1992年、留まることのないゴジラ被害に対応すべく、国連は国連G対策センター（U.N.G.C.C： United Nations Godziila Countermeasure Center）、および対ゴジラ部隊Gフォース（G-FORCE）を筑波に設置した[出典 12]。G対策センターは海底からメカキングギドラを引き揚げ、23世紀のテクノロジーを分析し、そこから得られた技術と過去の対ゴジラ兵器の技術を元に究極の対ゴジラ用戦闘マシンメカゴジラが完成した[出典 12]。

折しもベーリング海のアドノア島で翼竜の化石が見つかり、国立生命科学研究所の古生物学者である大前裕史を中心とした調査隊が出向する[出典 12]。そこには翼竜の巣があり、孵化した後の卵の殻と孵化していない卵があった。調査団は孵化していない卵をヘリコプターの中に持ち込み分析していたが、もう一方の卵から孵化し、核廃棄物の影響で巨大化した翼竜・ラドンが姿を現す[44][45]。逃げ惑う調査員たちに追い討ちをかけるかのごとく今度は海からゴジラが姿を現し、ラドンと戦い始める[45]。調査員たちは卵とともに辛くも島を脱出、持ち帰った卵を京都の国立生命科学研究所に持ち込んだ[32]。

無類の翼竜マニアのGフォース隊員・青木一馬は国立生命科学研究所を訪ねるが[44]、そこで卵を観察していた研究員・五条梓に部外者ということで拒否されてしまう[45]。だが、その際に悪戯心から研究室から持ち帰った卵に付着していた古代植物のサンプルから、三枝未希が微弱で奇妙な波動を感じとる[44][45]。精神開発センターで調査した結果、植物から音楽のようなテレパシー波が発信されていることが判明する[44]。さらに、子供たちが感じたメロディをコンピューターで再現された音が国立生命科学研究所で再生されると同時に、卵が突如孵化を始める[32][45]。卵からは翼竜ではなく、ゴジラザウルスの幼獣であるベビーゴジラが誕生[出典 12]。この卵はゴジラザウルスのものであり、翼竜の巣に托卵されていたのである。

その直後、同族であるベビーゴジラを探すために、ゴジラが四日市市のコンビナート地帯に上陸する[出典 12]。Gフォースの上層部はメカゴジラの出撃命令を下し、鈴鹿山中で両者は激突[出典 12]。メカゴジラの猛攻によりゴジラは圧倒されあと一歩のところまで追い詰められるが、打ち込まれたショックアンカーから体内放射のエネルギーを逆流された影響でメカゴジラの機関室に火災が発生し操縦不能に陥ったことで形勢が逆転する[出典 12]。大津付近で迎え撃ったGフォースの航空部隊と地上部隊を放射熱線でその防衛線を破ったゴジラは、大文字山方向からベビーのいる京都に進撃し国立生命科学研究所を襲うが、未希の発案で地下の細胞保存室に移されていたベビーゴジラを感知することはできず、諦めて大阪湾へ去った[出典 12]。

ベビーを研究したGフォースの兵藤は、ゴジラの腰部に第二の脳を発見し、この部分を破壊することでゴジラを倒す「Gクラッシャー計画」を立案する[44][45]。

ゴジラがベビーを求めていることを察したGフォースは、梓たちの反対を押し切り、ベビーを囮（おとり）にしてゴジラをおびき出す「ゴジラ誘き寄せ作戦」に出る[32][45]。そしてベビーは梓の付き添いのもと、ベビーキャリーで運ばれるが、時を同じくして復活したファイヤーラドンがベビーのSOSを受けて飛来し、ベビーと梓の入ったベビーキャリーを確保して千葉の幕張へ降り立つ[44][45]。駆け付けたガルーダや修復が完了したメカゴジラによりファイヤーラドンは撃退されるが、そこに同族であるベビーを保護するために東京湾からゴジラが出現する[44][45]。再び両者は幕張ベイエリアで激闘を開始する[45]。

メカゴジラはガルーダと合体してスーパーメカゴジラとなり、Gクラッシャーによってゴジラの第二の脳を破壊する[44][45]。ゴジラは力尽きるが、ファイヤーラドンが生命エネルギーを注ぎ込んだことで第二の脳が再生し、再び立ち上がる[44][45]。