このほかにも、「人間そっくりのアンドロイド」（『ターミネーター』[出典 16]）や「クライマックスにロボットで戦うヒロイン」（『エイリアン2』）[50][51][29][注釈 7]、「「スピルバーグ少佐」なる人物の登場」など、ハリウッドのSF映画から影響を受けた場面も散見される[47][注釈 8]。本作品は、怪獣映画初の戦うヒロイン作品でもあり、同年の日本特撮では『ゼイラム』『女バトルコップ』『バトルガール』など「戦うヒロインもの」が相次いでいた[50]。

本作品以降、怪獣による日本縦断が恒例となり[53][23]、襲撃される各地の地元メディアと連携してエキストラ撮影を行い、ミニチュアセットでも怪獣に壊される看板などでタイアップを取るなどしている[53]。地元メディアが撮影を報じるほか、エキストラ自身が劇場へ足を運ぶようになるため宣伝効果は大きく、特技監督の川北紘一は前作でシリーズの方向性が定まり、本作品ではビジネスモデルが確立したと述べている[53]。また、クライマックスでは1991年4月に移転した東京都庁舎周辺を舞台としており、本作品以降、新しいランドマークの破壊も恒例となる[41]。
ストーリー

2204年、オホーツク海沖を潜航する深海調査艇が海底に眠る怪獣を発見する[54][55]。乗員の1人が、それは20世紀末にゴジラと激闘を繰り広げたキングギドラであることを語る[54][55]。

ゴジラとビオランテの死闘から1000日が経過していた1992年、東京上空に巨大なUFOが突如飛来[54][55]。やがてUFOは富士山上空のヘリを消滅させると富士山麓に着陸し、23世紀の地球連邦機関の使者を名乗るウィルソン、グレンチコ、そして日本人であるエミーの3人が姿を現した[54][55]。彼らはノンフィクションライターである寺沢健一郎が著書『ゴジラ誕生』の中で記した、「ラゴス島に生息していた恐竜が、1954年にビキニ環礁で行われた核実験によりゴジラへと変異した」との仮説に基づき、「恐竜が核実験に遭遇する前に別の場所に移動させ、ゴジラの存在自体を抹殺する」という計画を提案する[33][55]。日本国政府はこれを受諾し、寺沢、国立超科学研究センター・ゴジラチームメンバーの三枝未希、古生物学者の真崎洋典は、未来人のエミー、アンドロイドのM11と共に、タイムマシンKIDSで1944年のマーシャル諸島・ラゴス島にタイムスリップする[出典 17]。現地で彼らが目撃したのは、恐竜ゴジラザウルスであった。ゴジラザウルスは自身の縄張りを荒らした米軍に襲いかかり、結果的に新堂靖明率いる日本軍ラゴス島守備隊を窮地から救ったが、艦砲射撃に傷つき倒れ伏した。新堂らが撤退したあと、寺沢らは物質転送装置で瀕死のゴジラザウルスをベーリング海に転送した[出典 17]。これにより、ANEBの影響で日本海に眠っていたゴジラは消失するが、1992年の日本に帰還した寺沢たちが目にしたのは、エミーが過去のラゴス島で密かに放った愛玩動物・ドラッドが核実験で被爆させることで誕生した三つ首の巨大怪獣キングギドラが福岡市を襲撃する姿だった[出典 17]。

23世紀の日本はアメリカ、ソ連、中国をしのぐ世界最大国へと発展し、圧倒的な軍事力と経済力で世界の国々を隷属させていた。そこで国力の格差是正を訴える組織に属するウィルソンらは、ゴジラに代わって自らがコントロール可能な怪獣キングギドラを使って20世紀の日本を従属させ、23世紀の日本を弱体化させようと企んでいたのである[54]。キングギドラは福岡周辺一帯を壊滅させた。一方、祖国の惨状に衝撃を受けたエミーはウィルソンたちの計画に疑念を抱き始め、以後寺沢たちに内通するようになる[55]。

この危機に対し、巨大コンツェルン帝洋グループの総帥で、かつてゴジラザウルスに命を救われた新堂は、ゴジラを復活させるべく、東南アジア某国に隠し持つ核搭載型原子力潜水艦ムサシ2号をベーリング海に派遣しようと企てる[55]。そんな中で未希は、テレパシー能力によってベーリング海にゴジラザウルスとは異なる巨大な影を感知していた[55]。ゴジラザウルスはベーリング海に偶然にも沈没したソ連原子力潜水艦の核燃料の影響を受け、すでにゴジラへ変異していたのだ[33][54]。復活したゴジラは民間の原子力潜水艦であるムサシ2号を撃沈してその核エネルギーを吸収し、さらに強大な存在と化して日本に上陸、北海道網走の原野でキングギドラと会敵する[55]。「奴はもう一度、我々のために戦ってくれる……」と呟く新堂。ウィルソンの操るキングギドラにゴジラは苦戦を強いられるが、造反したエミーがキングギドラのコントロール装置を破壊すると形成が逆転、ゴジラはキングギドラをオホーツク海に沈め、ウィルソンのUFOも破壊する[54]。しかしゴジラは日本に牙を向くかの如く、今度は首都東京への侵攻を開始した[54][55]。

寺沢たちはゴジラの脅威から日本を救うために、キングギドラを23世紀の技術で再生し、再度ゴジラと戦わせるという計画を思いつく[33][55]。計画を実行するためにエミーは帰還を約束して2204年へと帰っていった。ゴジラに破壊し尽くされた23世紀の日本は最貧国となっていたが、オホーツク海ではキングギドラも瀕死の状態ながら生命力を残していた。

首都を破壊するゴジラは新宿の帝洋グループ本社ビルに接近。独り残る新堂を目の当たりにしたゴジラは一瞬沈黙するが、大きくほえるととともにビルを新堂もろとも破壊する。なおも侵攻を続けるゴジラの前に、時空を超えて再生を遂げたメカキングギドラがその姿を現した。エミーが操縦するメカキングギドラは、激闘のすえ捕獲装置でゴジラを捉えるも、小笠原海域でゴジラの熱線を受け、ともに深海へ沈む[54][55]。脱出したエミーは20世紀の故郷に別れを告げると、23世紀へ帰っていった[54][55]。
登場怪獣
ゴジラ
詳細は「ゴジラ (平成VSシリーズ)#『ゴジラvsキングギドラ』」を参照
ゴジラザウルス
詳細は「ゴジラ (平成VSシリーズ)#ゴジラザウルス」を参照
キングギドラ
詳細は「キングギドラ (平成VSシリーズ)」を参照