奪取モードは制限時間内にレッドチームが防御している目標物をブルーチームが奪取するミッションモード。特定目標物を奪取・破壊するのはブルーチームにのみでき、目標物に照準点を合わせて「E」キーを押すと奪取できる。奪取した目標物はマップ上に「S」と表示される目標地点に運ぶ必要がある。また、レッドチームはこれを防がなければならない。
奪取ミッション方式のフィールド

ゴールデンアイ（Golden eye） 2007年8月27日実装

クラブナイト（Club Night） 2008年5月23日実装

ツーフェース（奪取）（TwoFace） 2011年4月27日実装

ツーフェース実装に際して、クラブナイトがネットカフェ専用MAPに移行。
占領ミッション

占領ミッションは、マップ上にあるオブジェクトの占領権をめぐって戦いあうミッションモード。オブジェクトを占領し、そのオブジェクトを一定時間防衛すれば勝利となる。タイムオーバーになった場合は、その時点で占領していたチームの勝利となる。
占領ミッション方式のフィールド

ストームビル（Storm Ville） 2008年2月15日実装

ラッシュ（Rush） 2008年9月26日実装

アクアバレット（Aqua bullet) 2009年9月18日実装

ストーンキャッスル（Stone castle-conquest) 2010年3月25日実装

サブミッション

サブミッションは、制限された武器で戦うミッションモード。
サブミッション方式のフィールド
マッドケージ（Mad Cage）
ナイフ戦専用 2008年4月17日実装制限時間内に相手チームを全滅させたチームの勝利となる。時間切れの場合は引き分けとなり、残り人数の多いチームが1ラウンドを取得する。
モンキーガーデン（Monkey Garden）
ナイフ戦専用 2009年1月23日実装オブジェクトを占領し、そのオブジェクトを一定時間防衛すれば勝利となる。占領する度に占領した者に対し各種ハンドガンがランダムで支給される。
クロスカウンター (Cross Counter)
スナイパーライフル戦専用 2009年8月7日実装SR専用だが、ハンドガン・ナイフは使用可能。ただしグレネードは使用不可。
A補給倉庫 (The A Supply Base)
全武器使用可能 2010年8月27日実装第三補給倉庫のAサイトのみ爆弾を設置できる。
他に、ハンドガン専用MapのオブザーバーやAR武器専用のフラグストーンなどが実装済みである。

B補給倉庫も実装された。
アメイジングミッション

武器制限が無い、特殊なルールで行うミッション。期間限定で実施されるステージ・ルールも存在している。
アメイジング方式のルール
ビッグヘッドマッチ全プレイヤーの頭部が通常の3倍の大きさとなった状態で行うチームデスマッチ。ヘッドショットや連続キルで一定のポイントを稼ぐ事で一定時間無敵状態になり、逆にポイントを稼げずに立て続けにポイントを奪われるとプレイヤーのアバターキャラが縮小化し同時に体力が通常の半分になる。最少時にオーバーkillすると始めの大きさに戻れる。
ビッグヘッドマッチルール方式のフィールド
ビッグヘッドハウス
デスマッチの「ウェアハウス」と同型のステージ。巨大化した頭でも通れるようにする為に、ダクトやコンテナの通路が3倍に広げられている。
ビッグヘッドカウンター
デスマッチの「クロスカウンター」を基軸として造られたステージ。通れる通路を狭くした事でスナイパーライフルでの即死率が格段に上昇するというジレンマが起きた。
ヴァンパイアモードハンター（人間）チーム対ヴァンパイアチームで対戦する耐久戦。最初はレッドチーム・ブルーチームに分かれてラウンドを開始。開始から10秒後、双方のチームからランダムで一人ずつマザーヴァンパイア（体力5,000:ジョセフィンは7,000）になったと同時にゲームを開始する。ハンターがマザーヴァンパイアに攻撃を受けるとヴァンパイア（体力は2,000:ジョセフィンは3,000）になると同時に、ヴァンパイアチームになる。全てのハンターがヴァンパイアになればヴァンパイアチームの勝利となり、2分間ハンターがヴァンパイアからの攻撃を耐え続けて一人でも生存していればハンターチームの勝利となる。武器にはヴァンパイアモード専用武器が存在し、通常武器の倍近くのダメージを与える事ができ、ヴァンパイアプレーヤーのリスポーンを不可能にするアイテムも存在する。また、ハンター・ヴァンパイアの双方にスキルシステムが導入されており、移動速度や攻撃力が上昇する「狂気」や「暴走」等の使用が可能で、ハンターの数が減るとヴァンパイアへのダメージが上昇する「怒りゲージ」も存在している。マザーヴァンパイアのみを倒せばすぐにラウンドが終わる為、マザーヴァンパイアとなったプレイヤーを瞬殺する事でCR稼ぎをする（アビューズ行為）プレイヤーが後を絶たない。ただしこの行為そのものはグレーゾーンであり、「敵を倒しているのだからアビューズには該当しない」「極めて短時間でCRを稼げるからアビューズだ」と賛否両論ではある。
ヴァンパイアルール方式のフィールド
ヴァンパイアロンドン
ロンドン市内をモチーフにして作られたステージ。ハンターは主に「坂」、「タワー」、「橋」の3つのうちのいずれかでヴァンパイアと交戦する事になる。ヴァンパイアのプレイヤーの頭の上に乗れるという仕様や暴走を使う事で、ヴァンパイア側のチームワーク次第でハンターの抗戦場所を崩壊させることができる。バランスのよいマップではあるが、人間が10人ほど同じ場所で抗戦すれば人間の勝利はほぼ確実であるため、やや人間側有利なマップであるといえる。
ヴァンパイアベッセル
難破船をモチーフにして作られたステージ。3階層の船内と3本のマストで構築されている。甲板や船内の数か所に聖水のエリアが仕切られており、ヴァンパイアチームがそのエリアに入るとフラッシュによる目くらまし状態に陥り1秒おきに一定量 (300) のダメージを受け続ける事となる。甲板横から巨大な触手が2本飛び出しており、足場として活用する事ができるが、足場を通り越して海に入ると強制的に転落死となる。また、船内の数か所でも床を突き抜けて転落死してしまうバグの発生も確認されている。
ヴァンパイアGキューブ

