7年後の1962年に公開されたシリーズ第3作『キングコング対ゴジラ』は、アメリカの映画キャラクターキングコングとの対決作品として制作された[9]。明るい作風で当時人気を博していたプロレスさながらの対決を描いた『キングコング対ゴジラ』は、当時の歴代邦画観客動員数第2位の記録となる1,255万人を動員し[9]、アメリカなど日本国外でも上映されて大ヒットとなる。以降、日本国外で好調なセールスを買われた昭和ゴジラシリーズは、外貨獲得の手段として1960年代には矢継ぎ早に新作が製作された。

第5作『三大怪獣 地球最大の決戦』でゴジラが人類の味方としての戦いを見せて以降、ゴジラは恐怖の対象として役目が希薄になる[10]。次第に娯楽作品へのシフトが進み、当初のテーマであるSFとしての特色もシリアス路線からエンターテインメント性重視のものに変わっていく[11]。第一次怪獣ブームにより競合作品が増え、ゴジラの有り様も変化していった[11]。第12作『地球攻撃命令 ゴジラ対ガイガン』以降は完全に正義のヒーローとして描かれるようになった[12]。

当時の「邦画の斜陽」による深刻な興行不振や家庭へのテレビ普及などもあり、新作を公開するたびに観客動員数は前作を下回っていった[8]。この時期はテレビアニメ最盛期だったことからも、テレビ作品と混載5 - 6作品混合プログラム『東宝チャンピオンまつり』内の1作という扱いになった[13][8]。円谷英二の死去や東宝の制作体制の変化などもあり[14]、上映時間は短縮されて制作費も縮小された結果、特撮シーンの多くに過去作品の流用フィルムが多用されるようになる。そして、1975年に公開された第15作『メカゴジラの逆襲』では観客動員数97万人と、歴代ワースト1位を記録した。これを受け、東宝は巨額の予算がかかる怪獣映画を封印することを決定し、シリーズは1984年まで長い休止期間に入る。
平成ゴジラシリーズ（vsシリーズ）
シリーズの経緯（vsシリーズ）

1983年になるとゴジラシリーズ再開のため、関西や関東、九州地区などで過去の映画作品を縦断上映する『ゴジラ復活フェスティバル』が催された[15]。

1984年、『メカゴジラの逆襲』以来9年ぶりに、第16作『ゴジラ』が製作された。第16作は第1作をオマージュした作風であり、ゴジラ以外の怪獣は登場せず、再びゴジラは恐怖の対象として描かれた。ストーリー上も第1作の直接の続編という形をとっており、ゴジラは1954年に一度だけ日本を襲って倒され、30年ぶりに新たな個体が日本を襲ったという設定であった[16]。以降の平成シリーズは第16作の続編である。

第16作では、都市の高層化に合わせ、ゴジラの身長を50メートルから80メートルと大型化された[16]。さらに後のシリーズ第18作『ゴジラvsキングギドラ』以降は100メートルとなった[17]。

5年後の1989年、第16作の直接の続編であるシリーズ第17作『ゴジラvsビオランテ』が公開されるが、観客動員数は振るわなかった。