※トム・ヘイゲンは物語開始以前に死去しており今作には登場しない。
アルベルト・“アル”・ネリ（英語版）
演 - リチャード・ブライトマイケルを身近で支える存在。後にバチカンへ赴き、マイケルを裏切ったギルディ大司教を射殺する。
B・J・ハリソン
演 - ジョージ・ハミルトントム・ヘイゲンが亡くなっているため、今作におけるマイケルの弁護士を務めている。常にマイケルと行動を共にし、インモビリアーレ買収で活躍する。
アンドリュー・ヘイゲン
演 - ジョン・サヴェージトム・ヘイゲンの息子で聖職者。マイケルにとって血縁はないが事実上の甥にあたり、常に目をかけている。マイケルとギルディ大司教の手引きの結果バチカンに赴任することになった。ラストのオペラシーンではマイケルの親族として列席する。
ドン・トマシーノ
演 - ヴィットリオ・デューズシチリアに住むコルレオーネ・ファミリーの忠節な後見役。イタリアとバチカン内の動きに通じ、ギルディ大司教の裏切りを知ったマイケルにランベルト枢機卿を紹介する。郊外の路傍で偶然モスカ親子に出会い、彼らの正体に気付いたため射殺される。
カロ
演 - フランコ・チッティシチリアに住むマイケルのボディーガード(第一作にも登場)。ドン・トマシーノ暗殺に際しては悲しみ、怒り、その復讐をマイケルに誓う。後にルケージ宅へ赴き、メガネを奪い取って首を突き、復讐を果たした。（この際にカロもルケージのボディガードに射殺されたと思われる）
ドミニク・アッバンダンド
演 - ドン・ノヴェロ父の恩人の息子でマイケルを支える側近。
アーマンド＆フランシスコ
演 - ロゲリオ・ミランダ&カルロス・ミランダヴィンセントの部下でボディーガードを勤める双子の兄弟。オペラ劇場内でモスカに相次いで刺殺される。
ジョニー・フォンテーン
演 - アル・マルティーノ父がかつてそのキャリアを助けた大御所歌手。マイケルの叙勲記念パーティーで歌を披露するなど今もファミリーと友好関係を持つ。
対立するマフィア
ドン・アルトベッロ（英語版）
演 - イーライ・ウォラックマイケルの妹、コンスタンツィアの名付け親（ゴッドファーザー）。マイケルとは旧知の仲で、マイケルの財団に多額の寄付をするなど表向きは良い関係を保つが、ドン・ルケージと通じており、ザザを使いマイケルの暗殺を試みるが失敗。その後マイケルの意を受け近づいてきて部下となったヴィンセントによって真意を暴かれ、劇場内でコニーから渡された毒入り菓子を食べて、上演中に毒殺される。
ジョーイ・ザザ
演 - ジョー・マンテーニャコルレオーネ・ファミリーのアルトベッロの子飼いで、ヴィンセントと対立している。出世を拒まれマイケルら幹部会を恨んでいるが、当のマイケルからはチンピラ呼ばわりされている。アルトベッロの意を受け、会合の場でマイケルとファミリーのメンバーの暗殺を試みるがマイケルたちを取り逃がし、その後騎馬警官に扮したヴィンセントに射殺される。
アントニー・スクゥイルアロ
演 - ビト・アンツォフェルモジョーイ・ザザのボディーガード。ザザの暗殺時にヴィンセントの部下に暗殺される。
モスカ
演 - マリオ・ドナトーネシチリア人。組織に属さないフリーの殺し屋。過去にアルトベッロと手を組んでいた。アルトベッロにマイケルの暗殺を依頼される。シシリーで偶然出会ったドン・トマシーノを射殺。終盤の劇場内でヴィンセントの部下たちを殺害した後、客先のマイケルを小銃で狙撃しようと試みるが機会を逃して失敗。終演後、劇場外に出たマイケルを拳銃で狙うが腕を傷付けるにとどまり、二発目で誤ってメアリーを射殺。自身はその直後に周囲の人々によって取り押さえられ、駆け付けたヴィンセントによって射殺される。