基本的にはデスマッチのGキューブと一緒だが重力の違いや抗戦用の段差が設けられている。ハンターは逃げる際に狂気をつかうと有効であるが、ヴァンパイアをリスポーンさせないエクソシストショットがしづらいマップでもある。反重力を利用したジャンプで逃げればよいので人間側が有利といえる。
ヴァンパイアゲートウェイ（2014年3月5日に削除された）

基本的にデスマッチのゲートウェイと同じである。ハンター側が抗戦する場所や隠れるのに有効な物陰が少なく、圧倒的にヴァンパイア有利なマップである。
タコマッチステージの建物内に籠城するレッドチームとそれを殲滅するブルーチームに分かれて行う時間制限付きサドンデス。フィールドの建物内に籠城するレッドチームと建物外から攻撃を行うブルーチームに分かれてラウンドを開始。2分以内にブルーチームを全滅させるか2分間1人でも生き残ればレッドチームの勝利。2分以内にレッドチームを全滅させればブルーチームの勝利となる。ブルーチームのみ建物内の1か所に設置されているレーダーに触れている間はブルーチームはレッドチームの居場所を把握することができる。
タコマッチ方式のフィールド
アジト
侵入可能個所：10個所、レーダー設置場所：建物2階 実装日：2011年7月20日
練習モード

一人でのプレイにのみ対応。8人までの敵が設置でき、時間を計ったり、視点を自由に移動させたりできる。経験値やポイントは獲得できない。
クラン戦

2007年8月17日にクランシステムが実装された。それに伴ってクラン戦専用サーバーが実装された。クランとはMMORPGでいうギルドであり、他のプレイヤーとチームを組み他のクランと戦うというものである。試合の募集方法としては各チャンネルのロビーで自ら発言し、相手はささやき（一対一のチャット）にて募集した相手に対し声をかけるという手順になる。

また、「クイックマッチ」と呼ばれるマップと人数を決めて即座にマッチングを行うシステムが2008年7月25日に実装された。しかし、日本では多くのクランが「勝率制限」を設けているためほとんど機能していない。このような制限は日本独自の傾向であり、本格的な海外IPの規制以前に韓国人プレイヤーが掲示板で「腰抜け・臆病者・向上心がない」などと書き込むこともあった。また、この勝率制限を利用し自分達より勝率・実力が低いところを募集し（自分達が勝率60%に対し50%以下など）、勝てる試合しか行わないクランも存在する。
ルール

クラン戦は基本的にどのような形式で行っても（アビューズ行為などの運営方針違反にならない限り）構わないが、以下のルールが存在する。
SACTL07ルール
スナイパーライフルを各チーム1本以下とし、敵スナイパーの落としたスナイパーライフルを拾うことが出来る。ブースト（味方の上に乗り高いところに行くこと）を行って一人では設置できない場所に爆弾を設置したり、特定の場所にてマップ全体を見渡せるブーストを行って敵の位置を確認すること、第三補給倉庫にて開始直後に敵陣近くに投げるグレネード投擲等を禁止している。
SAAC予選ルール
上記SACTLルールのブーストについての制限を追加し、（発表時点の日本において）未実装の武器と一部サウンドにバグがあったキャラクターが禁止されている。現在はこれに実装されている武器・キャラクターを許可した、いわゆる「ありありルール」が主流である。 ⇒[2]
SAAC本選ルール
上記SAAC予選ルールに加え、スナイパーライフルを各チーム2本以下とし、敵スナイパーの落としたスナイパーライフルを拾うことが出来ないというルールを追加したもの。また、試合前に相手に対して味方のスナイパーを明確にしなければいけない。 ⇒[3]
SACTL08ルール
上記SAAC本選ルールに加え、チーム内であれば味方のSRに交換可能というルールが追加されたもの。 ⇒[4]
SAOMTルール
上記SACTL08ルールに加え、これまでの設置・解除によるミッション数による勝敗決定ではなく、勝利ラウンド数で勝敗決定することを明確にしたもの。
SACTL2012ルール
上記OMTルールに加え、これまでのラグじゃん、位置バグが禁止になる
サーバー

Silent Fox1（1 - 10チャンネル・一般兵）

Silent Fox2（1 - 15チャンネル・一般兵/2008年1月20日の臨時メンテナンス。[4]までは新兵訓練所）

Silent Fox3（1 - 15チャンネル・新兵訓練所/2008年1月20日の臨時メンテナンスまではクラン戦サーバー）

Silent Fox4（1 - 15チャンネル・クラン戦サーバー・2008年1月20日のメンテナンスで追加）

特設サーバー (特設サーバー 大会用サーバー)
2012年のメンテナンスにより、初心者チャンネルと超初心者チャンネルが実施された。つまりいわゆる「初心者狩り」対策である。KD値が55%を超えたら入れないMVPになったら超初心者チャンネルからは追放される
公式オプション

使用武器などを制限することができる。
ナイフ戦
ナイフだけで戦闘を行う。
ハンドガン戦
ハンドガンとナイフだけで戦闘を行う。
スナイパー戦
スナイパーライフルとハンドガンとナイフだけで戦闘を行う。このオプションはサブミッションのマップ・クロスカウンター、トリプルタワーでのみ適用される。
ランナウェイ戦