2016年7月14日、アサツー ディ・ケイ（ADK）が連結子会社化を目的としてゴンゾの株式公開買付けの実施を発表[8][9]。その結果197,347株（所有割合84.01%）を取得した[10][11]。同年12月27日、過年度において不適切な会計処理を行っていたことがADKより公表され[12]、2017年1月10日に調査報告書が公表された[13]。これを受け2017年2月6日、第13期から17期までの訂正有価証券報告書を関東財務局に提出した[14]。

2018年3月30日、資本金の額を33億6173万4083円、資本準備金の額を34億784万6377円減少し、それぞれ500万円、0円とする[15]。

2019年6月28日、ゴンゾは自社が保有している一部のアニメ制作事業や知的財産権とその管理・運用に関わる権利義務をスタジオKAIへ譲渡することを発表した[16]。同年10月31日、傘下である沖縄ゴンゾを解散[17]。

2020年3月25日、臨時株主総会の決議により、2020年3月30日を効力発生日として3万8800株を1株とする株式併合を行うことが承認可決され、効力発生日における発行可能株式総数は93万4972株から24株に変更された[18]。株式併合によりゴンゾをADKマーケティング・ソリューションズの完全子会社とした上で、創業メンバーである石川が発行済み株式を全取得することによりADKグループから独立することになる[2][19]。
代表者

GDHに吸収合併されるまで（1992年 - 2009年）

氏名在職期間
村濱章司1992年9月 - 2000年2月
梶田浩司2000年2月 - 2006年11月
藤田純二2006年11月 - 2009年3月

2009年4月以降は、持株会社であるGDHからの吸収合併により、「1992年に設立された」ゴンゾは組織上解散した。同時にGDHがゴンゾに社名変更したため、組織上「2000年に設立された」新たなゴンゾが生まれた。

ゴンゾ（旧GDH）氏名在職期間
村濱章司2000年2月 - 2006年10月
石川真一郎2001年5月 - 2018年9月
勝村良一2017年3月 - 不明
石川真一郎不明 -

作品
テレビアニメ

開始年放送期間タイトル監督アニメーション
プロデューサー備考
2000年4月 - 9月ゲートキーパーズ佐藤順一（総）
千明孝一村濱章司
梶田浩司
10月 - 12月ヴァンドレッドもりたけし植野修也
2001年7月 - 10月SAMURAI GIRL リアルバウトハイスクール東海林真一月野正志
村濱章司
10月 - 2002年1月HELLSING飯田馬之介（総）
浦田保則石川学
坂上貴彦
10月 - 2002年3月FF：U ?ファイナルファンタジー:アンリミテッド?前田真宏（総）住友英司
10月 - 12月ヴァンドレッド the second stageもりたけし植野修也
2002年1月 - 6月フルメタル・パニック![20]千明孝一村濱章司
7月 - 10月最終兵器彼女加瀬充子月野正志
10月 - 12月超重神グラヴィオン大張正己村濱章司
10月 - 2003年3月キディ・グレイド後藤圭二今本尚志
2003年4月 - 9月GAD GUARD錦織博坂上貴彦
齋藤史共同制作：アンバーフィルムワークス
カレイドスター佐藤順一内田康史
内田哲夫
八田紳作共同制作：G&G Entertainment
10月 - 2004年3月カレイドスター 新たなる翼佐藤順一
平池芳正
4月 - 9月LAST EXILE千明孝一今本尚志
10月 - 2004年3月PEACE MAKER鐵平田智浩吉田悟
11月 - 2004年6月クロノクルセイド紅優若松剛
2004年1月 - 3月超重神グラヴィオンZwei大張正己橋本太知
4月 - 9月爆裂天使[21]大畑晃一今本尚志
4月 - 6月GANTZ板野一郎八田紳作
久田大志
荒井英昌第1期
8月 - 11月第2期
6月 - 12月SAMURAI 7滝沢敏文笠間寿高
10月 - 2005年3月砂ぼうず稲垣隆行川原陽子
巌窟王前田真宏橋本太知
2005年1月 - 12月トランスフォーマー ギャラクシーフォース角銅博之（総）