体内には、生体原子炉ともいえる「熱核エネルギー変換生体器官」を持つ[41]。それによって生み出されるエネルギーは莫大であり、超高温の体温を保つ表皮の一部からは高熱によって生じた赤い光が漏出する。活動の際には、未知の放射性元素を撒き散らす。それに加え、細胞には元素変換を行える機能を有しており、それを利用して体内に取り込んだ水と空気の反応だけで自身の生存に必要なエネルギーをすべて生成することが可能で[38][41]、他の栄養素を摂取する必要が一切ないと推測され、その口は牙が不ぞろいで下顎には舌もなく、生物の捕食には適さない。自然界にはもはや天敵となるものは存在せず、従来の生物的常識を超越した性質は「完全生物」や「霞を食べて生きる仙人」にも例えられ、生物には不可避の「死」という概念すらも克服している可能性も指摘される。熱エネルギーの冷却には血液流による液体冷却と背びれからの放熱を用いているが、後者は補助的なものであり、もし血液の循環に問題が発生した場合は熱の冷却が追いつかず、原子炉スクラムのような状態となってエネルギー生成器官の機能が停止し、そのまま全身が凍結する。矢口蘭堂が率いる日本政府の巨大不明生物災害対策本部（巨災対）はこの特性を利用し、大量の血液凝固剤を直接口から注入することでゴジラを封じ込める「矢口プラン」を提唱し、自衛隊によってこれを実行に移すべく立案された「ヤシオリ作戦」をもってゴジラに臨んだ結果、凍結に成功している。

モーションアクターは野村萬斎[42][43]。

形態（シン・ゴジラ）

プロポーションとしては5つの形態が設定されている。
第1形態
東京湾アクアライントンネルでの事故を起こしたあと、初めて人類の前に姿を現した際の状態。褐色の長い尻尾を持ったオタマジャクシのような状態[39][41]。劇中では背中と尻尾のみが描かれるだけで全身を見せていない[41]。従来作品におけるゴジラの特徴である背びれはこの形態では形成されておらず、体色も黒ではなく、褐色となっている。背中の中心に沿って突起物が生えており尻尾の先はひれのような形をしている。この形態の時点で体温はかなり高温であり、海中に潜行している最中は常時大量の水蒸気が立ちのぼり、その影響で自らの周りの水を赤く変色させている。東京湾にて水柱とともに海面に浮上すると[41]、羽田空港近辺の多摩川河口から大田区の呑川にかけて下記の第2形態に進化しつつ蛇行しながらの逆走を開始し、陸棲生物へと短期間で進化を始める。

2017年発売のガシャポン『シン・ゴジラ2』では当初は「ゴジラ2016第1形態」とされていたが、「巨大不明生物 出現」と発売時に変更されており、書籍によっては尻尾は第2形態であり、第1形態とされる姿は一切登場していないとされている[39]。

第2形態
羽田空港付近の多摩川河口から遡上、東京都大田区（旧・東京市蒲田区）西糀谷2丁目の国道131号に架かる?川新橋付近に上陸した際の状態[出典 4]。体色は褐色。当初は自重を支えられずに上陸とともに崩壊して死亡するものと思われたが、上陸する過程でカエルのように先に発達させた強靭な後脚によって陸上でも活動できる陸生型に急速に進化しながら川を逆走したため、その見解は大きく外れることとなる[43][39]。水棲生物だった第1形態から陸棲生物へ進化する途中経過のような状態となっており、ラブカやウツボに酷似した顔立ちに、瞼が存在しない異様に大きく無表情な眼球や第1形態から引き継いだ先端がヒレのようになっている長大な尻尾や後に腕となる肘を折り畳んで癒着したような状態になっている未発達の突起状の前肢を持ち、全体的にヤモリやトカゲに似た爬虫類と両生類の中間のような容姿をしている[38][39]。口腔には舌がなく、細い牙が乱雑な並びで生えている。首は細く長めで、両脇にある鰓から赤い体液を滴らせながら進撃する[出典 5][注釈 11]。背中には背びれが形成されており、徐々にゴジラとしての容姿が形成されつつある。ヘビのような蛇行運動を行いつつ巨大な後脚と体全体を使い、陸路で進出もし始めてはいるが、未発達であるために直立するまでには至っておらず、地面に胸部を擦り付けながら這いずるように蛇行による移動を補助する役割に留まっている[39][41]。しかし、進化が始まる直前には直立しようと上体を起こす行動も取り、進化への片鱗を見せる。海底トンネルに衝突したりコンクリートで護岸された川を遡上した結果、胸骨が張り出して衝角のように機能する。

ファンの間での通称は蒲田くん[出典 6]。