公式サイト「日刊サイゾー」は、ニュースブログの形式をとっている。その他の公式サイトとしては、アダルト記事を強化した「メンズサイゾー」、芸能ニュースなどの女性向け記事に特化した「サイゾーウーマン」も個別に展開している。

また、有料サービス「サイゾーpremium」では、本誌の記事などを閲覧できる。

「リアルサウンド」は、2016年までサイゾーが運営していたが[17]、現在は元ロッキング・オンの神谷弘一編集長が代表を務める株式会社blueprintが運営・編集している[18][19]。

「噂の眞相」のデスクを勤めた神林広恵と元副編集長の川端幹人が立ち上げた企業である株式会社ロストニュースが運営・編集する「LITERA」はサイゾーが広告運用しているが、サイゾーとの資本関係は無く、記事の編集方針についてサイゾーは関与しない独立した組織として運営されている[20][注 1]。
主な運営サイト

日刊サイゾー - 2006年8月開設

サイゾーウーマン - 2008年10月開設

メンズサイゾー - 2009年6月開設

サイゾーpremium - 2009年10月開設

グラッチェ - 2021年12月開設

おたぽる - 2013年10月開設、2021年4月更新停止

TOMA BETIQUE - 苫米地英人関連商品の販売サイト

CYZO BOOK STORE - サイゾーから刊行された書籍の販売サイト

広告運用


LITERA（リテラ）[22] - 2014年5月開設

HEALTH PRESS（ヘルス・プレス） - 2014年11月開設

Business Journal(ビジネスジャーナル)　 - 2012年4月開設。合同会社フラジオリムに運営移管

GJ（Goraku Journal） - 2016年3月『Gambling Journal(ギャンブルジャーナル)』の名前で開設。合同会社フラジオリムに運営移管

過去の運営サイト

ハピズム - 2011年7月TOCANAとして開設

CSセミナー - 2012年2月開設

晒蔵 - 2012年7月開設

おたぽる＠HENTAI!! - 2013年10月開設

サイゾーまとめ[23]

リアルサウンド[24] - 2013年7月開設。2016年まで株式会社blueprintと共同運営

wezzy（ウェジー） - 2013年6月開設

messy（メッシー） - 2013年6月開設、2020年12月更新停止

TOCANA（トカナ） - 2011年7月開設、2013年10月リニューアル。株式会社MICHIに譲渡

ビッグ☆セレブ - 2015年4月開設

Jトピ！ - 2018年7月開設

ウーコミ！ - 2019年10月開設。2024年までコミックサイトとして運営。DMMグループの株式会社CLLENNに譲渡

道玄坂書房

株式会社サイゾーのコミック事業部[25]。編集業務は出版業界の経験者と株式会社サイゾーが設立した合資会社ディノボックス[26]。2020年5月以降の発売元はれんが書房新社。
デジタルコミック誌

Strada+

レーベル

MIKE＋comics - ボーイズラブコミック

過去レーベル

Lilie comics - ガールズラブコミック[27]

somali comics - 一般書籍

Gruppo comics - パロディアンソロジー

ウーコミkiss!

東洋書店新社

東洋書店の出版事業継承した[25]株式会社サイゾーの東洋書店事業部。発売元は垣内出版。
夏目書房新社

2015年3月に株式会社サイゾーのグループ企業として出版事業を開始[28]。2017年に株式会社サイゾーと吸収合併され、サイゾー事業部の一ブランドとなる。発売元は垣内出版。
れんが書房新社

2017年に株式会社サイゾーが買収[29]。2020年5月以降、道玄坂書房の発売元。