前作『ゴジラ (1984年の映画)』（1984年）は、配給収入17億円のヒットとなり、1985年3月には続編制作へ向けてゴジラ委員会が発足された[178][179]。しかし、東宝が当初目標としていた20億円には届かなかったことや、中高生の動員が伸び悩んだこと、ゴジラ復活の後押しとなったファン層からの評価が芳しくなかったことなど反省点も多く、それらを踏まえた上でシリーズ化し正月映画として定着させるために検討事項も多かった[178]。

製作の田中友幸は、観客の反応を特に重視していたとされ、エンターテイメント性を持たせつつ、前作の「ゴジラ復活」と同等のイベント性を保つため、ストーリーの一般公募を実施した[180][179]。1985年4月に原案を一般公募した結果[注釈 35]、応募総数5,025本から[注釈 36]、特撮テレビドラマ『帰ってきたウルトラマン』の第34話「許されざるいのち」の原案（原案時点でのタイトルは「狂った生命」）を手掛けた歯科医・小林晋一郎の作品が採用された[出典 85][注釈 37]。なお、入選した候補のもう1つ「ゴジラ対巨大ロボット軍団」[182]は、ゴジラが巨大コンピュータと戦い、それが戦車もどきのメカになるという案であり、本作品の制作が決定した後もその続編として検討されていたが[出典 87][注釈 38]、1989年公開の特撮ロボット映画『ガンヘッド』が興行的に不振だったことが影響し、却下されている[188]。