前作『ゴジラvsビオランテ』（1989年）に引き続き脚本と監督には大森一樹が起用され[出典 101]、特技監督は川北紘一が務めた[16][51]。田中友幸も引き続き製作としてクレジットされているが、体調面の問題から実務はプロデューサーの富山省吾に重きが置かれていった[200][201]。富山によれば、前作では『ゴジラ』（1984年版）の分析から田中はスタッフを一新したが、本作品は前作の出来を踏まえてほぼ続投するかたちとなった[51]。

前作で実質的にゴジラの造型作業を担当した小林知己は、本作品で初めて正式にクレジットされた[202]。

大森は、前作は大張り切りであったが、本作品は苦し紛れの開き直りであったと述懐している[203]。別のインタビューでは、前作は社会派の体裁でA級映画感を目指したが、本作品ではその枠を外してなんでもやったと述べている[49]。

未来人の衣装デザインは出川淳子が担当し、シリーズ初の衣装デザイナーとなった[187]。出川は短期間での作業を要望され、クランクイン10日前に3時間ほどでデザインを仕上げたという[187]。出川は以後VSシリーズの衣装デザインを担当するが、本作品の時点ではキャラクターデザインの一部という扱いで衣装の役割は軽かったと述懐している[187]。
配役

ヒロインの中川安奈を筆頭に、主要メンバーには前作でサブキャストだった豊原功補と佐々木勝彦に原田貴和子と前作に引き続き三枝未希の小高恵美が固める。悪役の未来人およびアンドロイドをチャック・ウィルソン、リチャード・バーガー、ロバート・スコット・フィールドら外国人が担当。