ゴジラを題材とした玩具、書籍、映像・音楽媒体は多数発売されてきた。ゴジラ関連製品の専門店は、丸井グループが2016年から期間限定で展開。2017年10月30日には東宝と共同で、世界初のゴジラ公式常設店を新宿マルイアネックス（東京）にオープンした[151][152]。このほか東宝は通販サイト「ゴジラ・ストア」を運営している[153]。
戦った組織詳細は「東宝特撮映画の怪獣対策組織」を参照

本シリーズには以下の組織が登場している。『ゴジラ』をはじめとする、東宝怪獣映画群に登場する怪獣迎撃を行うこれらの組織を総称し、東宝自衛隊との通称で呼ばれることもある[154][155]。もともとは自衛隊以外の名称で登場することが多かったが、後には「自衛隊」の名前で出演するようにもなった。撮影にあたっては自衛隊の協力を得て実際の兵器の稼働シーンなどが撮影されているほか、東宝自衛隊独自の架空兵器も登場している。架空兵器に関しては東宝特撮映画の登場兵器を参照。

なお、現実世界でゴジラのような怪獣が日本に襲来する事態を想定した机上研究を旧防衛庁が過去に行っており、怪獣襲来に対しては自衛隊法第83条に基づく災害派遣で自衛隊の出動が可能とし、暴れる怪獣に対しては「有害鳥獣駆除」の名目で武器・弾薬の使用も可能との結論に達した[注釈 16]。
防衛隊
第1作『ゴジラ』（1954年）から『メカゴジラの逆襲』に登場する組織。以降、1970年代までの東宝SF映画ではたいてい日本の軍事組織として防衛隊もしくは防衛軍が登場する。
防衛軍
第6作『怪獣大戦争』、第25作『ゴジラ・モスラ・キングギドラ 大怪獣総攻撃』に登場するが、名前が同一なだけで両者は全く異なる組織である。
自衛隊
『ゴジラ』（1984年）以降のシリーズでは自衛隊の名称そのままで登場する。また、「ゴジラ非常緊急対策本部」という、ゴジラと銘打たれた対策本部が出来たのも本作品が最初である。『シン・ゴジラ』においてはこれまでのような対怪獣用の超兵器はなく、現実の自衛隊に即したものが登場する。
Gフォース（G-Force）
『ゴジラvsメカゴジラ』、『ゴジラvsスペースゴジラ』『ゴジラvsデストロイア』に登場する、国連G対策センターに所属するゴジラ迎撃専門の組織。怪獣迎撃にはガルーダ、メカゴジラ、MOGERAといった対ゴジラ用戦闘マシンを使用する。
Gグラスパー
『ゴジラ×メガギラス G消滅作戦』に登場する、日本独自のゴジラ対策部門の特別G対策本部に所属する実働部隊。G-GRASPERの「grasp（グラスプ）」は「捕捉」を意味する。
特生自衛隊
『ゴジラ×メカゴジラ』および続編『ゴジラ×モスラ×メカゴジラ 東京SOS』で登場する、自衛隊の中でも対特殊生物戦闘専門の部隊として陸海空三軍と並ぶ第四の部隊。「特生」とは「対特殊生物」の略称。英文略記号は「JXSDF（Japan Counter-Xenomorph Self Defence Force）」。
Gガード
『ゴジラアイランド』に登場する、怪獣たちと共存する孤島ゴジラアイランドの防衛組織。パンナトルテやタルトクープ、ジェットジャガーシリーズなどのメカを所有する。
地球防衛軍（Earth Defence Force）
『ゴジラ FINAL WARS』に登場する、人類がお互いを敵とする時代を終え、怪獣の脅威に立ち向かうために、地球の軍事力が一つになった。地球最大の規模を持つ対怪獣用防衛組織。主に新人類であるミュータントが防衛軍の中心となっており、メーサー殺獣光線車、轟天号、新・轟天号、ランブリング、火龍、エクレール、メーサー銃、ドッグファイター、EDF戦車などの対怪獣用の強力な兵器を有する。
S.H.I.E.L.D.
アメコミ版ではアメリカ合衆国をぶらつき大西洋に消えるまで、S.H.I.E.L.D.は下位組織としてゴジラを捕獲するためのゴジラスカッドを結成した。このユニットはダムダム・デュガンによって率いられ、レッドローニンと呼ばれる巨大ロボやベヒーモスとして知られている小型ヘリキャリアを使用した。
アメリカ軍
ハリウッド版で登場。2作とも装備は公開当時のものをそのまま反映する。『シン・ゴジラ』では大使館防衛を名目にB-2ステルス戦略爆撃機を3機派遣するが全機撃墜されてしまう。