このほかにも、「人間そっくりのアンドロイド」（『ターミネーター』[出典 16]）や「クライマックスにロボットで戦うヒロイン」（『エイリアン2』）[50][51][29][注釈 7]、「「スピルバーグ少佐」なる人物の登場」など、ハリウッドのSF映画から影響を受けた場面も散見される[47][注釈 8]。本作品は、怪獣映画初の戦うヒロイン作品でもあり、同年の日本特撮では『ゼイラム』『女バトルコップ』『バトルガール』など「戦うヒロインもの」が相次いでいた[50]。

本作品以降、怪獣による日本縦断が恒例となり[53][23]、襲撃される各地の地元メディアと連携してエキストラ撮影を行い、ミニチュアセットでも怪獣に壊される看板などでタイアップを取るなどしている[53]。地元メディアが撮影を報じるほか、エキストラ自身が劇場へ足を運ぶようになるため宣伝効果は大きく、特技監督の川北紘一は前作でシリーズの方向性が定まり、本作品ではビジネスモデルが確立したと述べている[53]。また、クライマックスでは1991年4月に移転した東京都庁舎周辺を舞台としており、本作品以降、新しいランドマークの破壊も恒例となる[41]。
ストーリー

2204年、オホーツク海沖を潜航する深海調査艇が海底に眠る怪獣を発見する[54][55]。乗員の1人が、それは20世紀末にゴジラと激闘を繰り広げたキングギドラであることを語る[54][55]。

ゴジラとビオランテの死闘から1000日が経過していた1992年、東京上空に巨大なUFOが突如飛来[54][55]。やがてUFOは富士山上空のヘリを消滅させると富士山麓に着陸し、23世紀の地球連邦機関の使者を名乗るウィルソン、グレンチコ、そして日本人であるエミーの3人が姿を現した[54][55]。彼らはノンフィクションライターである寺沢健一郎が著書『ゴジラ誕生』の中で記した、「ラゴス島に生息していた恐竜が、1954年にビキニ環礁で行われた核実験によりゴジラへと変異した」との仮説に基づき、「恐竜が核実験に遭遇する前に別の場所に移動させ、ゴジラの存在自体を抹殺する」という計画を提案する[33][55]。日本国政府はこれを受諾し、寺沢、国立超科学研究センター・ゴジラチームメンバーの三枝未希、古生物学者の真崎洋典は、未来人のエミー、アンドロイドのM11と共に、タイムマシンKIDSで1944年のマーシャル諸島・ラゴス島にタイムスリップする[出典 17]。現地で彼らが目撃したのは、恐竜ゴジラザウルスであった。ゴジラザウルスは自身の縄張りを荒らした米軍に襲いかかり、結果的に新堂靖明率いる日本軍ラゴス島守備隊を窮地から救ったが、艦砲射撃に傷つき倒れ伏した。新堂らが撤退したあと、寺沢らは物質転送装置で瀕死のゴジラザウルスをベーリング海に転送した[出典 17]。これにより、ANEBの影響で日本海に眠っていたゴジラは消失するが、1992年の日本に帰還した寺沢たちが目にしたのは、エミーが過去のラゴス島で密かに放った愛玩動物・ドラッドが核実験で被爆させることで誕生した三つ首の巨大怪獣キングギドラが福岡市を襲撃する姿だった[出典 17]。

23世紀の日本はアメリカ、ソ連、中国をしのぐ世界最大国へと発展し、圧倒的な軍事力と経済力で世界の国々を隷属させていた。そこで国力の格差是正を訴える組織に属するウィルソンらは、ゴジラに代わって自らがコントロール可能な怪獣キングギドラを使って20世紀の日本を従属させ、23世紀の日本を弱体化させようと企んでいたのである[54]。キングギドラは福岡周辺一帯を壊滅させた。一方、祖国の惨状に衝撃を受けたエミーはウィルソンたちの計画に疑念を抱き始め、以後寺沢たちに内通するようになる[55]。