スパラ
演 - ミケーレ・ルッソシチリア島モンテレプレ村に住む殺し屋モスカの息子。ロバのものまねが得意で、求められてドン・トマシーノの前で披露する。父とともに聖職者の姿をしてマイケル殺害に向かうが、ドン・トマシーノに見破られる。オペラハウスでは出演者のひとりに扮し、終演後の劇場前でロバのものまねをして警備の注意を引き、モスカがマイケルを狙うすきを作る。
その他
ギルディ大司教
演 - ドナル・ドネリー宗教事業協会（バチカン銀行）総裁で、バチカンの資金運営を掌るアメリカ地区担当の大司教。マイケルが組織を合法化させるために一番頼っていた人物。金融スキャンダルでバチカン銀行が7億ドルを超える巨額の負債を抱えたことで窮地に陥り、マイケルにバチカンが実質的なオーナーとなっている国際的な投資会社「インモビリアーレ」の株式を6億ドルで買い取る取引を持ちかけた。マフィア関係の事業を清算する事を引き換えにマイケルに資金洗浄を要求するが、その後ルケージやカインジックと裏で繋がっていることが明らかになる。ランベルトの死後、ネリによってバチカン内で射殺される。モデルはポール・マルチンクスとされる。
ドン・リシオ・ルケージ
演 - エンツォ・ロブッティインモビリアーレ社の取締役会長で、外出時にはカラビニエリの警護を受けるイタリア政財界の有力者。アルトベッロの友人でギルディ大司教を通じバチカン内部にも影響力を持つ人物。マイケルの意を受けて自宅を訪れたカロにより暗殺される。モデルは、リーチオ・ジェッリ（イタリア社会運動幹部、ロッジP2代表）もしくはジュリオ・アンドレオッティ（元イタリア首相）とされる。
フレデリック・カインジック
演 - ヘルムート・バーガーギルディ大司教の下で、バチカン銀行のマネーロンダリングを行うアンブロシアーノ銀行頭取のスイス人。マイケルがギルディ大司教に支払ったインモビリアーレ買収資金を着服し逃亡したが、逃亡先でマイケルの手下に暗殺され橋の下につるされた。モデルはロベルト・カルヴィとされる。
ランベルト枢機卿（英語版） （教皇ヨハネ・パウロ）
演 - ラフ・ヴァローネドン・トマシーノの紹介によりマイケルが頼ることになる革新派の枢機卿。その後教皇に選出され、ギルディ大司教とルケージらによるバチカン内の汚職の一掃を表明するも、粛清を恐れたギルディ大司教一派に毒殺される。モデルはヨハネ・パウロ1世とされる。
グレース・ハミルトン
演 - ブリジット・フォンダジャーナリストでヴィンセントのガールフレンドとなる。ヴィンセントを狙ったジョーイ・ザザの手先に人質にされたことがきっかけでヴィンセントと別れる。
キャスト一覧 / 日本語吹き替え

役名俳優日本語吹き替え
ソフト版
（追加収録部分[注 1]）フジテレビ版
ドン・マイケル・コルレオーネアル・パチーノ野沢那智
（岩崎ひろし[9]）野沢那智
ケイ・アダムスダイアン・キートン鈴木弘子
ヴィンセント・マンシーニアンディ・ガルシア関俊彦江原正士
コニー・コルレオーネタリア・シャイア駒塚由衣麻志奈純子
メアリー・コルレオーネソフィア・コッポラ井上喜久子鈴鹿千春
アンソニー・コルレオーネフランク・ダンブロシオ高宮俊介松本保典
アル・ネリリチャード・ブライト屋良有作若本規夫
アンドリュー・ヘイゲンジョン・サヴェージ水野龍司大滝進矢
ドン・アルトベッロイーライ・ウォラック富田耕生納谷悟朗
ジョーイ・ザザジョー・マンテーニャ大塚明夫谷口節