を戦い終えたが、この4試合で両チーム合わせて叩き出した計92点は1929年5月に行われたフィリーズ対ドジャースの88得点を抜き、MLBの歴史の中で4連戦で生まれた史上最多得点となった[4]。また、第1戦は共に13安打ずつの計26安打、第2戦は延長12回までもつれ、パドレスが21安打の計39安打、第3戦は13安打の計32安打、そして第4戦は15安打の計34安打。4試合連続で両軍ともに2桁安打を記録し、計131安打が乱れ飛び、歴史に残る大乱打戦シリーズとなった[5][6]。オフのハロウィンに2020年シーズンから原点回帰した茶色と黄色を基調としたユニフォームに一新されることが発表された。
2020年代

2020年はポストシーズン進出に向けて大型トレードを敢行し、6件ものトレードを成立させ、マイク・クレビンジャー等10人を獲得するなど大規模補強を行った[7]。その甲斐もあり、9月20日に2006年以来14年ぶりにプレーオフへ進出した[8]。オフにはカブスとのトレードでダルビッシュ有とビクター・カラティーニを獲得した。また、KBOリーグのキウム・ヒーローズからポスティングでMLB移籍に挑戦した金河成を獲得している。

2021年はシーズン開幕前の1月19日にパイレーツ、メッツとの三角トレードでジョー・マスグローブを獲得した。2月18日にはブレーブスからFAとなっていたマーク・マランソンを獲得した。2月23日にタティース・ジュニアと14年総額3億4000万ドルで契約延長をした[9]。オプションとして全球団トレード拒否権が含まれており、契約金として1000万ドルが含まれる。この契約はマイク・トラウトの12年総額4億2650万ドル、ムーキー・ベッツの12年総額3億6500万ドルを超えて、MLB史上最長の契約となった[10]。これらの補強によりドジャースの地区9連覇を阻止出来る対抗馬として非常に注目されていた。シーズンでは4月9日のテキサス・レンジャーズ戦でマスグローブが球団史上初となるノーヒットノーランを達成した[11]。オールスターゲームにはファン投票でタティス・ジュニア、投手としてダルビッシュ、マランソン、控え野手としてジェイク・クロネンワース、マチャドが選出された。ダルビッシュは辞退したものの、他4名は出場している。7月16日の後半戦初戦のナショナルズ戦で球団史上最多得点の24を記録し、同時にクロネンワースが球団史上3人目となるサイクル安打を達成した[12]。オールスターまではワイルドカード2位の位置に付けていた。7月26日にトゥクピータ・マルカーノ、ジャック・スウィンスキー、ミッチェル・ミリアーノとのトレードでパイレーツからアダム・フレイジャーを獲得した。7月29日にナショナルズからトレードでダニエル・ハドソンを獲得。しかし、この時から一気にチームそいての勢いは失速。一番の強みだったはずの先発陣がマスグローブ以外全員不調に陥り、打線も8月14日のダイヤモンドバックス戦ではノーヒットノーランを浴びた。9月にはマーリンズからFAとなっていたロス・デトワイラーを獲得。しかし、さらに負けが込むようになり、一時はワイルドカードで8.5ゲーム差を付けていたカージナルスの快進撃によって、9月25日にポストシーズン進出を逃すことが決定した。10月1日には2年ぶりのシーズン負け越しも決定し、最終成績を79勝83敗で終えた。オフは10月6日に監督のジェイス・ティングラーを解任した。11月3日にチームからデトワイラー、ハドソン、ファム、ビンス・ベラスケスがFAとなった[13]。11月27日にマリナーズとのトレードでフレイジャーを放出し、マリナーズからレイ・カー、コーリー・ロジアーを獲得した[14]。

2023年11月14日、オーナーであったピーター・サイドラー（ピーター・オマリーの甥）が死去。サイドラーはトレードなどの手段と合わせ、優秀なプレイヤーを獲得する事に前向きであったがその死によって、球団は再び予算を抑え、大型契約を行った選手にもトレードの可能性があると報じられた。